张贤等，并获船只、器械』。下部察叙。
癸亥（初三日），颁赐荷兰国王段匹、银两，以二年冬助剿「海逆」有功也。
浙江总督赵廷臣奏：伪将军郑殷就抚。
秋七月甲午（初五日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：『自康熙元年至三年止，合计投诚文武官三千九百八十五员、食粮兵四万九百六十二名、归农官弁兵民六万四千二百三十名口、眷属人役六万三千余名口、大小船九百余只』。下部知之。
丁未（十八日），以福建水师提督施琅为靖海将军，承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富副之；征剿台湾。
八月戊辰（初九日），浙江总督赵廷臣奏：伪兵部侍郎蔡昌登等投诚。
甲戌（十五日），浙江总督赵廷臣奏：『逆渠张煌言盘踞浙海多年，其下伪官节次招降，独张煌言抗不就抚。臣与京口将军刘之源先后发书遣使谕以祸福，劝其去逆效顺；张煌言至死不悔，虽将随从兵弁船只起发进关，犹借名归隐，徜徉海外。臣即驰赴定海会商水陆提督哈尔库、张杰，分遣将士、配坐船只，由宁、台、温三路出洋搜剿；毁其贼巢，歼其余党。侦知张煌言披缁远遁，密令饶勇将备徐元、张公午扮成僧民，随带健丁火器潜伏普陀山一带，仍拨将弁扼守要路以防奔窜。至七月二十日，瞭望朱家尖有赶缯船一只；急举火器前击，获有活口林生、陈满等，知张煌言见在悬山范岙。徐元等即驾所获贼艘，尾随八桨兵船，令活口林生等仍扮差回原船，使之不疑；乘夜进一小港，从山后觅路突入账房，遂擒张煌言及其亲信余党。搜出伪视师兵部银方印一颗、伪关防九颗，枪炮、盔甲、旗伞等物。三省之出没渠逆，一旦生擒；凡经过宁、绍、杭各府，百姓聚观如堵。从此奸宄绝迹，海宇肃清』。得旨嘉奖，下部议叙。
己卯（二十日），湖广总督张长庚奏：『靖西将军都统穆里玛、定西将军都统图海等率禁旅与三省绿旗兵合剿西山巨逆郝摇旗、刘汝魁等，业经授首。独李来亨拥众茅麓山，最为险峻；官兵昼夜环攻，贼势穷迫，其党陆续下寨归降。八月初五日，李来亨全家自缢，举火焚巢，官兵搜剿余党。楚寇荡平，金师奏凯』。下部议叙。
九月丙午（十八日），广东总督卢崇峻奏：『平南王、将军、提督等统领官兵于八月十二日进剿碣石卫贼巢，擒斩贼首苏利，俘获余党万余；贼寨荡平』。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十五日），福建总督李率泰奏：『官兵会剿茶子畬山寇，生擒贼首余角，余党俘斩无算，各峒寨悉平』。下部察叙。
冬十月丙寅（初八日），靖南王耿继茂奏：『荷兰国出海王于八月十六日带领番船十只、番兵千人抵闽安镇，约九月二十至围头取齐，于十月初旬往澎湖攻贼巢，候风便进取台湾』。下部知之。
戊辰（初十日），「海逆」张煌言伏诛。
康熙四年乙已（一六六五）春正月庚戌（二十三日），福建总督李率泰奏：『闽海厦门各岛前已荡平，惟南山、镇海、佛潭桥一带余孽盘踞，总兵官刘进忠等进剿，于三年九月初四日亲统官兵阵斩逆贼七千有奇，招抚男妇一万三千余名。在事有功人员，应请议叙』。下部议。
二月己未（初二日），广东潮州总兵官许龙奏：『舟师直抵碣石，逆贼苏利势穷，逆属及伪副将陈耀等就抚，获贼艘九十七只』。
丁丑（二十日），谕吏部、兵部：『广东逆贼苏利反叛，地方官多罣罪戾。今思苏利以投诚住居内地仓卒叛乱，与外来贼寇失于防御者不同。且当苏利反叛之际，该省王及将军、总督、提督即以本省兵力将逆贼剿灭，地方荡平。其系苏利反叛一案，凡地方大小各官之罪，俱着宽免』。
夏六月丙辰朔，调朱祚昌为直隶山东河南总督（由福建总督调）。
秋七月丁酉（十三日），正黄旗精奇尼哈番郑世袭奏：『微臣悔罪归诚，乞赐母子完聚』。得旨：『郑芝龙罪大正法，因将伊妻收养；郑世袭知伊父之罪，既经投诚，其母颜氏着给伊完聚』。
己亥（十五日），平南王尚可喜奏：广东饶平总兵官吴六奇老疾不能供职。上念吴六奇有投诚防汛功，命其子吴启丰以副将管广东饶平总兵官事。
八月庚午（十六日），兵部议叙康熙二年进取金门厦门、康熙三年改克铜山等处功，加靖南王耿继茂俸银一千两，赏海澄公黄梧大蟒貂裘、鞍辔等物，加黄顺等二十人为左督都、施琅等六人为右都督、陈斌等十一人为都督同知、黄英等十一人为都督佥事。
总兵杨富以进援中伤落水复出，授拜他喇布勒哈番，准袭二次。各将士加等、授职有差。
九月己丑（初六日），福建总督李率泰奏：水师右路总兵官杜永和连破「海寇」，斩伪将乌角车等。
冬十月庚辰（二十八日），浙江总督赵廷臣奏：郑逆伪左都督朱英自澎湖率众投诚。
十二月己卯（二十八日），兵部议覆广东镇海将