长驱捣杭州，魏喻义、康国器攻余杭。宗棠以杭贼恃余杭为犄角，非先下余杭、收海宁不能断嘉、湖援济；躬至余杭视师。是时皖贼古隆贤反正，官军连下建平、高淳诸邑；金陵贼呼秀成入，谋他窜；独世贤踞溧阳与广德贼比，中梗官军。鸿章既克嘉善，上言当益军攻嘉兴。会浙师取常州，而广德贼已由宁国窜浙；宗棠虑贼分扰江西、福建，乃檄张运兰率所部趋福建，召刘典防江西。海宁贼蔡元隆以城降，更名元吉；后遂为骁将。三年二月，元吉会江苏军克嘉兴。杭州贼陈炳文势蹙，约降；犹虑计中变，乘雨急攻之，夜启门遁；杭州复，余杭贼汪海洋亦东走。捷闻，加太子少保衔，赐黄马褂。移驻省城，申军禁，招商开市；停杭关税，减杭、嘉、湖税三之一。益澧为布政使，亦轻财致士：一时翕然称之。群贼聚湖州，乃移军合围，先攻菱湖。三月，江苏军克常州，贼败窜徽、婺，趋江西，世贤踞崇仁、海洋踞东乡。宗棠以贼入江西为腹心患，奏请杨岳斌督江西、皖南军，以刘典副从之。六月，曾国荃克江宁，洪秀全子福瑱奔湖州；俄复溃走，磔于南昌。七月，克湖州，尽定浙地。论功，封一等恪靖伯。余贼散走徽、宁、江西、广东，折入汀州，福建大震；乃奏请之总督任，以益澧护巡抚，增调德榜军至闽。四年三月，江苏军郭松林来会师，贼弃漳州，出大埔。五月，进攻永定。世贤、海洋既屡败，伤精锐过半，归诚者三万。宗棠进屯漳州，蹑贼武平；于是贼窜广东之镇平，而福建亦定。
乃檄康国器、关镇平两军入粤、王开琳一军入赣，防江西；刘典军趋南安，防湖南；留高连升、黄少春军武平，伺贼进退。六月，贼大举犯武平，力战却之。世贤投海洋，为所戕；贼党益猜贰。诏以宗棠节制三省诸军。十月，贼陷嘉应；宗棠移屯和平管溪。德榜虑帅屯孤悬，自请当中路。刘典闻德榜军趋前，亦引军疾进，猝遇贼；败贼追典，掠德榜屯而过；枪环击之，辄反走。是夜，降者逾四万，言海洋中炮死矣；士气愈奋。时鲍超军亦至，贼出拒，又大败之；合闽、浙、江、粤军围嘉应。十二月，贼开城遁；扼诸屯，不得走，跪乞免者六万余，俘斩贼将七百三十四，首级可计数者万六千。诏赐双眼花翎。
五年正月，凯旋。宗棠以粤寇既平，首议减兵并饷，加给练兵。又以海禁开，非制备船械不能图自强；乃创船厂马尾山下，荐起沈保桢主其事。
会王师征西陲回乱久无功，诏宗棠移督陕、甘。十月，简所部三千人西发，令刘典别募三千人期会汉口。中途以西捻张总愚窜陕西，命先入秦剿贼。陕、甘回众数至百万，与捻合；宗棠行次武昌，上奏曰：『臣维东南战事，利在舟；西北战事，利在马。捻、回马队驰骋平原，官军以步队当之，必无幸矣！以马力言，西产不若北产之健；捻马多北产，故捻之战悍于回。臣军止六千，今拟购口北良马，习练马队；兼制双轮炮车，由襄、邓出紫荆关，径商州以赴陕西经营屯田，为久远之规。是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后馈餫常通，师行无阻。至于进止、久速，随机赴势。伏乞假臣便宜，宽其岁月，俾得从容规画以要其成』。六年春，提兵万二千以西。议以炮车制贼马，而以马队当步贼；捻倏见炮车，皆不战狂奔。时陕西巡抚刘蓉已解任、总督杨岳斌请归益急，诏宁夏将军穆图善署总督、宗棠以钦差大臣督军务，分军三道入关；而皖南镇总兵刘松山率老湘军九千人援陕、山西按察使陈湜主河防，其军皆属焉。松山既屡败捻，又合蜀军将黄鼎、皖军将郭宝昌大破之富平。捻掠三原，沿渭北东趋；回则分党西犯，麕集北山。宗棠以捻强于回，当先制捻；檄诸军凭河结营，期蹙而歼之泾、洛间。捻乘军未集，又折而西渡泾、渭，窥豫、鄂；已而大军进逼，势不复能南，乃趋白水，乘大风雨铤走入北山。宗棠防捻、回合势，且北山荒瘠，师行粮不继，因急扼耀州。十月，捻败走宜川，别党果窜耀州，合回匪攻同官；留防军不能御，典、连升军驰救，大破之。诸军将虽屡败捻，终牵于回，师行滞；而捻大众在宜川者益北扰延长、掠绥德、趋葭州，回亦自延安出陷绥德。宗棠自以延、绥迭失，上书请罪；部议革职。时北山及扶、岐、沂、陇、邠、凤诸回所在响应，捻自南而北千有余里、回自西而东亦千有余里；陕西主客军能战者不及五万，然回当之辄败。松山等克绥德，回走米脂，捻复分道南窜；于是刘厚基出东北追回、松山等循西岸要捻。师抵宜川，回大出遮官军，留战一日，破之；而捻遂取间道逾山至壶口，乘冰桥渡河。宗棠奉朝旨：山右毗连畿辅，令自率五千人赴援，以刘典代督陕、甘军。六年十二月，捻自垣坤入河南，益北趋定州；游骑犯保定，京师戒严。诏切责督兵大臣，自宗棠、鸿章及河南巡抚李鹤年、直隶总督官文，皆夺职。宗棠至保定，松山等连破贼深、祁、饶、晋。当是时，捻驰惊骇百里间，由直隶窜河南、山东；已复渡运，越吴桥，犯天津。鸿章议筑长围制贼；宗棠谓『当且防且剿；西岸固守，必东路有追剿之师，乃可掣其狂奔之势』。上两从其议。于是勤王师大集，宗棠驻军吴桥。捻徘徊陵邑、