召大学士王应熊入朝。已而陛见请老，许之；赐金币还。先是，周延儒知己渐有异议，故荐以自代，资为援也。已而上知其非，故赐还。
闰十一月，下诏罪己。
下礼科给事姜埰于理。时有匿名书二十四气之说，隐诋朝士。埰上言：『诽语腾谤，必大奸巨憨恶言官而思中之；谓不重其罪，不能激皇上之怒。箝言官之口后，将争效塞蝉，壅蔽天听，谁为皇上言之哉』？上怒，立置狱。
召廷臣于中左门，问用督、抚之宜。都御史刘宗周对曰：『使贪、使诈，此最误事。为督、抚者，须先极廉』。上曰：『亦须论才』。又问御敌；御史杨若桥举西洋人汤若望习火器。宗周曰：『唐、宋以前，并无火器；自有火器，辄依为劲，误专在此』。上色不怿曰：『火器终为中国长技』。命宗周退。时姜垓、熊开元俱系狱，宗周又进请释之；曰：『厂卫不可轻信，是朝廷有私刑也』。上遽怒，仰视屋梁曰：『厂卫俱是朝廷，何公、何私』？宗周抗论不屈；都御史金光宸言宗周无他意。上益怒，宗周免冠谢。始命退。既而，姜垓、熊开元廷杖，刘宗周削籍，金光宸降调；廷臣疏救，不听。
给事中陈燕翼上言：『兵饷皆缘朝廷无刚正之臣，而利臣获进也。陛下设厂卫，即因厂卫为介绍；托近侍，即因近侍为援引。陛下筹兵、措饷不遗余力，而此辈平日所辇输以得官者，皆陛下之兵；所满载而侯代者，即陛下之饷也。必左右大臣发愤改图，庶几挽积习而强国本』。
十六年（癸未）春正月，左良玉率众二十万避贼东下，沿江纵掠。时降兵、叛将所在蜂拥，俱冒左兵攻剽；南都大震。留守诸军尽列沿江两岸，不问为兵、为贼，皆击之。良玉列状上兵部自白，兵稍戢，群贼始散。
三月，闯贼袭杀革里眼、左金王，并其众。时群贼俱归闯贼，听其约束，惟革里眼恃其众不相下。闯贼置酒宴左、革，杀之席上（革里眼名贺一龙）。
闯贼屯襄阳，命罗汝才攻郧阳久不下，多死。汝才所部怨闯贼。
改礼部仪制主事吴昌时为吏部文选主事，署郎中事。昌时好结纳，通太监王化民等，欲转铨司。吏部尚书郑三俊问乡人徐石麒，答曰：『君子也』。三俊遂荐于上。盖石麒畏昌时深机，故誉之；而三俊不知。
例转给事中范士髦等四人、御史陈荩等六人。故事：例转科一、道二。文选主事吴昌时特广其数，意胁台省，为驱除地也。
免直隶、山东残破州、县去年田租。
四月，闯贼数十骑突入汝才营；汝才卧未起，入帐中斩其头，汝才一军皆譁。闯贼以大队兵胁之，七日乃定，所部多散亡。汝才，延安人；多智而狡。初隶高迎祥，后合献忠；又合自成，折节下之。闯兵长于攻、罗兵长于战，相倚为用。汝才嗜声色，每破城邑，择子女之美者，后房数百、女乐数部。所至，珍食山积，酣燕歌舞。闯贼每噱之曰：『酒色之徒也』。以山东人玄珪为谋主，每事取决焉；闯贼并杀珪。
御史祁彪佳劾吴昌时紊制弄权，御史徐殿臣、贺登选各疏参之。
五月，召巡抚保定右都御史徐标入对；标曰：『臣自江淮来，数千里见城陷处，荡然一空；即有完城，仅余四壁。蓬蒿满路，鸡犬无声，曾不见一耕者；皇上何以致治乎』？上欷歔泣下。标又曰：『天下以边疆为门户；门户固，则堂奥安。其要致备内治，重守、令；守、令贤，则政简刑清，而盗自息』。上善之。标受事不久，而数数召见；盖闵念饥民，欲得其详也。
以魏藻德入阁办事。
命勳臣子弟骑射。
吏部尚书郑三俊自引咎罢；以误荐吴昌时也。大学士周延儒放归。给事中郝絅复参吏部郎中吴昌时、礼部郎中周仲琏『窃权附势、纳贿行私；内阁票拟机密，每事先知。总之，延儒天下之罪人，而昌时、仲琏又延儒之罪人也』。御史蒋拱宸、何纶亦交劾之。
闯贼攻袁时中，杀之；小袁营遂灭。
六月，召见桐城诸生蒋臣于中左门。臣言钞法曰：『经费之条，银钱钞三分用之，纳银买钞者以九钱七分为一金；民间不用，以违法论。不出五年，天下之金钱尽归内帑矣』。给事中马嘉植疏争之。
七月，召山东兵备雷演祚与山东总督范志完面质于中左门。先是，演祚入朝，面奏志完在山东纵兵淫掠及金银鞍马行贿，上命逮讯。至是逮至，面质。上问行贿京师状；演祚历历有指。上问演祚曰：『尔言称功颂德、遍于班联者谁也』？演祚曰：『周延儒招权纳贿，如起废、清狱、蠲租自以为功，考选科道尽收门下。凡求总兵、巡抚，必先通贿幕客董廷献，然后得之』。上怒，即命逮董廷献。又问志完鞍马何所馈？志完谢无有。上斥其妄。因问御史吴履中：『尔在天津，察志完云何』？履中对如演祚言。寻诛志完。
以史可法为南京兵部尚书。
发帑金四十万贮富新仓，出陈纳新，毋得轻重。
出千金资太医院疗疫。时京师大疫，自春徂秋，死亡略尽。又出金二万，下巡城御史收殡。
戒廷臣私谒内侍。果有事，朝房商之。
上自讯吴昌时于中左门，拷掠至折胫乃止。征周延儒听勘。初，