一示意(二)二釋明(二)
一正治病(二)
  一治四大(若)  二治五藏(六)

  二用治法(又口)
三息治(二)
  一示意(六)二釋明(三)
  一明息相(先)  二出坐法(當)三正明治(二)
  一通明常數法(用)  二別運十二息(次)

  四假想治  五觀心治六方術治(二)
  一示意(三)二釋明(二)
一呪術治(二)
  一治三十六獸(三)  二治六神遊身

二打捻治(二)
  一手捻丹田治(若)  二杖打痛處治(又)
○四明損益(二)
  一標(四)二釋(二)
  一外治漸頓損益(若)二內治漸頓損益(二)
  一明漸頓意(內)二示損益相(三)
  一責世損相(夫)二正明益相(三)
  一標列(能)  二釋明(信十章)  三結示(若)

三結示進修(三)
  一正示(若)  二引喻(如)  三結成(但)

○五明修止觀(二)
一十乘觀(三)
  一標(五)二釋(十)
一觀境(二)
一簡思議境(三)
  一標示(先)二釋明(三)
一藏(二)
一六道(二)
  一三惡(如)  二三善(若)

二三乘(三)
  一聲聞(若)二緣覺(二)
一明因緣病起(二)
一明正推因緣(二)
一從病死推至名色(二)
  一略推病等(又)二廣明名色(二)
  一標(色)二釋(二)
一諸色(二)
  一根大(觀)  二五藏(觀)

  二四心

  二從識推至無明(識)

二明推求不得(三)
  一喻(如)  二合(南)  三結(如)
  二觀因緣滅(既覺)

  三菩薩(又)
  二通(又)  三別(大)

  三結簡(如)

二明不思議境(二)
  一正明(不)  二結示(達)
二發心(三)
  一引經總示十乘之意(金)二明經正出慈悲愈病(二)
一分別三種調慰(三)
一入空調依慰喻(二)
  一調伏(一)  二慰喻(心)

二入假調伏慰喻(二)
  一調伏(又)  二慰喻(心)

三入中調伏慰喻(二)
  一調伏(又)  二慰喻(心)
二實論一心慈悲(二)
一淨名具法(二)
  一結上圓法(如)  二出名能具(唯)

二文殊問人(二)
  一文殊能問(彼)二問答發明(二)
一明慈悲愈疾(二)
  一問答(問)  二出意(夫)

  二結悲願難思(誓)
  三結明發心疾即除愈(慈)

  三安心(安)  四破徧(破)  五通塞(識)  六調適(道)  七助開(助)  八知位(作)  九能忍(安)  十離愛(設)

  三結(十)

  二大車喻(得)

○四觀業境(三)
一示意(二)
  一正示(第)  二簡明(疑)

  二標章(明)三釋明(四)
一相發因緣(三)
  一標章(因)二釋明(二)
  一內  二外

  三結示(是)

二正發相(三)
一標示六意(三)
  一揀示(二)  二列章(其)  三示意(諸)

二釋明習報(二)
一通釋習報因果(二)
一約三法釋(二)
  一習因習果(云)  二報因報果(報)

  二約四法釋(又)

二別判禪中習報(二)
  一但判報果(若)  二但判習因
三正明發相(二)
一善相(二)
  一標(善)二釋(二)
一釋諸相六意(二)
一正出(二)
一六度相(六)
  一檀相六意  二戒相六意  三忍相六意  四進相六意  五禪相六意  六智相六意

  二例餘善(六)

  二結示(若)

二出相現償法(二)
  一方等師意(諸)二南岳師意(二)
  一出師償意(南)  二引經證同(此釋)
二惡相(二)
  一標(次)二釋(二)
一諸相六意(二)
一正明二蔽(二)
  一慳蔽相(慳)  二破戒相(破)

  二例明四蔽(餘)

  二復明四習(復)
  三料簡○  四止觀○
○三料簡(三)
  一標示(三)二略釋(三)
  一初句(非)  二二句(障)