四月初一日，命尽去各衙门印文“南京”二字。初，南都有拥戴潞藩之议，列名苦无符印，遂窃南礼部印印之。及士英既入，欲执议以起大狱，议乃止。后管绍宁署礼部事，大索三月，印卒不获。至是，士英乃请改铸另给焉。
初四日，宁南侯左良玉举兵东下。初，左客胡以宁献计，令伪太子手书血诏付左。左佯受诏，为坛而哭，洒血誓师。心惮江督袁继咸在九江。胡以宁旧与袁游，即遣以宁持伪太子旨绐袁会师。部署三十六总兵而东，以江西属其部将金声桓。良玉乃驰疏列士英罪状，又传檄各镇云：“盖闻大义之垂，炳于星日，无礼之逐，严于鹰。天地有至公，臣民不可罔也。奸臣马士英根原赤身，种类蓝面。昔冒九死之罪，业已侨妾作奴，屠发为僧。重荷三代之恩，徒尔狐窟白门，狼吞泗上。会当国家多难之日，侈言拥戴劝进之功。以今上历数之归，为私家携赠之物。窃弄威福，炀蔽聪明。持兵力以胁人，致天子闭目拱手；张伪旨以俗，俾兵民重足寒心。本为报仇而立君，乃事事与先帝为仇，不祗矫诬圣德；初因民愿而择主，乃事事拂兆民之愿，何由奠丽民生？幻蜃蔽天，妖蟆障日。卖官必先姻娅，试看七十老囚，三木败类，居然节钺监军；渔色罔识君亲，托言六宫备选，二八红颜，变为桑间濮上。苏、松、常、镇，横征之使肆行；李、会稽，妙选之音日下。江南无夜安之枕，言马家便尔杀人；北斗有朝慧之星，谓英名实应图谶。除诰命赠荫之余无朝政，自私怨旧仇而外无功能。类此之为，何其亟也！而乃冰山发焰，鳄水兴波。群小充斥于朝端，贤良窜逐于崖谷。同己者，性侔豺虎，行列猪，如阮大铖某某等数十巨憝，皆引之为羽翼，以张杀人媚人之赤帜；异己者，德并苏黄，才媲房杜，如刘宗周、姜曰广、高弘图数十大贤，皆诬之为朋党，以快如蛇如虺之狼心。道路有口，空怜职方如狗、都督满街之谣；神明难欺，最痛立君由我、杀人何妨之句。呜呼！江汉长流，潇湘尽竹，罄此之罪，岂有极欤？若鲍鱼蓄而日膻，若火木重而愈烈。放崔、魏之狗，遽敢灭伦，收闯、献之弥猴，教以升木。用腹心出镇，太尉朱Г之故智，几几殆有甚焉；募死士入宫，宇文化及之所为，人人而知之矣。是诚河山为之削色，日月倏以无光。又况皇嗣幽囚，烈祖悲恫。海内怀忠之臣，谁不愿食其肉？敌国向风之士，咸思操盾其家。本藩先帝旧臣，招讨重任。频年痛心疾首，愿为鼎边鸡犬以无从；此日履地戴天，誓与君侧豺狼而并命。在昔陶八州靖石头之难，大义于今炳然；迄乎韩蕲王除苗氏之奸，臣职如斯乃尽。是用厉兵秣马，讨罪兴师。当郑畋讨贼之军，忆裴度闲邪之语。谓朝中奸党尽去，则诸贼不讨自平；倘左右凶恶未除，则河北虽平无用（上七字原缺，校者据《明李遗闻》补）。三军之士，戮力同仇。申明仁义之令闻，首严焚戮之隐祸。不敢妄杀一人，以伤天心；不敢荒忽一日，以忘王室。义旗所指，正明为人臣子不忘君父之心；天意中兴，必有间世英灵矢翼皇明之运。泣告先帝，揭此心肝，愿斩贼臣之首以复九京，还收阮奴之党以报四望。倘惑于邪说，诖误流言，或受奸臣之指挥，或树义兵之仇敌，本藩一腔热血，郁为轮困离奇，势必百万雄兵，化作蛟螭妖孽。玉石俱焚之祸，近在目前，水火无情之时，追维心痛。敬布苦衷，愿言共事。呜呼！朝无直臣，谁斥李林甫之奸邪？国有同心，尚怀郑虎臣之素志。我祖宗三百年养士之德，岂决裂于佥壬？大明十五朝忠义之心，正宜暴白于魂魄。速张殪虎之机，勿作逋猿之薮。燃董卓之腹，膏溢三旬；籍元载之厨，椒盈八百。国人尽快，中外甘心。谨檄。”又沿途张示，称本藩奉太子密旨，率师赴救。士英等大惧，京师戒严。江督袁继咸疏请赦太子以遏止之。中旨切责。
时左兵由九江、安庆至建德，顺流而下。士英调黄得功、刘良佐离汛，遣刘孔昭、阮大铖、方国安、朱大典同御之。大铖誓师江上，衣素蟒，围碧玉，见者诧为梨园装束。升大典兵部尚书，国安挂镇南将军印。刘泽清亦托勤王，率兵大掠南行，扬、泗、徐、邳，势同鼎沸。
史可法连疏告警。帝曰：“上游急则赴上游，北兵急则赴北兵，自是长策。”可法曰：“上游不过欲除君侧之奸，原不敢与君父为难。若北兵一至，宗社可虞。不知辅臣何意蒙蔽至此？”乃移书士英，恳其选将添兵，大声疾呼。士英惟以左兵为虑，不应。可法又请面朝处分东宫，以息群嚣。帝谕：“西警方急，卿专心料理，待奏凯复见。”可法叹曰：“奏凯二字，谈何容易？诚如上言，面君不知在何日矣。”又连上二疏，一劾各镇拥兵糜饷，一劾李成栋避敌南奔。士英亦不应。
帝惟以选淑女为急。先是，应天府选进三名及司礼监选进六名，俱无可意者，特遣内监田壮国往杭州，选到陈氏、王氏、李氏三人，著于十五日进元晖殿，命户、工部各委官一员，采办中宫珠冠、礼冠三万两，常冠一万两。
杀从逆光时亨、周钟、武愫。又杀武德道佥事雷缤祚、礼部主事周镳。镳与钟，从兄弟也，负时誉，与阮大铖有隙。士英参钟从逆，谓镳当坐。纟寅祚亦与大铖有怨。光时亨者，