军王国光奏：郑逆贼伙向泊铜山、炫锺等处，复驾船七十余只冲入甲子所港口挽泊。得旨：『设立水师提督、总兵官等，原为防御海寇。今福建铜山、炫锺等处贼船挽泊，提、镇官等并末带领官兵扑剿；至贼船飘往广东，并未跟踪追杀，又不豫檄广东各官在前截杀。后贼船直冲入甲子所港口挽泊，广东水师各官亦未迎截。如此，则设立水师提督何用！以后贼船再至，提、镇官如不亲领官兵扑灭，贼遁不跟踪追剿及不豫檄附近省分截杀，仍沿旧习若罔闻知，定行治罪』。
－－以上见康熙朝「东华录」卷一（原康熙一至五）。
康熙五年丙午（一六六六）春正月丁未（二十六日），福建总督李率泰卒；遗奏：『闽海余氛远窜台湾，奉旨撤兵与民休息，洵为至计。惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶；太迟，又恐贻患。目下当安反侧之心，日久务防难制之势。红毛夹板船虽已回国，然而往来频仍，异时恐生衅端。闽省兵马、钱粮专望协饷，倘若外解不周，即有意外之虞。至数年以来，海禁甚严，迁移之民尽失故业；宜略宽界限，俾获耕渔，稍苏残喘』。得旨：『李率泰原以才能，蒙世祖章皇帝特简浙闽总督。自任总督以来，克副简任之意，殚力报效；剿抚贼寇，多建功绩。且忠清素着，正资调度料理。今以久任岩疆，积劳病殒；深可悯恻！应得恤典，着察例具奏。余着该部议奏』。
己酉（二十八日），以张朝璘为福建总督（原任江西总督）。
二月庚午（十九日），以平广东碣石卫逆贼苏利功，增给平南王尚可喜俸银一千两。
夏五月丙午（二十六日），命定南王孔有德婿孙延龄为广西将军。
秋七月壬辰（十三日），浙江总督赵廷臣奏：海逆郑锦下伪都督李顺率伪官、兵船投诚。命授都督同知衔。
九月辛卯（十四日），兵部议覆：『广东镇海将军王国光奏：海贼驾舶七十余只突犯甲子所港口，总兵官许龙败之。其水师提督常进功等因修造船只，未及追击，分别降罚』。得旨：『甲子所港口系极内之地，七十余贼船直入，提督常进功等假托修船，不亲领官兵剿灭。尔部见议浙江提督总兵官见海内贼船四只，不亲领兵追赶，俱降二级；今以七十余只之贼船直入内地，不行剿灭，止议提督罚俸一年、总兵降职一级。尔部所议轻重，任意颠倒徇情，殊为不合！其常进功等议罪尚轻，着另议』。寻降常进功二级，照旧管事；张国勋降二级调用。
康熙六年丁未（一六六七）春三月丙申（二十二日），以祖泽溥为福建总督（原任山东总督）。
夏四月丙午（初二日），户部议覆：『海上投诚郑世袭奏请给还伊父郑芝龙原产，查此系已经入官、估价变卖之产，不便准给』。得旨：『此项田产，仍着给与郑世袭』。
五月己酉（初六日），兵部遵旨议覆：『海澄公黄梧归顺之后，攻剿招抚，着有劳绩。所得公爵，应准其袭替』。得旨：『海澄公黄梧投诚之后，攻取闽安镇、克复厦门，招抚投诚兵丁，实心效力，屡着劳绩。着授为一等公，准袭十二次』。
辛酉（十八日），平西王吴三桂以目疾求解云、贵两省事务。得旨：『王久镇岩疆，总理两省，勋劳茂着，倚毗方殷。览奏知两目昏瞀，精力日销，皆因事繁过瘁，深轸朕怀！云、贵两省事务应作何管理？着该部议奏』。寻议：『吴三桂以目疾辞两省事务，已奉谕旨；应将该藩所管各项事务，照各省例责令该督、抚管理。其大小文官，亦照各省例由臣部题授』。从之。
秋九月丁卯（二十六日），云南贵州总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请平西王吴三桂仍总管滇、黔事务。得旨：『该藩以精力日为销减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。该部知道』。
康熙七年戊申（一六六八）春二月辛未（初二日），广东提督常进功奏：『逆贼魏韬啸聚朝阳海面，臣会同左翼总兵官于奋起搜剿；康熙六年十月，大败贼众，获伪参谋吴俊、亲信陈阿五等，贼渠弃舟潜逃』。下部知之。
夏四月辛卯（二十三日），海澄公黄梧奏：『海疆底定，非昔日强寇出没可比。福建全省之兵并归经制，独同安城守一营官兵尚属臣标。请将城守营副将一员、兵一千名悉归经制，听总督、提督管辖』。从之。
六月丁亥（二十日），平南王尚可喜奏：请遣子之信入侍。允之。
康熙八年己酉（一六六九）春二月丙辰（二十三日），以刘兆麒为浙江福建总督（原任四川总督）。
十一月癸巳（初四日），兵部议奏：『福建水师提督施琅自海上投诚，授为右都督。今已归入镶黄旗，应照例改为精奇尼哈番。但施琅投诚后劳绩甚多，请加伯衔』。从之。
康熙九年庚戌（一六七○）春二月甲申（二十六日），叙克取铜山、金门功，授福建随征总兵官一等精奇尼哈番王之鼎为三等伯。
夏四