一饱，故其畏圩寨甚于畏兵。河北平原千里，无险可守，民又不知筑寨自保；张总愚本极狡猾，遂得肆意蹂躏，无处不流。且自渡黄入晋，沿途掳获骡马甚多，步贼多改为骑，趋避既捷，肆扰尤易。自古办贼，必以彼此强弱饥饱为定；衡贼未必强于官军，但彼骑多而我骑少，自有不相及之势。彼可随地掳粮，我须随地购粮，贼常饱而我常饥，又有不能及之理。今欲绝贼粮、断贼骑，惟有劝谕直隶、山西、河北绅民坚筑圩寨，如果十里一寨，贼至无所掠食，兵至转得买食，贼虽流而其技渐穷。二月，鸿章督军进德州，败贼安平、饶阳。三月，贼窜晋州，渡滹沱河，南入豫，折窜直隶，扑山东东昌。四月，趋茌平、德平，由德州西奔吴桥、东光，偪天津，下部议处；命总统北路军务，限一月殄灭。鸿章以捻骑飘忽，久成流寇，非就地圈围，终不足制贼之命；是时三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以为言。而直隶地平旷，无可圈围，欲就东海南河形势，必须先扼西北运河，尤以东北至津沽、西南至东昌张秋为锁钥；乃饬援津之郭松林、潘鼎新两军掘开沧州迤南捷地坝，泄运水入减河，于河东筑长墙断贼窜津之路；东昌运防，则淮军自城南守至张秋，东皖诸军自城北守至临清，并集民团协守。贼自盐山南窜，扑东昌运河，无可乘，复散走。闰四月，以剿贼逾限，予严议。时贼以官军严逼，奔突不常，北谋越减河，南谋越运河；以北路军势重，锐意南行，盘旋陵县、临邑间，旁扰茌平、德平，犯临清运防。鸿章虑久晴河涸，民团不可恃，且昼夜迫奔疲士卒，议乘黄河伏汛，缩地圈扎，以运河为外圈，以恩县、夏津、高唐之马颊河截长补短为里圈。号召民团，即马颊河南联墙筑卡，第余临邑南至济阳滨河百里，冀就西南一隅以制贼。其时官军大败贼于德州扬丁庄，又追败之商河，张总愚率悍党遁济阳，沿河北出德州，犯运防上窜，盐山、沧州皆为官军扼截，乃转向博平、清平。是时黄、运暨徒骇交涨，东昌、临清、张秋闸河水深不可越，马颊河亦经黄水漫入，河西北岸长墙绵亘，贼窜地迫狭，势益困。鸿章增调刘铭传军期会前敌将士分屯茌平之桃桥南镇至博平、东昌，圈贼徒骇、黄、运之内，而令马队于中兜逐，贼无一生者，张总愚投水死。西捻平。先行赏还双眼花翎、黄马褂、骑都尉世职，开复迭次剿捻不力各降革处分。七月，赏加太子太保衔，以湖广总督协办大学士。八月，入觐，赐紫禁城骑马。十一月，乞归省；予假一月。
八年二月，兼署湖北巡抚。八月，命驰赴四川查办总督吴棠参款；复陈所劾不实，道员锺峻、彭汝琮分别革休。十二月，命赴贵州督办剿苗军务，川、楚各军统归节制。
九年二月，甘肃逆回纠合土匪四扰，陕甘总军总督左宗棠驻军平凉，不及兼顾；命鸿章暂缓入黔，先赴陕西督办军务。七月，剿平北山土匪。值天津民人因匪徒迷拐幼孩案，牵涉教堂，殴毙法国领事官，焚教堂，法国使臣罗淑亚索犯急，且以兵舰集津沽为恫喝计；廷议促鸿章移师天津，密筹防卫。八月，调直隶总督，谕偕前任总督曾国藩速定谳。寻奏上，罗淑亚无异辞。十月，撤三口通商大臣，以总督兼任，改为北洋通商事务大臣。
十年，日本初请通商，授全权大臣与定约。
十一年正月，偕两江总督曾国藩奏选幼童赴美国肄业，又遴游击卞长胜等赴德国学习军械技艺。五月，授大学士，仍留总督任。六月，授武英殿大学士。
十二年闰六月，河道总督乔松年、山东巡抚丁宝桢筹治黄、运两河以通漕，下鸿章议。鸿章覆陈，大旨谓：淮徐故道，势难挽复，借黄济运与借卫济运及堵合霍桥决口、筑堤束水诸策，流弊亦多。河在东，虽不亟治，而后患稍轻；河回南，即能大治，而后患甚重。近世治河兼言利运，遂致两难，卒无善法。不知黄水既不能入运，断难一治而两全。为今之计，似不得不出于河自河、漕自漕。治河之策，不外古人「因水所在，增立堤防」一语，应令河道总督、山东巡抚察酌形势，量筑堤埝，俾资周防，而期顺轨。议漕政者，皆不以规复河运为望；然自道光六年即创办海运，咸丰以后无年不由海运，无年不由釆买。今日海道畅行，轮舶骈集，转输既捷，费用大省；复此难恃且费之河运胡为？苏、浙漕粮现既统行海运，江、广等省本改漕折，宜由各督抚酌提本色若干石运沪解津；不然，指拨漕折由南省釆买运津、或由天津招商釆办亦可。若虑缓急之间京储匮乏，应于无事时多筹釆运，使数年中得有一年之蓄，则内顾可以无虞。上嘉其所奏详尽，下部议行；兼谕乔松年、丁宝桢勘筑堤埝，以资捍御。十二月，以明年慈禧端佑康颐皇太后四旬万寿及上亲政后初届元日令辰，下部优叙。
十三年三月，授全权大臣，与秘鲁国议招工事，因定和约专条。十月，慈禧端佑康颐皇太后四旬万寿，加恩中外大臣有老亲年八十以上者；鸿章母未及八十，特赏御书匾额、玉如意、大卷江绸、八丝缎袍褂料。十二月，调文华殿大学士。
光绪元年，日本与台湾生番争，船政大臣沈葆桢治台事，鸿章饬提督唐定奎率淮军渡海助之剿抚。总理各国