幸武冈。式耜疏留全阳，曰：『闻郊社礼成，即图移驾；不知移驾将回桂林耶？抑幸武冈、辰、沅耶？今日原以恢复两粤为心，则不徒西粤未恢不可移动，即东粤未恢亦且当驻全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主还跸桂林之议也。承胤诸部至桂，挟饷不出兵。式耜搜括库藏而外，捐囊万金；夫人邵亦捐簪珥数百。兵卒不肯出，与焦兵主客不和，譁变击斗，掠市而去（为五月十四日）。永历竟驻武冈。
五月二十五日，清兵侦兵变，积雨城坏，环攻桂城；吏士皆无人色。琏负创奋臂呼督师、抚按，肘羽腹石，分门婴守；用西洋铳击中马骑。寻出城战，奋勇击杀。自辰抵午，不及餐；式耜括署中米蒸饭分哺之，士卒俱乐用命。明日复出战，清兵旋去。式耜先令路将马之骥伏于隔江犄角接应，固围倍慎。是三月之内，危于清、乱于兵，式耜一手指挥，琏乃得底定。琏久将桂，得桂人心；式耜国士遇之，故独得琏死力。
以保桂功，进式耜兼太子太师、临桂世伯；式耜辞不拜。疏上不允，复请告自劾；言『自二月十五日以迄五月二十九日，凡百六日中，遇变者三，皆极危险；变故当前，总办一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁烦。惟是臣之病，不独在身而在心、不徒在形而在神；身与形之病可疗也，心与神之病不可医也』。又疏再请返跸全阳，卒不听。乃督琏恢朔、下平；邦传由宾、柳亦及浔，并复梧。至八月，具疏上言粤西全定，请还桂林，昭告兴陵。
时巡道严起恒以仪表魁梧，拜大学士。
督师何腾蛟驻衡州、堵胤锡驻长沙。讵清三王平定长沙，而衡州相继尽失。总兵黄朝选、杨国栋等被执，尸几断流。八月二十四日，武岗复败。永历又播越入粤，次柳州。式耜累疏，极言『不可他移一步。滇、黔地荒势隔，忠义心涣。三百年之土地仅存粤西一线，且山川形胜、兵马糗粮俱有可恃』。时督师何腾蛟、新辅严起恒及刘湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵骤至，宜章伯卢鼎亦至自楚，式耜复疏，极言『柳州猺獞杂处，地瘠民贫，不可久驻；庆远壤邻黔、粤，南宁地偪交彝，不可远幸』。时腾蛟与永忠、鼎、琏等俱分防任汛。
会土司覃裕春子鸣珂与道臣龙文明构兵，永历复次象州。式耜与腾蛟、起恒、湘客等筹画调和主客，集永忠、琏誓于神，刻期出师；宜章鼎与滇镇总兵赵印选遂各分路驻全。全洲战胜，诸帅连营而军。清兵因次楚。
十一月，永历自象州抵桂，式耜与起恒并相。司礼庞天寿七月请催兵下梧，久在粤；旧司礼王坤被承胤逐者复入。自武岗至柳、至象，票拟皆金吾吉翔手也。式耜疏请永历揽大权、明赏罚、严好恶、亲正人、闻正言，威德兼行，以服远近；时谓名言。
腾蛟再督师出全，兵益不睦；琏下平乐、永忠壁兴安。未几，永忠营被袭，疾至阙，欲撤兵。左右禁近，刻期欲永历迁。式耜持不可，言『督师警报未至，诸营夜惊无大恐；二百里外风尘，而遽使主露处耶？播迁无宁日，国势愈弱、兵气愈难振，民心皇皇复何依？潮回波游，虽长年三老，能逆挽其戙杙哉』？左右禁近周势不能止。式耜又请曰：『无已，候督师归；果急，甲士正山立，观兵督战，咫尺威严，劝激将士，背城借一，胜败未知。若以走为策，桂城危、柳益危；若今日可到桂，明日亦可到南太』。反覆数百言，泪下沾衣。严起恒曰：『迟至厥明五鼓』。甫夜半，而永历已行矣；是戊子二月二十二日也。
时溃兵肆掠，蹂躏公署，职官无一得免；式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎远生、给事中丁时魁、万六吉及湘客俱至；盖湘客奉命安抚乱亡及劝饷糈，而远生、时魁以召将入也。遇式耜于樟木港，式耜集远生等入民屋，立草檄分路四发；蹔驻阳朔，催琏兵上援。楚镇周金汤、熊兆佐亦入桂；又檄翰林简讨蔡之俊、大理寺评事朱盛瀫先入桂。宣式耜令，檄按察司佥事邵之骅部琏兵，定人心。式耜于初一日复入桂署。督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一青统兵至，琏自平乐统兵至。清兵疑桂城空虚，直抵桂北门。三月二十二日，腾蛟督兵三面御之，清兵渡甘棠去。督师列营榕江。
永历诏旌式耜，赐银币，又赐「精忠贯日」金图书一枚。式耜念主宵衣南宁蛮乡，不可久驻，日为永历清道。前日所忧在内者，今更在外。督勳镇将士直取全州。
促巡抚鲁可藻下梧，会东人有反归信，令可藻缮兵以待。会可藻衔自署两广。旧例：东抚称制兼粤西，西抚称抚。式耜曰：『方今武人多自署抚，军帅一面牵制辄自命，贻远人笑；予代疏请衔，曷不可』？周鼎瀚以阁部擅，式耜亦疏正之。当武岗之乱，言官弹鼎瀚以附承胤入直；式耜司票拟，独不苛。王沂公曰：『进贤、退不肖，皆有体。瀚系大臣，应听自谢免；不谢免而复擅假，毋乃不可乎』？邦传称粤西世守，牒四飞。式耜疏驳之：『今日功晋五等，尚未裂土。海宇剥削，止粤西一隅为驻跸之地，楚、滇数万之师日需食；辄曰：「世守」，岂老成忧国所隐料』？式耜身在虽外，在廷大纪纲，极言力请；疏曰：『臣与陛下患难相随、休戚与共，原自不同于诸臣；一切大政，自得与闻。庙议可否，众指所关。本乱而求末治，马阤终古耳』。<