署有差。魁楚、大器俱为大学士，式耜以吏部右侍郎兼阁学、掌铨事；魁楚兼戎政、大器兼中枢，永茂请终制。而福建旧相苏观生、何吾驺俱遁回广东，与布政使顾元镜于十一月拥立隆武弟唐王聿■〈金粤〉监国，年号绍武；以都司署为行宫。
会赣州败书至，司礼太监王坤趋永历移梧避之。式耜谓：『今日之立，为祖宗雪仇耻，正宜奋大勇以号远近。东人复不靖，苟自懦，外弃门户、内衅萧墙，国何以立』？争之不得，遂移梧。
寻还肇庆。故大学士陈子壮书达式耜，请力馘苏而趣兵东。永历遣兵科给事彭耀往谕之。耀，粤东人，旧为秦令，有能声；譬晓伦序监国先后、国家仇雠利害。观生等杀耀于市，日集兵向肇庆。右司马林佳鼎督兵靖东郊，东将诈降，陷佳鼎没于水，东人益獗。
式耜疏言：『草昧之初，惟养圣德、修纪纲、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徕贤俊为首务』。王坤者，固北阉；自南都失而入闽。隆武遣出，兹用司礼秉笔。有户部郎中周鼎瀚，内批改给事中；瞿式耜力言不可，不听。〔以〕粤巡使王化澄陞粤督，寻代佳鼎，晋少司马，掌中枢（大器先以病去矣）；内批：陞化澄为大司马。式耜疏言：『化澄诚贤，有廷论；斜封墨敕，何可为例？请补部疏，尚得体』。盖汲汲为阉预虑也。
晋永茂大学士；茂守制，佥请专知经筵，不入直。茂疏荐十五人为十五省乡望。疏上，王坤启视，殊不悦。未几，十四人皆朱之，山西道御史刘湘客一斥。永茂怫然曰：『朝廷方以经筵责茂，茂以十五省人进，非私也；斥湘客者，斥茂也』。即日解舟去。式耜疏言：『大臣论荐，新朝盛事。司礼辄去取其间，无以服御史，何以安大臣』？王坤复疏荐海内硕卿数十人；式耜又言：『司礼抑人不可，荐人更不可』。吏部都给事刘鼒等疏论坤内臣，不得荐人。永历怒，叱逐鼒等；式耜力持之，得复用。
御史童琳参都御史周光夏越资序、题差用，私乱台规非法；命廷杖琳。式耜力救，得免。
陞翰林院检讨方以智为中允。改御史刘湘客为编修，充经筵讲官；坤不悦湘客，且疑刘鼒疏出以智手。以智放舟去（时十二月十五日）。
清总兵李成栋兵薄广州，命前锋数十人以红布裹头扮作广军，直至城下，夺门而入；副将杜永和擒绍武并周王、益王、辽王等，尽斩之。苏观生伏诛，顾元镜、何吾驺皆投诚，百姓薙发归顺。时有石、马、徐、郑四姓联■〈舟宗〉海上，花山杨光林亦拥众数万，水陆交讧，民不聊生。成栋相机剿抚，于二十三日发兵往南韶而亲下肇庆。
二十五日闻报，式耜请视师，督战士驻峡口。王坤复请永历西避之，式耜争之不听，遂驾小艇上西峡。
丁亥正月朔，至梧州。时丁魁楚惑于奸弁苏聘，从梧西走岑溪；王化澄走浔州。随行者，止式耜一人。
是月十六日，成栋克定肇庆，随发副将杨文甫、张月领兵克取高、雷、廉三郡；即于二十九日一鼓而入梧州，广西巡抚曹烨出降，梧属俱遍令纳印。及南雄、韶州二府报捷，别遣副将阎可义等前赴琼州。
二月，永历抵桂林。式耜肃殿陛，敕守御；诞告楚、蜀各镇：粤西居山川上游，桂诚可都，疏请道里之可达桂林者。王锡衮、文安之为相，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿。时给事中丁时魁疏论新政，烺烺石划；召掌礼科。给事中金堡素有清直声，终制，敕召还。何腾蛟晋阁学督师。
而丁魁楚在岑溪屯兵千余，清人招之不服；乃水陆设伏，大战藤江，丁兵败，魁楚中箭死之。隰江、平乐相继投降，高、雷、廉三府俱报捷。四月，清兵渡海克琼州。
方警报之叠至也，王坤又趣永历往楚。式耜上疏，言胜败存亡、山川要害甚激切；略曰：『驾不幸楚，楚师得以展布，自有出楚之期；兹半年之内，三、四播迁，民心、兵心狐疑局促，如飞瓦翻手散而覆手合』。又曰：『在粤而粤在、去粤而粤危。我进一步，则人亦进一步；我去速一日，则人来亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粤不可轻弃。今日勿遽往，则往也易；今日若轻弃，则更入也难』。又曰：『海内幅员，止此一隅。以全盛视西粤，则一隅似小；而就粤西恢中原，则一隅甚大。若弃而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽。无已，请身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉节制。式耜仍疏请暂驻全州，以扼楚、粤之中。
当平乐之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，冲入文昌门，城中大恐。时焦琏自全甫归，从者数百人控弦提刃，与清兵接战；稍却之。清兵屯阳朔，遍野俱薙发。式耜与琏危城孤守，疏诣全，征安国公刘承胤兵。承胤初从武冈入护，犹持正守法，逐司礼王坤为弄权，面叱周鼎瀚为奉寺鼻息；故雅重式耜，发兵数千援桂。未几，承胤请金吾郭承昊、马吉翔、严云从封伯；御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？
吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚语，为董卓、■〈榷，氵代木〉、泛之议，激承胤怒，偪永历立命廷杖，而缚寿登、湘客及御史吴德操、给事中万六吉于午门外。会诸臣申救，得免；寿登等俱落职。承胤益横，胁劫永历