玉兵引入新安，成栋围新安；复弃城走博罗，遂据之。七月，大学士陈子壮起兵九江村，与邦彦共攻广州。初，邦彦约城内诸降将内应，期于是月之七日三鼓内外并起。子壮先期以五百舟师薄城，谋泄，佟养甲捕诸内应者悉斩之；发大炮击舟，舟毁兵退。北风大作，养甲乘风追之；子壮退保九江，又弃去，入高明，与监军麦而炫、知县朱实莲婴城固守。邦彦亦退；会清远指挥白曹灿反正迎邦彦，邦彦率舟师赴之。成栋用四姓贼郑昌等为导至高明，发炮破其城，杀实莲于南门楼；子壮、而炫被执。成栋遂围家玉于博罗；城破，家玉走增城，急攻之。成栋赴救，内外夹击。家玉败，火药尽，乃与诸将痛饮，夜投濠死；将士数千人皆死，无降者。子壮临刑骂不绝口，养甲寸磔之，分其胔骼散置各郡城楼。遍召广州诸绅坐堂上，观其受刑以惧之。而炫从死。而家玉首亦至东筦，李觉斯与家玉有隙，时在坐，请审视，恐为所欺；养甲曰：『视此貌清正，固是义士；必家玉也』。未数日，成栋破清远，邦彦率兵巷战，力屈赴水；北兵钩出之，与总兵曾天奇同槛送至广州。既至，亦大骂而死。陈子壮、张家玉、陈邦彦事虽不成，然义旗并举，牵制李成栋使不得西上，而桂林、武冈间犹得从容驻跸者，三人不为无功也）。
九月，上在柳州。式耜再疏迎驾，极言『粤西山川形胜、兵马人心，俱有可恃；年幸丰稔，飞挽有赀』。上遣阁臣严起恒、词臣刘湘客至桂林，与式耜酌量移跸事宜，何腾蛟亦至。忽尔安侯郝永忠帅铁骑万余自湖南来，百姓震骇，复与焦琏兵主客不和。会宜章伯卢鼎亦至，自是兵势稍壮。腾蛟遂帅鼎、琏等与永忠分汛防御，桂林以安。而柳州叛将覃鸣珂与守将龙文明构衅攻杀，几至犯驾。上幸象州。
十一月，北督佟养和帅兵至全州灌阳，腾蛟、式耜集永忠、琏誓于神，刻期出师；又命卢鼎与滇帅赵印选、胡一青等分路驻全。北兵至，合击大败之，追杀三十余里；斩首千级、夺马三百余匹，养和仅以身免。诸帅连营而军，亘三百里。北兵退，式耜复请驾还桂林。
十二月初五日，上自象跸桂，太后及两宫俱驻南宁府。先是七月，司礼监庞天寿奉敕至桂，催兵下梧州。王坤既被刘承允逐，夤缘马吉翔，复入。自武冈至柳、至象，票拟皆出吉翔手也；及至桂，始归诸内阁。阁拟复多改票，式耜争之不能得。是时腾蛟督诸将列营永福，而琏与永忠兵益不睦；琏走平乐，永忠壁兴安。
永历二年戊子正月，上在桂林。叙元年全州功，晋封腾蛟世袭定兴侯、柱国太师、兵部尚书；诸将周金汤、熊兆佐、马春麟各与挂印，滇帅赵印选新宁伯、胡一青兴宁伯，焦琏进封侯。
二月二十一日，报北兵前驱至灵川。二十七日，郝永忠兴安被袭，急奔回，逼上移柳州。式耜请侯督师腾蛟报至，不听；严起恒请迟至天明。方五鼓，乘舆已发矣；永忠放兵大掠。适滇营兵亦自灵川彻回，城中烟焰蔽天，兵刃相加，不辨主客；公私涂炭，朝士皆被戮辱。式耜亦被劫入舟，行三日，方回。泊漳木港，遇刑部侍郎刘远生、给事中丁时魁，请式耜下阳朔，催焦琏入援；先遣一吏入城，息烟火、收仓储余粒，草檄分路四发，俾远近知留守在也。于是焦琏自平乐驰入桂；楚镇周金汤、熊兆佐、滇帅胡一青闻变，皆至；督师腾蛟亦提兵自永福至。北兵侦知桂林兵变，乘虚袭桂，直抵北门。式耜守城；腾蛟督师三面出，一青领兵出拱极门，周金汤、熊兆佐领楚兵出武胜门，焦琏随督师出北门。琏纔遇敌，即奋臂大呼『诸将军看琏杀敌』，单骑横矛直冲敌营；敌围之数重，琏左右奋击，敌散而复合者数次。琏部将刘起蛟见琏被围，大呼杀入与琏合，连砍数十人，贯其营而出。赵兴、白贵以锐师四面急攻之，皆殊死战；滇、楚诸营又从旁夹击、敌不能支，遂溃。一青从东来奋击，复大败之。一青骑剪鬃马，敌呼之为牛；遇之，辄曰：『避骑牛蛮子』。为人短小便捷，马上腾掷如飞；善用铁标鎗，于十数步中取人，百发百中。马毙，斩一敌，跃上其马以驰，与琏追杀二十里。北帅堕马几获，遂北渡甘棠遁去。留守于北门待督师还，并辔入城；时三月二十二日事也。当永忠之乱，监司、府县俱哄散，百姓逃匿山寮间，是时诸将列营榕江，日需米数百石无所出；式耜多方搜括，得升升往、得斗斗往，督师计升斗分给士卒。久之，民多乐输，饷大足；督师乃得率诸帅出严关，与留守交相劳苦，复交相庆。
上以三月初十日至南宁，扈跸大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、兵部尚书萧琦、给事中吴其靁、洪士声、许兆进、尹三聘七、八人耳。至是，式耜乃上疏讯行在所，候上及三宫起居；上始知留守无恙、桂林复全，为之泣下。下诏褒赏，慰劳有加。
四月乙未朔，王子生。
初十日，江西金声桓反正疏至。声桓，本宁南侯左良玉之部曲；随良玉之子梦庚降附，用为江西提督。副将王体仁本骁贼受抚者，兵最强，声桓忌之；乃与其部将王得仁深相结，并相结帐下诸健儿，以计杀体仁，用得仁领其军驻建昌。幕中曹子悦，信丰人也，每劝得仁反正；声桓幕客