济阳，合淮、豫军迭败之，总愚走河滨以死。西捻平，入觐，天语褒嘉，且询西陲师期；宗棠对以「五年」，后卒如其言焉。
七年十月，率师还陕，抵西安。时东北土寇董福祥等众十余万，扰延安、绥德；西南陕回白彦虎等号二十万，踞甘肃董志原。松山至，破土寇，降福祥；而回益四出剿掠。其西南窜出者，并力扰秦川，黄鼎破之。宗棠进军干州，谍报回巢将徙金积堡；分军击之，遂下董志原。连复镇原、庆阳，回死者至三万；督丁壮耕作，教以区田、代田法；择崄荒地，发帑金巨万，悉取所收饥民及降众十七万居焉。遂以八年五月，进驻泾州。甘回最著者，西日马朵三，踞西宁；南曰马占鳌，踞河州；北曰马化隆，踞宁夏灵州。化隆以金积堡为老巢；堡当秦、汉两渠间，扼黄河之险，擅盐、马、茶大利。环堡五百余寨，党从啸聚，掠取汉民产业、子女。陕回时时与通市，相为首尾。化隆以新教煽回民购马、造军械，而阳输诚给穆图善；董志原既平，陕回窜灵州，化隆上书为陕回乞抚。宗棠察其诈，备三月粮，先攻金积堡，以为收功全陇之基。及松山追陕回至灵州、扼永灵洞，化隆惧，仍代陕回乞抚，谋缓兵；穆图善信之，日言抚，绥远城将军至劾松山滥杀激变。然化隆实无意降也，密召诸回，并出劫军饷。十一月，宗棠进驻平凉。九年，松山阵殁，以其兄子锦棠代；战屡捷，而中路、南路军亦所向有功，陕回受抚者数千人。及夺秦坝关，化隆益窘，诣军门乞降；诛之，夷其城堡，迁甘回固原、平凉、陕回化平而编管钤束。宁、灵悉定，奏言进规河湟。而是时有伊犁之变，诏宗棠分兵屯肃州；乃遣徐占彪将六千人往。十年七月，自率大军由平凉移驻静宁。八月，至安定。寇聚河州，其东出必绕洮河、三甲集；集西太子寺、再西大东乡皆险要，诸将分击，悉破平之。时回酋朵三已死，占鳌见官军深入西宁，回已归顺、去路绝，遂亦受抚；河州平。十一年七月，移驻兰州。占彪前以伊犁之变率师而西也，于时肃州阻乱，回酋马文禄先已就抚，闻关外兵事急，复据城叛；及占彪军至，乃婴城固守而乞援，西宁陕回白彦虎、禹得彦亦潜应文禄。会锦棠率军至西宁，土回及陕回俱变，推马本源为元帅。西宁东北阻湟水，两山对峙，古所称湟中也；贼据险而屯。俄败走，遗弃马骡满山谷，窜巴燕戎格。大通都司马寿复嗾向阳堡回杀汉民以叛。十二年正月，锦棠攻向阳堡，夺门入，斩马寿；遂破大通，捣燕巴戎格，诛本源，河东西诸回堡皆降。文禄踞肃州，诡词求抚；益招致边外回助城守，连攻未能下。八月，宗棠来视师。文禄登城见帅旗，夺气；请出关讨贼自效，不许。金顺、锦棠军大集，文禄穷蹙出降，磔之；白彦虎窜遁关外。肃州平，以陕甘总督协办大学士，加一等轻车都尉。奏请甘肃分闱乡试，设学政。十三年，晋东阁大学士，留治所。
自咸丰初天下大乱，粤盗最剧、次者捻逆、次者回；宗棠既手戡定之；至是，陕、甘悉靖而塞外平回，朝廷尤矜宠焉。塞外回酋曰帕夏，本安集延部之和硕克伯也。安集延，故属敖罕；敖罕为俄罗斯所灭，安集延独存。帕夏畏俄逼，阑入边，据喀什噶尔，稍蚕食南八城；又攻败乌鲁木齐所踞回妥明--妥明者，西宁回也；初以新教游关外。同治初，乘陕、甘汉回构变倡乱，据乌城。帕夏既攻败妥明，降之；遂并有北路伊犁诸城，收其赋入。妥明被逐走死，而白彦虎窜处乌城，仍隶帕夏。帕夏能属役回众，通使结援英、俄，购兵械自备；英人阴助之，欲令别立为国，用捍蔽俄。当是时，俄以回数扰其边境，遽引兵逐回，取伊犁；且言将代取乌鲁木齐。光绪元年，宗棠既平关陇，将出关；而海防议起。论者多言『自高宗定新疆，岁糜数百万，此漏卮也；今至竭天下力赡西军，无以待不虞，尤失计。宜徇英人议，许帕夏自立为国，称藩；罢西征，专力海防』。鸿章言之尤力。宗棠曰：『关陇新平，不及时规还国家旧所没地，而割弃使别为国，此坐自遗患。万一帕夏不能有，不西为英并，即北折而入俄耳。吾地坐缩，边要尽失；防边兵不可减，糜饷自若：无益海防而挫国威，且长乱。此必不可』。军机大臣文祥独善宗棠议；遂决策出塞，不罢兵。授宗棠钦差大臣，督军事；金顺副之。二年三月，次肃州。五月，锦棠北逾天山，会金顺军先攻乌鲁木齐，克之；白彦虎遁走托克逊。九月，克玛纳斯南城。北路平，乃规南路；令曰：『回部为安酋驱迫，厌乱久矣。大军所至，勿淫掠、勿残杀！王者之师如时雨，此其时也』。三年三月，锦棠攻克达坂城，悉释所禽缠回，纵之归；南路恟惧。翼日，收托克逊城；而占彪及孙金彪两军亦连破诸城隘，合罗长祜等军收吐鲁番，降缠回万余。帕夏饮药死，其子伯克胡里戕其弟、走喀什噶尔，白彦虎走开都河；宗棠欲遂禽之。奏未上，适库伦大臣上言西事宜画定疆界」，而廷臣亦谓「西征费巨，今乌城、吐鲁番既得，可休兵」；宗棠叹曰：『今时有可乘，乃为画地缩守之策乎』？抗疏争之，上以为然。时俄方与土耳其战，金顺请乘虚袭伊犁；宗棠曰：『不可！师不以正，彼有辞矣』。八月，锦棠会师曲会，遂由大道向开都河为正兵；余虎恩等奇兵出库尔。白