，复图窜入腹地，以缓常州、嘉兴之围。循江而东，奄至江阴之南闸及周庄、华墅、杨库，犯常熟，所过焚杀。鸿章飞檄郭松林等弃金坛勿取，疾驰归援；令杨鼎勋、张树声选锐卒三千人横截江阴之焦店，而饬李昭庆、郑国魁由嘉兴赴援常熟。贼并集无锡、江阴、常熟间，围常熟尤亟。黄翼升督水师自白茅口进，与李昭庆、郑国魁合击，贼大败。又击走顾山陈市之贼，追过福山，常熟围解。贼退屯江阴之杨库、周庄、华墅、沙山，图西窜。三月，鸿章驰赴江阴长泾察贼势，檄提督刘士奇、总兵王永胜会郭松林军由福山、鹿苑江岸进，自率李鹤章、李昭庆、黄翼升、郑国魁水陆军驰抵沙山，连破贼营，追越华墅，分兵邀击杨库；贼惶遽，夜窜云亭，刘士奇、王永胜设伏鸡笼山败之。别贼万余，夜于三河口设浮桥六以待，云亭贼至欲渡而西，官军蹙之，贼争道，浮桥断，尸积水不流，沿江之贼尽歼。鸿章乃至常州督军，常州西北通丹阳，西南通金坛，镇江防军已克丹阳、提督鲍超克金坛，外援尽绝，陈坤书犹率悍党死拒。鸿章令戈登炮队攻南门，刘铭传攻北门，刘士奇、王永胜攻东南隅，时久雨勿霁，烟焰反扑，城倾数十丈；鸿章挥军登城，诸军接刃猛进，陈坤书犹以粤贼数千巷战，尽歼之，擒陈坤书。四月，复常州城，赏骑都尉世职。常胜军多失律，随攻常州又畏懦不先登，戈登惭思归国，乃撤常胜军。鸿章疏言：戈登屡立战功，请优奖以示荣宠。如所请行。六月，江宁平。叙剿贼功，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎；寻赐伯号曰肃毅。伪堵王黄文金拥众十万踞湖州，集悍贼于晟舍；鸿章以苏、湖接壤，防其窜越，令潘鼎新以水陆军拔长兴进击晟舍贼，次第毁其垒卡。七月，会浙军袭取湖州，刘铭传亦克广德州，追毙逆首黄文金，江、浙肃清。十月，充江南乡试监临。
四年正月，饬郭松林、杨鼎勋率军航海赴闽从闽浙总督左宗棠军，迭克漳州、漳浦等城，尽歼余贼。四月，科尔沁亲王僧格林沁战殁于曹州，曾国藩为钦差大臣，督其军；鸿章暂署两江总督。五月，奏遣潘鼎新一军由海道赴天津，屏卫畿辅。九月，谕鸿章统率所部各军赴豫西防剿，兼顾山、陕；鸿章历陈兵势不能远分、饷源不能专恃、军火不能接济，遂寝前命。
五年七月河漫，高邮汛掣卸清水潭坝；命会同漕运总督吴棠勘修。工成，予优叙。九月，趣鸿章驰往徐州，妥筹淮、徐以东各路防务。十月，曾国藩因病乞假，鸿章署钦差大臣；旋实授，节制各军专办剿匪事。捻匪时分股为二：张总愚窜陕西，为西捻；任柱、赖汶洸窜山东，为东捻。鸿章甫视事，东捻南趋金乡、鱼台、丰、沛诸县，谋犯清淮；，既挫于官军，反走山东，越河南境窜湖北。鸿章饬刘铭传、刘秉璋、周盛波、张树珊等蹑剿入鄂，迭败之。
六年正月，授湖广总督。二月，贼由湖北窜扰河南，直趋山东。五月，渡运河，济南戒严；淮、豫、东、皖各军虽屡胜，而贼瞬息千里，不能制。鸿章以督办军务日久疲师，奉旨戴罪立功，迅赴山东会剿。始，曾国藩督师时，议于运河东岸沿堤筑墙杜贼窜越。鸿章守其策而注重运西，饬豫军提督宋庆、张曜两军分守山东东平以上自靳口至黄河沈家口，周盛波分守开河至靳口，刘秉璋分守济宁至开河，杨鼎勋分守赵村石佛至南阳湖，李昭庆分守滩上黄林庄至韩庄八闸，皖军黄秉钧等分守宿迁运河上下游，声息相通，互为策应，使贼不得出运。六月，抵济宁。贼窜过潍县，欲趋登莱，鸿章谓偪贼入海隅聚歼为便，乃创胶莱河防之策，令刘铭传、潘鼎新于胶莱河南北二百八十余里筑长墙，会合豫军、东军分汛设守。奏言：衡量利害之轻重，与其驰逐终年流毒江、皖、东、豫、楚各省，不如弃一隅以诱之；与其往返运东，济、泰、兖、沂、青及苏之淮、徐、海各属均受其害，不如专弃登莱以扼之。胶莱河之防不密，则登莱无可扼；运河之守不密，则胶莱仍不足恃。贼踪已向胶东，臣意俟运堤与胶莱河防均已布定，乃可抽兵进剿，庶灭一贼、少一贼，贼智自困而兵力不疲。时任、赖诸贼麇集莱阳、即墨间，恐胶莱河防断其窜路，伺隙反扑堤墙，数败；七月，潜由海神庙扑渡潍河，东军御之不及，胶莱防溃。下部议处。鸿章亟饬淮、豫各军严扼运防，而令刘铭传、郭松林、杨鼎勋三军往来蹑击。十月，迫至赣榆，降酋潘贵升枪毙任柱于阵，赖汶洸率众窜山东。十一月，刘铭传等迫追，连败之诸城、潍县、胶州；贼穷蹙，遁入海滨洋河、弥河之交。官军围击，几歼其众，赖汶洸率骑数百走而南。十二月，复纠集千余骑突至沭阳，冲渡六塘河，窜扬州；道员吴毓兰驻守运河，率队击擒之，余匪悉降。东捻平，赏加一骑都尉世职。
七年正月，西捻张总愚由山西吉州踹冰北窜，迭谕鸿章迅饬刘铭传各军入援；未至，贼已分窜直隶东北平乡、鸡泽、南和诸县，下部严议，兼命鸿章亲督所部自临清、德州克日入直，相机剿办。又以贼纵阑入衡水、定州，拔双眼花翎，褫黄马褂，革骑都尉世职。鸿章奏言：办流寇以坚壁清野为上策，嘉庆间川、楚教匪赖此收功；即东捻流窜豫东、淮北，所至民筑圩寨，深沟高垒以御之，贼往往不得