为桂林留守，大学士吴炳随行。式耜请暂驻全州，去桂稍近，军机易以呼应；从之。二十五日，平乐府陷；守将陈邦傅走柳州，北兵乘胜直上。上在全州，命全州防守副将焦琏率所部兵尽入桂林，为防御计。初，琏以破靖江王有功，升参将，驻黄沙镇；是时闻命，星驰赴援。至甘棠渡，水涨浮桥断，搜渔舟次第得渡。三月初一日，北兵破阳朔；初九日，到刘仙岩下。琏以初十日，抵桂林城。十一日，北兵突至，数十骑冲入文昌门，直上城楼，下瞰留守公署，矢注如雨。式耜方缓带从容。忽仰见城上铁骑驰骤，讶曰：『岂是□耶』？急召琏。琏兵悉散遣领粮，一时不集。琏方裸，不及披甲，挟弓矢趋至城下，连发数矢，毙其二骑，琏亦被射中臂；拔镞更射，又毙数骑。骑奔，徒步追之；兵亦渐集，乘胜奋杀，连砍十余骑，桂林以全。
是时，定蛮侯刘承允从武冈入卫，颇尊朝廷。恶王坤弄权，疏逐之；面叱周鼎瀚仰寺官鼻息，不为礼。闻桂林有警，即遣劲兵千人赴援；兵未至，而□已败退。承允以拥卫功，晋封宏国公。刘承允请封掌锦衣卫事马吉翔、东司房郭承吴、西司房严云从伯爵，以酬扈驾之功；于是吉翔封文安伯、承吴遵化伯、云从靖江伯。御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？给事中万六吉、御史吴德操继论之。吉翔等疑寿登疏出编修刘湘客，指鼎瀚复造蜚语为董卓、■〈确，氵代石〉、汜之说以激怒承允。承允诉诸上，逼上立下廷杖。有旨：缚寿登、湘客、六吉、德操于行在午门外；承允复力为申救，得免，皆夺职。承允与吉翔内外交结，益跋扈不可制；要上幸武冈。式耜屡疏争之。某逼杖寿登等者，亦以四人主还跸之议也。及是，闻桂林之捷，知粤西渐安，上将返跸桂林；四月，劫驾移跸武冈，改为奉天府，政事皆决于承允矣。而承允前所遣援兵，在桂与焦琏兵主客不和；于五月十四日与琏兵哗斗，击伤琏，大掠城中而去。留守瞿式耜檄诛为首者二十余人，疏劾承允驭兵无律状。十五日，琏兵亦出城，赴黄沙镇。
北兵侦知桂林兵变，复图来攻，大集平乐、阳朔之众，号召土贼、猺人蜂拥而至。琏闻知，复从白石潭回桂。部署略定，二十五日北兵薄城下，营于文昌门外。时方积雨，城坏，□百计攻之，吏士皆无人色。琏裹创披甲，督诸将分门扼守，副将白贵、白玉坚堵文昌门；式耜用大炮击杀数骑，势少却。二十六日黎明，琏与白贵等未及蓐食，遽开城门出战；掩其不备，击杀数千人。自辰抵午，琏呼曰：『兵腹枵矣，奈何』？式耜急括署中米蒸饭，缒城下分哺再战。日晡，雨未息，收兵。明日，复出战，士气百倍；北兵大败，尽弃甲仗而逃。副将马之骥隔江复发大炮助其声势，遂乘胜追击数十里，斩级数千。初，北兵分路，一从栗木岭来，不知前兵已败；马之骥闻之，疾驰渡江，未登岸，敌争迎击。之骥运槊大呼，连毙三人，皆奔窜；复追杀二十里而还。自是北兵胆丧，不敢复窥桂林矣。琏骁勇敢战得士卒心，久于桂受留守国士遇，故桂林赖以再全。捷闻，晋封琏新兴伯、式耜临桂伯。式耜力辞，不允；再疏请还跸全州，不报。
上在奉天，召户部侍郎严起恒为大学士，同吴炳入阁办事。起恒，浙江绍兴人；崇祯辛未进士。初任广州府知府，以廉能，升衡永道。十六年癸未，献贼躏湖南，官兵逃散；独起恒守永不出，谕门吏早暮鼓吹如常。永人恃以安，去者渐返；贼退，永独全。上即位，加户部右侍郎，督饷湖南，饷不匮。至是，召入行在为东阁大学士。为人清介和惠；虽非戡乱才，然一尘不染，颇为藩镇所畏服。湖南流贼曹志建等十数营相率来归，封志建保昌侯；晋何腾蛟总制驻衡州，巡抚堵允锡驻长沙，声势颇振。焦琏既屡战胜，遂于八月初六日率兵直趋阳朔，下平乐；叛将李明忠据浔以瞰柳，闻之宵遁。陈邦傅亦由宾州、柳州出，复浔州，次复梧州。
全粤初定，留守瞿式耜复具疏请还桂林，奉旨择日返跸。而北兵已陷长沙，由宝庆直趋行在。二十五日，突至奉天城外，上奉两宫踉跄斩关出，从间道达靖州界；百官星散，大学士吴炳被执死焉，刘承允举城降。护驾参将谢复荣以兵五百人断后，与追骑战死于王家堡。上遂由靖至柳，道出古泥，总兵侯性、司礼监庞天寿帅舟师五千来迎。会天雨泥淖，乘舆服御沿途散失，宫婢、内竖皆狼籍雨中，饥困不能兴。性预敕行宫盛供帐，凡御用器物悉备；中外随驾者仅百余人，所需无有缺乏。上大喜，太后言于上，面封性商邱伯，以天寿代王坤掌司礼监印务。上次柳州（初，李成栋尽锐而西，直抵平乐，桂林势甚危。会粤东余龙起兵龙湖江盗，有众万余出没甘竹滩。广州陷，建义者多归之，其势益张；焚北船于东筦，遂突广州。北抚佟养甲坚壁不出，檄成栋还师御之。兵部左侍郎张家玉、举人韩如璜起兵攻东筦，县令郑霖开门以应。已闻成栋且至，遂弃城以舟师屯杜■〈氵〈穴上告下〉〉村。遣张元莹、陈瑞图奉表行在，进家玉兵部尚书。兵科给事中陈邦彦亦起兵于高明，使其门人马应房以舟师围顺德。成栋既破余龙，遂趋顺德，应房迎战败死；移兵攻杜■〈氵〈穴上告下〉〉村，韩如璜死之。家