事务王大臣奏筹善后海防六策，命详议以闻。鸿章覆奏如原议，略谓：所陈练兵、简器、造船、筹饷、用人、持久六条，均救时要务。所未易猝办者，人才之难得、经费之难筹、畛域之难化、故习之难除。今日所急，惟在力破成见，以求实际而已；舍变法与用人，别无下手之方。伏愿皇上顾念时势艰危，节省冗费，讲求军实，造就人才，皆不必拘执常例。而尤以人才为急，要使天下有志之士无不明于洋务，庶练兵各事，可期逐渐精强。积诚致行，尤需岁月，迟久乃能有济。目前固宜力保和局，即将来器精防固，亦不宜自我开衅。
二年，英国使臣威妥玛因云南戕杀教士马嘉理，要求不遂，下旗将归国，鸿章以全权大臣赴烟台邀威妥玛商办。威妥玛坚求严办，适俄、德、法、美、日、奥六国公使及兵舰齐集烟台，鸿章故示整暇，往来谈燕，并召诸使、水师将领大会乐饮；六国协力阻英之请，乃与威妥玛定优待往来通商事宜，复寻旧盟。
三年，议覆穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后升祔位次，奏言：礼亲王等请仿照奉先殿成案增修龛座，为折中之论。惟太庙规制有定，国家统绪无穷；醇亲王请明降谕旨，晓示天下，自今以往，亲尽则祧，并请以后殿东西二梢间永藏祧主，此则导皇上以大让、酌庙制以从宜。礼贵因时，让为美德，非天子不议礼；应否允行，应秉圣裁。诏并如议。八月，晋豫亢旱，鸿章筹巨款赈济。时直隶亦患水，永定河居五大河之一，累年漫决，害尤甚；鸿章修复金门闸及南上北三灰坝、卢沟桥以下二百余里改河筑堤，缓其溜势，别浚大清河、滹沱河、北运河、减河以资宣泄。自是水患少纾。
五年，恭题穆宗毅皇帝、孝哲毅皇后神主，赏加太子太傅衔。
六年七月，始创海军，订造铁甲诸船于外洋；以管驾需才，奏立北洋水师学堂。电报之设也，鸿章初行于大沽北塘海口炮台，以通天津，传达号令；八月，遂设南北洋电线，自天津循运河逾江抵镇江而达上海，亘三千里。未几，各国请于上海建万国电报公司暨南北洋海线，于是接办沿海陆线，过浙、闽至粤，道里以倍。后十余年间，电线布满各省。巴西通商，以全权大臣定约。十二月，福建巡抚刘铭传疏请开行铁路，鸿章议有九便，事下所司。
七年六月，因慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后前岁春圣体违和，特谕各直省延访良医，鸿章疏荐道员薛福辰；至是大安，予优叙。九月，恭题孝贞显皇后神主，赏穿带膆貂褂。昔年鸿章于江宁、上海有机器制造局之设，于上海有轮船招商局之设，天津旧有机器局集资拓充，并开釆磁州煤铁矿、开平煤井，又设上海纺织局，近筑津榆铁路，远开漠河金矿，以浚中国之利源，杜外人之侵占；先后得旨允行。
八年三月，母病，予假一月，赴鄂省视，赏人。旋丁母忧，赐祭一坛；灵柩回籍时，着地方官妥为照料。谕俟百日后，以大学士署理直隶总督。鸿章累疏固辞，允开缺；仍驻天津督练各军，并署通商大臣。六月，朝鲜内乱；鸿章时在籍，趣赴天津，署总督张树声先饬提督吴长庆率淮军援朝鲜，定其乱。鸿章因为朝鲜酌定善后之策。
九年正月，奏请回籍营葬，予假两月，假满即回署任。六月，命署理直隶总督兼通商大臣；累疏乞终制，不允。
十年八月，服阕，授大学士、直隶总督兼通商大臣。十月，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭皇太后五旬万寿，赐御书「揆元经体」匾额，仍授文华殿大学士。时法、越构兵，越之山西、北宁皆陷。云贵总督岑毓英督师行边为越南援，法乃自请讲解。鸿章与法总兵福禄诺议订简明条款既竣，而法人伺隙陷越之谅山，薄镇南关，兵舰驶入南洋，分扰闽、浙、台湾，边事大棘。北洋口岸南始烟台、北迄山海关，延袤几三千里，而奉、直接壤之旅顺口为首冲，饬提督宋庆等率军守之，水师统领提督丁汝昌以蚊快船表里依护；副将罗荣光守大沽，提督唐仁廉守北塘，提督曹克忠、总兵叶志超守山海关内外，总兵全祖凯守烟台，重兵联络，海疆屹然。
十一年正月，朝鲜乱党突入王宫，戕其执政大臣六人，日本阴助之；驻防提督吴兆有等以兵入护，剿除乱党，伤及日本兵。日本藉以为辞，鸿章奉命为全权大臣，允其撤兵，而所索议处统将、抚恤难民，则严拒不许。法大败于谅山，又不获逞志于闽、浙、台湾，复寻成。四月，授全权大臣，与法使巴德纳增减前约，法事乃弭。五月，以筹济滇、粤前敌饷需、军火无缺，下部议叙。西法水陆将士皆出学堂，鸿章奏仿行之，挑选各防营弁勇入武备学堂肆业。九月，设海军衙门，醇亲王总其事，命鸿章会同办理。
十二年，以全权大臣定法国通商滇粤边界章程。
十三年，会订葡萄通商之约。
十四年，海军成，为船二十有八舰；檄饬海军提督丁汝昌统率全队，周历南北、印度各海面练习风涛阵技，岁率为常。
十五年，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献皇太后归政，懿旨赏用紫缰。
十七年二月，命偕山东巡抚张曜校