击，贼大败，遁走嘉定。九月，进攻嘉定，克之。谭绍洸复纠苏杭贼大股来犯，由昆山、太仓北窜，连营于四江口、三江口、大河支港，俱设浮桥，将内窜。鸿章檄所部齐集黄渡，分三路进。自晨至暮，身自督战，诸军踰濠，直入贼营，毙数黄衣酋，贼大奔，水师循赵屯港截击，复大溃。追至三江口，死者不可胜计，于是松沪解严。捷闻，实授江苏巡抚。先是，华尔援浙，战没于慈溪，其副白齐文代之；十一月，奉调赴金陵，有异志，闭松江城索饷。鸿章与英提督议约十六条，黜白齐文，捕治之，易以英将戈登。裁定三千人，减其冗费，束以纪律，常胜军始复为用。常熟守贼骆国忠、董正勤以城降，福山诸海口皆下。伪忠王李秀城悉众围常熟，江阴援贼复窜陷福山。鸿章饬水师护常胜军出海攻福山，不克而还。
二年正月，兼署五口通商大臣；奏设外国语言文字学馆，是为鸿章创兴洋务之始。常熟围急，鸿章遣谍密谕骆国忠等固守，檄道员潘鼎新、提督刘铭传以三千人乘轮舟趋福山。二月，夺福山石城；常熟军知援至，亦启城出击，斩贼殆尽，围乃解。三月，复太仓州城。四月，乘胜复昆山。江苏为财赋之区，而赋额之重为天下最，而苏、松、太三属之浮粮尤为苏省最；弊由沿袭前代官田租额，乾隆中年以后办全漕者数十年，自道光三年、十三年两次大水后，无岁不荒、无县不缓，蠲减旷典，遂为年例。又有官垫民欠一款，大抵移杂垫正、移缓垫急、移新垫旧、移银垫米，以官中之钱，完官中之粮；其后，或豁免、或摊赔，同归无着。鸿章历陈积弊，请准减定苏、松、太三属粮额，以咸丰中较多之七年为准，折衷定数，每年起运交仓漕白正耗米一百万石以下、九十万石以上，着为定额，下所司议行。五月，又奏：密察贼情地势，有可虑者三、可幸者二。苏、常、杭、嘉为东南财赋最盛之区，逆众必死守力争，一可虑；苏、嘉各郡，湖河荡港千百通联，我难进而贼易守，二可虑；李秀城为诸贼冠，最多狡谋，去年迄今图救金陵，分窜皖江南北，又欲绕窜扬州里下河，若攻剿过急，则或挈众来援、或别图窜踞，三可虑。惟是江皖、浙东各有重兵堵截，提督鲍超等能再速克江浦、浦口，扼断北贼过江之路，都兴阿、吴棠果能堵淮扬，不使贼窜入里下河，则剿办较易，可幸者一；李秀城、李世贤分踞苏、浙，自见挫于官军，精锐大减，膏腴亦去其半，现惟嘉兴陈炳文部贼较多而悍；有蒋益澧扼其前、臣军缀其后，常州、无锡贼援甚广，深入颇难，但使稳扎稳进，徐图制敌，可幸者二。臣军为数已逾四万，今拟由昆山进苏州为一路，以程学启所部陆军当之；由常熟进江阴、无锡为一路，以李鹤章、刘铭传所部陆军当之；由泖淀进吴江、平望、太湖为一路，则李朝斌水师当之。以上三路，皆欲规取远势，以翦苏州枝叶而后图其本根也。又恐杭、嘉、湖各贼绕窜浦东、窥扑松沪，复令常镇道潘鼎新八营扼金山卫，编修刘秉璋七营扼洙泾，副将杨鼎勋五营扼张堰，联为一气，以防内窜，以固全局。报闻。六月，饬程学启、戈登进吴江，连破各险隘，贼以城降。七月，允两江总督曾国藩奏，毋庸改设南洋通商大臣，仍命鸿章兼理。于是鸿章分饬程学启、戈登规苏州，李鹤章、刘铭传规江阴，潘鼎新、刘秉璋规嘉善，以牵制贼势，师并进，江阴下。伪忠王李秀城由苏州纠集伪纳王郜云官等水陆十万偪大桥角营，李鹤章驰军四击，贼大败遁。九月，李秀城复自苏州、无锡、溧阳、宜兴聚众八、九万，泊运河口，自将悍贼据金匮之后宅，诸贼由望亭、后宅屯营互进，李鹤章亦立八营于大桥角与之持。鸿章以诸巨贼集西路，志在保无锡、援苏州，乃檄李鹤章、刘铭传等坚守后路，抽精锐之卒翻营击贼，程学启、戈登由苏州西北横出贼后，攻克蠡城、黄埭；周盛波亦击走芙蓉山贼，克雁台塘头；郭松林又败贼于安镇兴隆桥。李秀城移居麻塘，李鹤章、刘铭传合击，大破之，余匪悉窜走。于是苏、锡之贼皆大困。贼陷江南，以金陵、苏、杭为三大窟，而苏其脊膂，故李秀城百计援苏州，谭绍洸尤凶狡，誓死守；附城筑长城石垒，坚不可拔。程学启等顿军河东，累月不下。十月，鸿章莅苏视师，益趣攻，程学启缘南岸、戈登缘北岸，鸿章亲督之，尽出炸炮廿余，毁其长城石垒，郜云官等密款乞降，鸿章令斩李秀城、谭绍洸以献。李秀城夜遁，郜云官等刺杀谭绍洸，开齐门迎师降，首列名者八人，伪纳王郜云官、伪北王伍贵文、伪康王汪安均、伪宁王周文佳、伪天将范启发、张大洲、汪怀武、汪有为；精锐犹逾十万，分屯阊、胥、盘、齐四门。方歃血誓生死，要总兵副将官且未薙发，程学启恐不可制，白鸿章诛之，搜斩悍党二千余人。奏闻赏加太子少保衔，并赏穿黄马褂。十一月，李鹤章等军克无锡，饬程学启、李朝斌水陆由吴江之平望会师嘉善，守贼陈占榜降。嘉善既定，遂偪嘉兴，贼守御完备，久乃克之。
三年正月，戈登请以常胜军攻宜兴，鸿章令郭松林等水陆各军合剿，克宜兴，并克溧阳，败金坛伪刘王、伪襄王之众，平其附城诸垒，贼势大蹙。时伪护王陈坤书据常州，方合丹阳、句容诸贼十数万，绕出常州城北，捣官军之背；以无隙可乘