一意交欢逆阉，以为开复地位。后来开复，督师蓟辽，虽非逆阉所保，然究出于魏阉所指使列保之人，故得起用，这等语。崇祯听得，大为震怒，速下部议。
当时凡京中大员，与袁崇焕绝少往来，惟大司马洪承畴、大宗伯董其昌稍知为国爱才，可为袁崇焕挽救。惜当时洪承畴方督师湖广，不在京中，只有董其昌一人，听得袁崇焕被劾交议，即叹道：“崇焕杀文龙诚属太过，唯崇焕亦是不可多得之才，若一并去之，是自拆其臂也。”遂上表力保崇焕。谓东北管钥赖袁崇焕保守，既失文龙，又失崇焕，非计之得也。崇祯帝即召董其昌责道：“卿固曾言毛文龙实有将才，何以一旦反为袁崇焕力保耶？”董其昌道：“时势不同也。崇焕前杀文龙，事固太过，但诬以与逆珰往来，则太冤。且既杀文龙，又去崇焕，筹边无人，亦自去其助，臣故不得不保之。况有轻重，若必杀崇焕，不特失其良才，亦属过于严酷，愿陛下思之。”崇祯帝道：“卿言亦是。但毛文龙在海外数年，敌人不敢正视中原，叠奏肤功，辽防赖以安堵。今袁崇焕督师日久，常闻敌人窥伺。朕昔日以上方剑赐他，不过谓如此则号令可行，不料袁崇焕即以此杀毛文龙也。且文龙在日，防兵较多犹粮道不绝，今崇焕裁减军营，又征数省协助，粮饷犹多缺乏。军心咸怨，安能立功？卿犹欲为之说情耶？”董其昌道：“文龙固有可杀之罪，不过杀之不得其时。崇焕昧于通变，非私意也。今疆吏之才无有出崇焕之右者，若去一袁崇焕，后难为继。况崇焕鉴于毛文龙在日辽防安堵，必知自勉。若留之，亦因时用人之策也。”崇祯帝沉吟半晌道：“卿且暂退，容朕思之。”
董其昌遂出。不意事有凑巧，适洪承畴平定楚乱，捷报到京。诸大臣皆以洪承畴有才，可以任蓟辽总督，崇祯帝亦以为，以洪承畴继袁崇焕，必可立功。
其意既为诸大臣所动，于是董其昌之言不复置念。时诸大臣欲排去袁崇焕，皆交章列保洪承畴，崇祯帝便调洪承畴迅速入京，承畴不知有何要政，即驰驿回到京里。崇祯帝独开防辽之计，洪承畴即陈防辽十策。崇祯大喜，即以洪承畴督师蓟辽，并任蓟辽总督。另降旨将袁崇焕解京逮问，令承畴即行赴任。承畴得旨大惊，即往访董其昌，愿与共保崇焕。时董其昌以毛文龙既杀，崇焕又去，辽事必不可问，忧心如焚，已杜门不出。洪承畴便请独对，向崇祯奏道：“臣献辽防之策，非排斥崇焕也。臣以为崇焕虽胸襟狭隘，不能容物，然善于筹边，勇于任事，若稍假以时日，辽防必可奏功。今以臣代之，臣有自知之明，亦未见有长于袁崇焕也。”崇祯帝闻洪承畴之言，意复犹豫。
惟袁崇焕闻解京逮问之旨，已慷慨请行。崇祯帝便责洪承畴速赴新任。承畴不得已，即速赴蓟辽总督任上去了。
自袁崇焕抵京之后，即逮刑部狱中。董其昌已忧愤成疾辞职去了，诸大员中无有为袁崇焕怜悯者。崇祯帝令三法司将袁崇焕勘问。钱龙锡道：“凡治罪者应分其轻重，即获罪之人，其中或有功劳，亦不应埋没。若功罪可以相抵者故不必说，即或不能相抵，亦可论功把罪情减等。汝是读书人，该知此理。今汝参文龙二十款，纵其或有真情，惟文龙防边数年，敌人畏服，战功尚多，汝当日何以并不声叙，只参其罪，不论其功，此是何意耶？”袁崇焕至是不能答。钱龙锡又道：“吾固知汝不能辩也。汝务欲杀其人，故没其功迹，致国家损一能将，汝心安否？”崇焕道：“大人此言，直谓袁崇焕以私意杀文龙矣。袁某若有此心，皇天不佑。”钱龙锡道：“汝不必誓。以文龙在日，边防安堵。汝任督师，边警叠闻。且军心咸怨，汝固不能谓文龙无功，不过必欲杀之，故埋没之而已。”袁崇焕道：“据袁某之意，文龙当日屠杀辽民，虚报胜仗，固不能谓为有功。袁某不能若文龙所为，上不敢欺朝廷以冒战功，下不敢勒商人以充军饷。今日获罪，实原于此，大人当鉴谅之。”
钱龙锡道：“我以汝本属同年，稍可原谅，当为汝留个地步。但汝罪已大，势所不能。汝自谓认真筹边，何以敌人频来窥伺，反不若文龙在日？汝言实说不去。”袁崇焕道：“此或是袁某不才。但朝廷若不见疑，假以时日，资以军粮，当不至于此。”钱龙锡道：“汝今还望复任耶？”崇焕见龙锡苦苦驳诘，不留个余地，至是不欲再辩，惟摇首长叹。钱龙锡便以往复问答之词详奏崇祯帝，并加以罪责之言，其狱遂定。袁崇焕遂不能免。
原来钱龙锡当时诸事，多不满于舆论，一来疑崇焕罪在不赦，二来又欲证成此狱以博回直声，故讯审时象与崇焕对质一般，只有诘驳，并无回护。即与三法司复奏时，亦只有加多，并无减少。崇祯帝览奏大怒，遂定崇焕死罪，并追恤毛文龙。但崇焕杀文龙一事，虽不谅时势，行之太过，惜当日亦非应杀崇焕之时。可怜崇焕以一员大将，竟及于难。当洪承畴替袁崇焕说项时，崇祯帝本有转意，及洪承畴赴蓟辽总督本任之后，董其昌又去，已无人奥援。及发三法司勘问，崇焕仍侃侃直言，指陈辽事，并诘文龙应杀之罪共二十款。时大学士钱龙锡监审，却责崇焕道：“汝诘文龙二十款罪状，皆昔日言官弹劾文龙之言耳。有无实据，汝当直言，不宜闪烁。”袁