阅海军。十一月，热河教匪滋事，蔓延平泉、朝阳、建昌、赤峰四州县，分扰蒙古翁牛特诸旗；遣直隶提督叶志超往剿，旬日平其乱，下部议叙。
十九年正月，鸿章七十寿辰，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献皇太后御书「调鼎凝厘」匾额、「栋梁华夏资良辅，带砺河山锡大年」对联、福寿益寿字，御笔蟠桃图、无量佛带膆貂褂诸珍物，上御书「钧衡笃祜」匾额、「圭卣恩荣方召望，鼎钟勋勚富文年」对联、福寿字、无量佛诸珍物赐之。
二十年正月，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后六旬万寿，赏戴三眼花翎，子经迈员外郎。五月，朝鲜以东学党乱来乞师，饬提督叶志超助之；日本亦以重兵至，我军屡战不利，日本乘胜内侵，连陷九连城、凤凰城、金州、岫岩、海城、盖平、营口、大连湾、旅顺口，复据威海卫刘公岛，夺我兵舰。八月，拔三眼花翎，褫黄马褂。十月，革职留任，摘去顶戴。
二十一年正月，赏还翎顶、黄马褂，开复革留处分，授为全权大臣，往日本议和。三月，于马关会订条款十二，割台湾以畀之，日本交还所侵地，乃成和。七月，留京入阁办事。十二月，命充致贺俄国加冕头等专使大臣，并往德、法、英、美诸国聘问。
二十二年正月，懿旨召见，准令扶掖。鸿章周历各国考察政治七阅月，回京。九月，命在总理各国事务衙门行走。十二月，充经筵讲官。
二十三年，充武英殿总裁。
二十四年正月，特恩免带领引见。五月，稽查钦奉上谕事件处。七月，奉旨毋庸在总理各国事务衙门行走。九月，命往山东查勘黄河工程。十月，赐西苑门内乘坐二人肩舆。
二十五年二月，鸿章偕河道总督任道镕、山东巡抚张汝梅疏云：山东黄河自咸丰间铜瓦厢改道以来，光绪八年后溃溢屡见，遂普筑两岸大堤，尺寸初不高宽。乃民间先就河涯筑有小埝，随湾就曲，紧偪黄流；又因河滩淤高，埝自加增，官民相率守埝，大堤日久失修。每遇汛涨，埝决、堤亦随决，此历年失事病根也。古今言治河者，惟让地于水，实为上策；其次，则惟有展宽河身。今两岸大堤相距有五、六里至八、九里不等，应即就此两堤加倍高厚，永为修守，似不失为中策。第两岸之中，先有弃堤守埝之处，小民安土重迁，不肯远去，非可旦夕议定，暂宜照旧守埝，徐图更张。至下口入海尾闾，尤关全局。现在水行丝网口入海去路，偏向东南，形势不顺，不能筑堤；既无以束水攻沙，故不免下壅上溃。今勘得铁门关故道，尚有八十余里可通海口，较丝网口、韩家垣两路为顺，工亦较省。然建拦河大坝一座，挑深引河三十余里，修筑两岸大堤八十余里，所需工费颇巨。惟是下口不治，全河皆病；今欲大加整顿，不得不从长计议，核实勘估。其余如添修费以固根本，设减坝以泄异涨，以及设堡夫办豁免设厅汛等事，虽有先后缓急之分，实为将来必不可少之举。大约此项巨工，五、六年可期办竣，略如从前南河规模。但需南河三、四年修费；则一切法制犁然毕具，而山东无蓄清敌黄之累，收效亦较为远大。乃上所筹十策及比国工程师卢法尔拟具治河新法，以备采择。又言迁民修堤之举，繁琐委曲，断难克期告成；而频年决溢，河底积淤，如再节次决口，不特一切工程种种棘手，两岸灾民何忍再罹昏垫。为今之计，惟有择要加修两岸堤埝，疏通海口尾闾；既为目前救急善策，亦即治标以待治本之要图。下其奏，命军机大臣等核议施行。十月，充商务大臣，前往南北洋各埠考核商务。十一月，署理两广总督。
二十六年正月，京察；鸿章自同治三年始，十三次京察，并蒙优叙。二月，以上三旬万寿，赏穿方龙补服。四月，补两广总督。六月，调补直隶总督兼北洋通商大臣。时值拳匪肇乱，八国联军攻夺大沽炮台，陷天津。七月，入京师，上奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后西幸，命偕庆亲王奕劻为全权大臣，便宜行事。迭奉电旨，以鸿章公忠素着，威望信服，此行为安危存亡所系，勉为其难。鸿章闻警，兼程进。先饬提督梅东益等搜剿直隶各属拳匪，与两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、山东巡抚袁世凯奏请惩治首祸王大臣。各国公使持十二款要挟，鸿章处以镇静，力与辩论，卒定和约。大乱之后，公私荡然；奏办善后诸务，畿辅以安。
二十七年七月，和议成，联军退，鸿章力请回銮，奉俞旨。诏行新政，设政务处，充督办政务大臣，旋署总理外务部事务。九月，卒。谕曰：朕钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：大学士一等肃毅伯、直隶总督李鸿章，器识渊深，才猷宏远；由翰林倡率淮军，戡平发、捻诸匪，厥功甚伟。朝廷特沛殊恩，晋封伯爵，翊赞纶扉。复命总督直隶兼充北洋大臣，匡济艰难，辑和中外，老成谋国，具有深衷。去年京师之变，特派该大学士为全权大臣，与各国使臣妥立和约，悉合机宜。方冀大局全定，荣膺懋赏；遽闻溘逝，震悼良深！李鸿章着先行加恩，照大学士例赐恤，赏给陀罗经被，派恭亲王溥伟带领侍卫十员，前往奠醊；予谥文忠，追赠太傅