经、中说为纬；各论则以中说为经、西说为纬，强调诊疗中的“实用”二字。这是中西医外科学术汇通之作，当时是受张锡纯《医学衷中参西录》著述的影响，也可以说是“中西汇通派”较早期的外科著作，有其一定的学术影响，故在建国后，上海中医书局均有重印本刊行。
再者，先生数年来以“改进中医”为素志，在报刊上发表了多篇学术论文，引起中医界的重视。特别是他针对旧国民政府和余云岫等提出．“废止中医中药”的举措与主张，先生以余无言或余不平的名义，多次撰文予以驳斥、声辩，为当时中医界所重视。此外，先生还为《医界春秋》《复兴中医》等刊物撰写多篇学术论文。
1936年章太炎先生主办“苏州国医学校”聘请先生和叶橘泉、章次公等名家任教。先生担任中医外科主任，主讲中医外科学。是年并担任上海新中国医学院教授，主讲《金匮要略》和中医外科学。
1937年上海中国医学院聘请先生主讲《伤寒论》。在此前后的年月中，先生还受聘于中国医学专修馆、中华职业学校(国医专科)等校任教。
是年秋，先生与张赞臣先生合作主办“上海中医专科学校”，敦请谢观担任名誉校长，陈无咎任校长，丁福保、张伯熙(张赞臣先生之父)先后任副校长，先生任教务主任，张赞臣任总务主任。先生除负责教务外，主讲《伤寒论》《金匮要略》和中医外科学。上海中医专科学校为三年制，共主办毕业了三届。先生还将其次女余蕙君于1938年送入该校学习(1941年毕业)。
1939年先生所编著之《伤寒论新义》(图表注释)由中华书局公开出版，由于作者“改进中医”的素志和对待仲景学说及其临床应用等方面，力求精意研殚，该书的图表及论述中均融汇若干西医学说，体现了当时的时代特色。该书并请丁福保、谢观、陈无咎三位老先生分别撰序，向读者介绍该书崭新的学术风貌。《伤寒论新义》自刊行后，曾九次重印，堪称是他学术著作中的代表作。
1942年先生因不屈于日伪政府对院校的登记造册，遂决定停办上海中医专科学校。先生在五年教学中，认真备课讲学，虽大雨滂沱，亦必撑伞赴校、衣湿上台授课，受到学生们的广泛好评。
1943～1946年先生先后编写、出版了新作――《湿温伤寒病篇》和《斑疹伤寒病篇》(上海中医书局出版)二书。所谓“湿温伤寒”系指西医的肠伤寒，“斑疹伤寒”为西医病名。但在介绍治疗方面，主要是采用中医传统治疗与方药，特别是突出经方的临床应用，可明显增强疗效。
1947年余氏在上海创办“大同疗养院”，请丁福保先生担任名誉院长，自任院长。名为疗养院，实际上主要是收治慢性疑难病证，可以说是上海较早期的中医医院。开办不足二年，因经费匮乏而停办。
1948年先生接获多封外界读者来信，建议他编写《伤寒论新义》的姐妹篇――《金匮要略新义》。实际上先生于40年代初即有此意向，多年来在这方面的学术积累也较为充分。是年在繁重的诊务和教学负担下，经常在夜间参阅大量文献、结合临床予以编写。而他在上海执业的30年中，主治病证以内、外科居多。内科则以伤寒、温病、内科杂病、疑难重证为主。所用方治，虽不拘经方、时方，但仲景方仍占转大比例。他对上海的时医诊治热病，动辄以豆豉、豆卷等药施治，至为不满。先生用仲景经方中之石膏、大黄，在辨证确切的情况下，用量相当大而效验卓著，甚至有“起死回生”的多个案例，上海市民以“石膏、大黄先生”(此处之“先生”二字，义同医生)称之，成为民国时期经方派的名家。
关于这一点，读者在阅习他的医案后，当会有更深的体会。
自1929年定居上海后，先生对中医前辈名家多所敬重。
他曾多次表述，在学术上除承父教外，上海的谢观、丁福保、陈无咎等老先生对他亦多所教益，但生平尤为崇敬的则是“南北二张”(“南张”指嘉定张山雷，“北张”系指天津张锡纯)。在学术方面，除主张精读经典名著外，并在一定程度上主张中西医学汇通。故他是民国时期“经方派”名家，也是“汇通派”的成员之一。
1949年是年5月，上海获得解放，并于10月1日建立了中华人民共和国，中医药界从此得到了真正的“解放”。先生诊务较前更为繁忙。在学术上，他更多地和上海同辈名医陆渊雷、秦伯未、章次公、程门雪、张赞臣、章巨膺、严苍山等切磋、研究，为上海市的中医工作发展向卫生部门提出诸多建议，以促使改进中医药工作的顺利发展。
由于在上海的20年，先生的医事活动以临床与教学为主，受教的学生数以千计，招带的生徒亦不下数十人之多，先生开始将过去诊疗的若干病证予以案例记述、整理，他在建国以前已将其父奉仙公遗著――《医方经验汇编》整理刊行(中华书局出版)，自己也拟出一本医案著作，定名为《翼经经验录》，书名涵义是以个人的临床经验以羽翼仲圣之经典名著。实际上《翼经经