麟的军队，原属湘军，并非陈氏嫡系，这时见陈氏失败，便在汕头宣告独立，欢迎孙中山、许崇智回粤。陈氏叛变，洪兆麟最为卖力，此时叛背陈氏，亦最起劲，此辈心目中，固未尝知有信义也。孙中山此时尚在上海，许崇智则在福州，他从韶关战败后，便和黄大伟、李福林等退入福建，因福建督军李厚基祸国害民，致电声讨，恰好这时徐树铮到闽，暗地运动李厚基部的旅长王永泉和许崇智联络，反对李厚基，并通告设立建国军制置府，限李厚基于二十四小时内退出福州。李厚基见了这个电报，勃然大怒，即刻率领亲信部队，到水口来和王永泉决战。双方支持了几天，未见胜负。许崇智探得福州空虚，便派黄大伟和李福林，连夜前往袭取，福州既无守备，自难抵御，因此黄、李两人，不费吹灰之力，便得了福州。李厚基听说福州已陷，无心作战，王永泉乘势进攻，李军抵抗不住，立刻溃散。李厚基急忙逃入日本籍的台湾银行，第二天又逃入中国军舰。海军中人，对李厚基原无好感，当时便把他监视起来了。他还有留下的亲信军队史廷飏部，想复夺福州，再去声讨王永泉，不想也敌不过黄、李部队，只一仗，便大败而退，也被海军陆战队，截留遣散。
许崇智与徐树铮、王永泉，进了福州，便商量建设计划，徐树铮毫不客气，何必客气。决定依照自己所著的《建国真诠》，设官分职，以制置府名义，任王永泉为福建总抚，统辖军民两政。这些消息，传入陈炯明和北京政府当局的耳朵里，尽皆耽心。此时陈炯明虎踞广州，正是全盛时代，立刻便派洪兆麟为援闽总司令，尹骥为总指挥，率部讨伐许崇智。洪兆麟虽则接受此项命令，但到了汕头，便不肯前进，所以此路军队，和许崇智并未接触。北京政府所患的，却不在许而在徐，所以也派江西的常德盛师为援闽总司令，入闽讨伐徐树铮。常德盛进兵以后，又派李厚基为福建讨逆总司令，萨镇冰为副司令，高全忠为闽军总指挥。萨镇冰原属海军中人物，得北京政府的好处，便竭力为李厚基想法，因此李厚基得脱离海军监视，赴南京求援。
许崇智等在福州得了这个消息，便开会讨论。李福林道：“孙总统昨天电任我们为东路讨贼军一二三路司令，并说前福建第二师长臧致平，已经回到厦门，一定有所活动，南路可以无忧。常德盛未必肯死战，我们只派队堵截，也不必十分担忧。至于高全忠并无大不了实力，也不足虑。我们现在要留意的，只有海军一方面罢了。”许崇智等都称是，便决定防守西北路，一面向海军疏通，教他们不要帮助北京政府，至少的限度，要守中立。一面又通电，就东路讨贼军司令职。
许崇智部许济，奉了许崇智的命令，在杉关防守，常德盛的军队到了杉关，许济不战而退。常德盛兵占了杉关，又向光泽进展。许济接住，稍许抵抗了一会，便退守邵武，常德盛觉得非常奇怪，反而不敢轻进，竟在光泽逗留住，改攻势为守势了。许济得了这消息，立刻电报许崇智，许崇智大笑，和黄大伟又商量了一条密计，只过了两日，黄大伟便领着原部，投西北路上去了。
一日，忽然徐树铮来访，二人谈了一会军情，忽然说起制置府的事情。许崇智道：“制置府的存废，现在并无问题，只有总抚，闽人却非常反对。还是设法改变的好。”徐树铮默然，半晌，方道：“我改任王永泉为总司令，林森为省长，军民分治如何？”许崇智道：“这也是救急之法，不妨如此决定。”次日，徐树铮果然下令，裁撤总抚，改任王永泉为福建总司令，林森为省长。王永泉初时还不知是怎样一回事，后来听说是许崇智的意思，十分不悦，王永泉之反对许崇智，盖种因于此。对徐树铮的态度，也渐不如前。徐树铮见机，于十一月二日，离开福州去了。许崇智和王永泉，却仍似往日一般共事。
其时李厚基在南京得了齐燮元的帮助，携着巨款，到厦门和高全忠商量，要想反攻福州，谁料臧致平的旧部，已经接洽妥当，在夜间一齐发动，围攻高全忠。高全忠大败，和李厚基一齐逃到鼓浪屿去了。常德盛部此时已占领邵武，听了这个消息，一面又探报黄大伟已领兵到泰宁，将绕攻后路，便不战而退，竟连杉关也完全放弃。许济即跟踪前进，收复了杉关。吴佩孚听说援闽各军屡败，十分震怒，又令长江上游总司令孙传芳为援闽总司令，移兵入闽，一面又令驻扎江西的周荫人为总指挥。周荫人奉令，便带领一混成旅军队，开入邵武。孙传芳也运兵由武穴入赣，转入福建，准备厮杀。不料孙传芳军队，到得福建时，许崇智已由孙中山任命为广东总司令，拔队回粤。王永泉本已与许崇智不和，当时便联络萨镇冰、刘冠雄等，电致中央，声明拥护。孙传芳得了这报告，也电呈中央和曹、吴请示。吴佩孚知道他的意思，当即电请中央下令道：
迭据萨镇冰、刘冠雄电呈及臧致平、王永泉一再来电，详述前此不得已之情形，及拥护中央之赤忱，所有前此讨逆军总副司令名义，应即撤消，其援闽军队，着即停止进行。所有闽境主客各军善后事宜，即责成萨镇冰、刘冠雄、孙传芳妥为协商办理。总期彼此相安，毋再发生枝节，以重民生。此令。
除这一个命令以外，还有三道明