年月食火星，明年呼韩单于款五原塞；明帝永平二年日食火星，皇后马氏德贯后宫，明帝图画功臣于云台；唐宪宗元和七年月食荧惑，其年田兴以魏博来降；宋太祖太平兴国三年月掩荧惑，明年兴师灭北汉，遂征契丹，连年兵败。今者月食火星，犹幸在尾；内则阴宫，外则阴国。皇上修德召和，必有灾而不害者』。给事中何楷纠之；言『古人谓月变修刑，又言礼亏则罚见荧惑。诚欲修刑，莫如右礼；诚欲右礼，莫如修刑。杨嗣昌缕缕援引，出何典记？其言款塞者，欲借以伸通市之说也；其言元和者，欲借以伸招抚之说也；其言太平兴国连年兵败者，欲借以伸不敢用兵之说也。附会诚巧，矫诬实甚！至所述「永平皇后」等语，一篇之中，三致意焉；臣更不知其所指斥矣』。嗣昌复疏自理，但言科臣以危机中臣，不复及通市、招抚事。户部主事李凤鸣亦言火星逆行，常而非变；给事中解学尹纠其谄。然实考嗣昌所引年月，俱谬。
夺总督洪承畴尚书爵，仍以侍郎总督；左光先、曹应蛟并夺五级，限五月尽贼。
六月，以杨嗣昌入阁办事，仍署兵部。
七月，杨嗣昌母服才五月，有旨：『嗣昌大礼、大庆暨传制、颁诏诸大典不与，朝讲召见如常服随班』。给事中何楷劾嗣昌忘亲，上切责之。先是，吏部会推阁员，止及词臣资序。上不允，命并及在籍守制者；盖嗣昌为陈新甲地也。已而特召新甲为兵部侍郎，总督宣大。〔大〕学士黄道周上言：『朝廷即乏人，岂无一定策效谋者？而必破非常之格，以奉不祥之人』！上不怿。召群臣于平台，上问黄道周曰：『无所为而为之，谓天理；有所为而为之，谓人欲。尔前疏适当枚卜不用之时，果无所为乎』？道周对曰：『天人止是义利，臣心为国家、不为功名，自信其无所为』。上曰：『前月推陈新甲，何不言』？对曰：『时御史林兰友、给事何楷皆有疏，二人臣同乡，恐涉嫌疑耳』。上曰：『今遂无嫌乎』？道周对曰：『天下纲常、边疆大计，失今不言，后将无及，非私也』。上曰：『清虽美德，不可傲物遂非。惟伯夷为圣之清；若小廉曲谨，是廉、非清也』。道周曰：『伯夷忠孝，故孔子许其仁』。上怒其强说。道周又极诋杨嗣昌；嗣昌奏曰：『臣不生于空桑，岂遂不知父母；臣尝再疏，而明旨迫切。道周学行，臣实企仰之。今谓不如郑鄤，臣始叹息绝望。鄤杖母，行同枭獍；道周又不如鄤，何言纲常也』！道周曰：『臣言文章不如郑鄤』。上责其朋比；道周曰：『众恶必察，何敢为比』。上曰：『孔子诛少正卯，当时亦称闻人；惟行僻而坚、言伪而辩，不免孔子之诛』。道周曰：『少正卯欺世盗名，臣无此心。臣今日不尽言，则臣负陛下；陛下今日杀臣，则陛下负臣』。上曰：『尔读书有年，祗成佞耳』。叱去。道周叩头起，复奏曰：『「忠佞」二字，臣不敢不辨。夫臣在君父之前独立敢言为佞，岂在君父之前谗谄而谀者为忠乎？忠佞不分，则邪正混淆，何以致治』？上怒甚，嗣昌乞优容之。上曰：『朕亦优容多矣』。诸臣退，上召回，谕以毋党同伐异，宜共修职业。翰林院修撰刘同升、编修赵士春、给事何楷、试御史林兰友各疏救道周、劾杨嗣昌，俱谪调有差。
八月，总督洪承畴报陕西贼剿降略尽。
十月，京师戒严，召孙传庭于陕西、洪承畴于三边。于是承畴、传庭率诸将合兵五万，先后出潼关入援。贼曹操闻之，谓为剿己也，率九营从郧阳浅渚乱流而涉，突走均州，叩太和山。提督太监李维政乞抚。维政言于文灿，文灿乃檄止诸军，曹操九营皆就抚。曹操，名罗汝才。汝才既抚，屯群贼于房、竹，保障四邑；自言不愿受官食饷，愿为百姓耕由此中。文灿一切羁縻，檄汝才解散胁从，简壮勇从征立功；汝才不听，因与郧、均诸邑居民分地错壤而居。时张献忠亦就抚屯榖城，汝才遥与为声援。抚治郧阳戴东旻奏曰：『曹操就抚，不从解散之令，愿为百姓耕田；此目前为盗铃之说耳。张献忠入据榖城，屡檄不前；其意将有不可言者。然数省大寇环聚二、三百里，四面合围，实有釜鱼、阱兽之势。以理臣现在兵马，再令督臣发秦兵由兴安驰赴协同扫荡，实荡平之机也』。
十一月，括废铜铸钱。
十二年（己卯）春正月，叙缉奸功，东厂太监王之心、曹化淳荫锦衣卫百户。
二月，御史王聚奎劾刑科右给事陈启新缄默溺职；上切责之。都御史李先春议当夺俸，上不怿。谪聚奎，并罢先春。先春为编修林增志荐入，遂追责增志；增志亦引罪。
三月，左良玉大败河南贼于内乡。上闻其步兵淫掠，责之。
召参议郑二阳于平台，问练兵、措饷之计。对曰：『大抵额设之兵，原有额饷。但求实练，则兵不虚冒、饷自足用；是核兵即足饷也。若兵不实练，虽措饷何益』？上问措饷；对曰：『诸臣条例尽之矣，在得人。得人，则利归公家；否则在私室』。又曰：『臣见州县多破残，宜下宽大之诏，收拾人心』。上称善，擢佥都御史。
四月，抚治郧阳戴东旻免，以王鳌永代之。
谕释轻系。时上颇于内庭建设斋醮。给事中张埰上言：『宗社之安危，必非佛氏之祸福。正德初年，遣太监驱驰西