。太祖谓刘基曰：“我不当有安丰之行。使陈友谅乘我之出，京师空虚，顺流而下，捣我建康，我进无所成，退无所归。友谅不攻建康而围南昌，此计之下者，不亡何待！”乃知天命有所归也，遂班师。
太祖克江州，伪汉陈友谅下伪丞相胡廷瑞、平章祝宗闻知，遣人赍书以南昌来降。太祖既到南昌，命宗与同佥康泰跟随徐达攻武昌。宗等中途叛回南昌，据城参政邓愈遁走。宗执知府叶琛等官杀之。闻大军来，复弃城走。江西平陵后，太祖曰：“得江西是去陈氏之一臂，况其地乃楚之重镇，为吴西南之藩屏，人好讼难制，山寨来降者多，非骨肉老成莫能治之。”是命亲侄文正为大都督府左都督，节制中外诸军事，往镇江西。太祖特命儒士郭子章、刘仲服为辅佐参谋。
文正到镇，招谕山寨来降，头目尽皆归顺，好讼者诛之，号令严肃，远近震慑。岂期荒淫，惟用掾史卫达可等小人为心腹，专求民间闺女，用则数十曰，不用即投之于井，为数甚多。凡遇太祖差人到彼公干，多以银、段钳之，受者蔽而不言其恶。按察佥事凌说到任，察其实劾奏之。太祖即取回文正问罪，其郭子章、刘仲服、卫达可、王三元帅不谏阻，皆诛之。及部下随从、头目五十余人，尽皆断其脚筋。太祖既问文正，明曰欲治之。皇后谏曰：“文正虽骄纵，自渡江以来，克太平，破陈也先，营取建康，多有战功。坚守江西，陈氏强兵不能克，皆其智勇也。况乃骨肉亲侄，纵有罪．亦当宥之。”太祖曰：“后言是也，且释之。”未久，太祖命文正整点荆州城，回京未用，复出不逊之言。太祖意其怀不轨，欲废之。皇后极谏：“文正止是性刚，恐无此心。文正母见存，当念其母子之情，用曲赦之，且见亲亲之义。”太祖从后言宥之。后复遣文正往濠州祭祀，暮夜与从人议，有异志，从人备告，太祖废之。及分封时，命其子守谦为靖江王，以奉其祖祀。
都督朱文正守江西，以各府山寨头目或降或叛，发解到京。太祖以此等人持两端之心，尽投于水。
文忠守严州，取娼妇韩氏在家留宿。太祖知之，差人将韩氏诛之，召文忠问罪。皇后劝谏，复令还严州。既至，儒士赵伯宗、宋汝章乘机说文忠，曰：“此去得回，若再取不得回也。当早图之。”文忠于是使伯宗等潜往杭州张肆平章处通好。伯宗既回，文忠与郎中侯原善、掾史闻遵道议降书。闻太祖差刻期赍亲笔家书，复召文忠。文忠得书甚喜。比到京，太祖又抚之甚切，赐以好马银两，令文忠速还严州，用心镇守。文忠既还，与侯原善等曰：“我几乎着你等误了，此事当如何区处？若事泄，何面目见上位。”原善曰：“大人饶我等性命，当有个处置。止厚饵此二人无言语为上计。”文忠悟之，乃以书付伯宗等，以筵宴饯之。使其醉，令宣使俞也先管送至船，比到大浪滩下，文忠己令泼舍候于滩岸，呼船近岸曰：“官人再有分付言语。”泼舍上船，将伯宗、汝章等缚投于水。
太祖尝曰：“濠州乃吾家乡，张士诚据之。我虽有国而无家。”是以遣龚希曾潜往濠州说萧把都。后把都以濠州降，太祖曰：“今曰有国有家，遂我志也。”于是经理濠州城，修治皇陵等事。
太祖尝曰：“浙西寺院田粮多，寺僧惟务酒肉女色，不思焚修。”尽起集京城工役，死者甚多。皇后谏曰：“度僧本为佛教，为僧犯戒，自有果报。今使工役死亡，有所不忍。”太祖从后言，尽释之。
太祖命冯国胜围高邮。伪佥院俞某开门诈降，国胜轻信，辄令指挥康泰等数百人先入城，俞某于城楼上忽放下闸板，关其门，尽杀之。太祖知不利，即召国胜回，决以大杖十，罚其步走高邮。国胜怒，四门齐上，一鼓而破之，俞某就擒。
太祖以陈宁为浙东按察使，无正行。皂隶小毛赴京讼之。太祖提取自问，伏罪。太祖曰：“这禽兽之行，岂是你读书人所为！”下应天府狱。一年岁尽，押至聚宝山听决。太祖坐于山上，令百官地坐，数其罪而宥之，除太仓市舶提举。太祖曰：“若盗我舶货，那时处死。”后至御史大夫，与胡惟庸为党，死于极刑。
太祖克建康，获元帅者林，宥其死而复其职。不久逃至杭州。太祖曰：“林思旧主，既去，勿追。”后任广西省平章。廖永忠克广西，林来降。到京，太祖集百官数之曰：“尔元朝臣子，既失城池不死，我宥尔罪复尔职，背我而逃，且为其主也。今又失广西，分当一死，不死来降，不忠之人，岂可留之！”杀于市。
元至元间，杨琏真珈发宋庙诸陵，以理宗首骨截为饮器。太祖既得燕都，命守臣吴勉寻访到京，太祖命埋之于城角寺。及览浙江所进地图，有宋诸陵，命瘗于旧穴。
太祖以许元为祭酒，还家祭租，受太祖及皇太子厚赐。浙江按察佥事程孔昭劾元不当用象牙床及杭州娶妾，太祖以元安置南雄，后遇赦恩回家。王蕟（音发，草名）子祭胡大海回京，奏元安置人数，不在赦例，赦罪人，不赦安置。提元到京，下狱病死。
太祖早晚于西楼上决事，皇后潜听之。如闻上怒，