域，可为监戒』。不听。
京城浚濠，广五丈、深三丈。给事中夏尚絅上言：『连年塞垣失守，门庭无恙。若使堑水足拒，则去年通德、沧济，其为广川巨浸何限？而扬鞭飞渡，如入无人。则控扼险要在人、不在险明矣。掷此百万于水滨，孰若用之于岩疆，使敌骑不得躏入哉』！不听。
五月，出帑金三十万济饷，仍命后偿之。山西按察副使魏士章请遣京官搜括天下钱粮充饷；从之。
六月，礼部尚书林欲楫请核僧道赡地、毁淫祠，括绝田充饷。
张献忠复叛于榖城，罗汝才九营并起应之。既而二贼合于房县，左良玉追及之，大败而还，失其符印。事闻，革熊文灿职、降左良玉职，戴罪杀贼。初，文灿与大学士杨嗣昌深相结纳，嗣昌冀文灿成功，以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安；因请督师南征，上甚慰劳之。
安庆巡抚史可法以忧归。
考选科道左懋第等、给事中詹时雨等、试御史吴昌时等并各部主事。昌时首拟吏部，疏上，上自手定先后，示不测。昌时得礼部主事，谓薛国观所为：恨之。
七月，以司礼监太监张荣提督九门。
戒午门、端门诸内臣延接朝士，戒中外官馈遗请托。
八月，故庶吉士郑鄤磔于市。先是，吴宗达揭后，中书舍人许曦奏鄤不孝渎伦，又与温体仁疏合，命逮下狱。刑部尚书冯英会问奏称：『据原参谓郑鄤假箕仙幻术，蛊惑伊父郑振先无端披剃；又假箕仙批词，迫其父以杖母，亦未尝真指鄤之杖母也』。又称鄤有才名，语近回护。上怒，责其徇私，着吏部议处。法司再定鄤罪拟辟；上命加等，故磔于市。鄤初选庶吉士，有直谏声；文震孟、黄道周皆与之游。当事欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重；而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。
命大学士杨嗣昌以兵部尚书督师讨贼，赐尚方剑并「督师辅臣」银印；给金四万，赏功牌千五百，蟒紵绢各五百。
九月，杨嗣昌陛辞，上宴于平台后殿；手觞嗣昌三爵，赐诗。命会兵十万，给本、折色银二万两。出师之隆，莫盛于此。
免各州县田租有差。时中外交讧，上念穷民罹灾，己卯、庚辰之间蠲贷屡下；而有司骫法，侵蠹如故。
十月，彗星见。谕停刑。
杨嗣昌至襄阳，入熊文灿军中；逮文灿入京论死，弃西市。
拜左良玉为平贼将军。良玉所部多降将，嗣昌谓可倚以办贼，为请于上，故有是命。
辽将黄得功、川将杜先春屡战却贼，贼每避其军。
贼多购蕲、黄人为间，或携药囊、蓍蔡为医卜，或谈青乌、姑布星家言，或缁流黄冠，或为乞丐戏术，分布江、皖诸境觇虚实。时时突出焚掠；相持逾年，流毒四境。
十一月，庶吉士张居请行铜钞；从之。
是年，两京、河南、山东、山西、陕西旱，饥。
十三年（庚辰）春闰正月，纪录卓异诸臣。苏州知府陈洪谧多逋赋不预，寻削籍；松江知府方岳贡亦以逋负，夺官。
命巡城御史煮粥赈饥，发帑金八千赈真定、发帑金六千赈山东。
杨嗣昌奏辟永州推官万元吉为军前监纪；从之。
二月，给杨嗣昌万金；赐斗牛服，又赐海骝马一、枣骝马一、金鞍二。嗣昌驻襄阳，调兵会剿；以陕西兴安一路失期，斩其监军殷太白。
令会试贡士先廷对日习射。
风霾亢旱，诏求直言。
三月，赈京师贫民各钱二百。给事中左懋第上言：『去岁彗见，下诏停刑，而彗即消；何今日之不应也？夫停刑之诏，特其具耳；令之斋醮，犹其文也。臣知皇上先以文，即继以实；此时得无实尚未见而天不之信乎？臣敢以实进。练饷之派，以益军实；今兵汰而饷犹未免，恐贪者借以饱其私。惟陛下诏宽加派之数，使天下明知之。至于刑狱之轻重，宜一一得其实。停刑可以消彗，岂明刑不足以返风乎』？已而分赈畿南三万金，是日雨。
杨嗣昌次荆门，立大剿营，以新募湖南杀手二千人隶之；更以戏下骑兵为上将营，新抚降丁皆隶焉，以副将猛如虎将之。日望撤各镇内监还京。
策贡士于建极殿，赐魏藻德第一。先是，上召贡士四十八人于文华殿，上问『边隅多警，何以报仇雪耻』？藻德对曰：『使大小诸臣皆知所耻，则功业自建』。娓娓数百言。藻德，通州人；更自言戊寅守城功。上心识之。至是，遂拔第一。
四月，命考选大典湏科贡兼取，以收人才之用。已而吏部考选不列举贡，特命贡士并岁贡二百六十三人俱补部寺司属、推官、知县，不为例。
令朝臣及抚按各举将才。
黄道周以前召对忤旨，谪布政司断事。巡抚江西佥都御史解学龙荐举之。上以道周党邪乱政、学龙徇私，俱逮下理，廷杖论戍。户部主事叶廷秀请宽之，并杖，削籍。监生涂仲吉上言：『黄道周通籍二十载，半居坟庐，稽古著书；一生学力，止知君亲。虽言尝过戆，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦。此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也。昔唐太宗恨魏征之面折，至欲杀而终不果；汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。皇上欲远法尧、舜，