师协力击贼，亦属可嘉！在事有功人员，俱着察明议叙』。
丙申（初三日），靖南王耿继茂等奏：『十月二十八日，逆贼郑锦等遣兵五千人突犯云霄；右路总兵官王进功率官兵逆击之，斩杀过半，余众尽赴水死。请将官兵分别赏赉，以示鼓励』。得旨嘉奖，下部察叙。
己酉（十六日），平南王尚可喜奏：『官兵进剿蜑贼，擒伪恢粤将军周玉、伪军师林辅邦及贼兵二百七十六名，斩首二千六百三十七级、焚贼船一百三十一只』。下部察叙。
康熙三年甲辰（一六六四）春正月丙子（十三日），管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱奏：郑芝豹生母黄氏率子侄、眷属等赴闽投诚。下部察叙。
甲申（二十一日），四川总督李国英等奏：『蜀中巨寇刘二虎、郝摇旗、袁宗第抗抚负固，蒙遣西安将军傅额禅、副都统杜敏统领大兵会同督提进剿；于康熙二年十二月二十三日师次陈家坡，偪近贼巢；满、汉兵奋勇剿杀，贼遁入天池寨。杜敏等统兵追剿，刘二虎势穷自缢，郝摇旗、袁宗第夜遁。杜敏等复追至黄草坪，大败贼众。擒郝摇旗、袁宗第并伪王朱宗蒗等。数万巨寇，一朝扫平，无一漏网』。得旨嘉奖，下部察叙。丙戌（二十三日），福建总督李率泰奏：『原任提督侯马得功妻刘氏、子马三奇等呈称：马得功统领水陆官兵攻取厦门、金门二岛，力战身死；请赐恩恤，以慰忠魂』。得旨：『马得功舍身死战，堕水殒生；着从优议恤』。
己丑（二十六日），授福建投诚伪伯陈辉为慕仁伯。
靖南王耿继茂奏：『臣生长边陲，幼■〈娴，夕代木〉武备；前蒙太宗、世祖恩加世袭。今年虽未迈，疾病相仍；臣子耿精忠侍从有年，未谙军旅。恳赐遣归，俾臣力疾教训，以备驱策』。上以其情辞恳切，允之。
二月癸卯（初十日），靖南王耿继茂等奏：『福宁总兵官吴万福招抚伪镇林国梁投诚，随遣游击李应先等协同攻克长腰、东蚶二岛；寇巢破灭，伪兵部阮春雷、逆渠张煌言仅以身免。请敕议叙』！得旨：『据奏逆贼阮春雷、张煌言等窃踞东蚶、长腰等岛，合■〈舟宗〉狂逞；官兵奋勇夹剿，擒斩贼将、夺获船只、焚毁贼巢，深可嘉尚！在事有功人员，着察明议叙。其伪镇林国梁带领家口倾心投诚，复奋勇自效，同官兵捣贼巢穴，克奏捷功，非寻常投诚可比。着从优议叙』。
丁未（十四日），兵部议准平南王尚可喜奏：『铜山诸逆郑锦、周全斌等各思归诚，请以招抚事宜专责饶平总兵官吴六奇相机料理』。从之。
戊申（十五日），管理广东安辑投诚事务刑部郎中花善等奏：『伪都督杜辉于康熙二年十一月率所属将领一百二员、水陆兵丁二千九十六名、大小战船六十二只，缴伪印、关防、牌札，献南澳地；又伪总兵吴升率所辖伪官三十三员、兵六百九十三名、大小船十三只，缴伪观武将军印投诚』，下部知之。
三月丙寅（初四日），靖南王耿继茂奏：『海逆洪旭、黄廷等拥郑锦残党遁踞铜山，所辖伪将张灿、吴盛等率领兵民渡海投诚；群贼分■〈舟宗〉来追，意欲乘机入犯内地。总兵官王进功统兵驰剿，歼贼众于陆鳌、破贼巢于下蔡，斩首千余级，接应投诚人等入界。在事有功镇将及张杰等，均请叙录』。下部察叙。
夏四月甲午（初二日），管理福建安辑投诚事务郎中贲岱奏：伪左都督陈升率大小文武官一百二十三员、兵丁二千六百余人渡海投诚。
己亥（初七日），福建总督李率泰奏：伪左镇林国梁率众投诚。得旨嘉奖，下部察叙。
癸丑（二十一日），兵部议叙伪忠明伯周全斌率左右都督以下杨泮等投诚功，得旨：『周全斌授为三等伯，杨泮、周珍、曾传、黄宝、林英授左都督职衔，张隆、阮星、欧瑞、陈麟、赖工、张岳授右都督职衔』。
五月丙寅（初五日），靖南王耿继茂等奏：『三月初六日，臣与总督李率泰、提督王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款。十四日夜半，渡海进拔铜山，焚毁贼巢，斩首三千二百余级；伪永安侯黄廷、伪都督余宽等率伪官兵家属人等三万二千四百余名出降，所获船只、盔甲、器械无算。逆渠郑锦仅存数十艘，乘风遁走台湾。订闽海地界凡数十岛，贼巢布列；至是，扫灭殆尽』。得旨嘉奖，下部察叙。
癸未（二十二日），授福建投诚周全斌为承恩伯，食三等伯俸。
六月丁酉（初六日），福建总督李率泰以病求罢。得旨：『览奏患病是实，本当即允所请。但闽省投诚兵民、官员最为繁众，着亲行安插，务使得所；事竣之日，解任回京。应作何加级加恩？该部一并议奏』。
己酉（十八日），以朱昌祚为福建总督（由浙江巡抚迁）。
庚戌（十九日），授福建投诚伪侯黄廷为慕义伯。
闰六月壬戌（初二日），福建总督李率泰奏：『总兵官李长荣等出洋会剿逆寇张煌言，击败贼众五千余人，擒伪总兵