里诸土司，颁敕印；复檄缅甸，令执由榔以献。定国、文选屡攻缅甸求出由榔，缅甸频年被兵患，苦之；使告师破定国等，请以由榔献。十八年，三桂遣使缅甸，刻师期，令于猛卯迎师；遣副都统何进忠及应时宁等率师出腾越，道陇川。三月，至猛卯，缅甸又与定国战，道阻；既缅甸使至迎师，会瘴发，进忠等引还。三桂以马乃土司龙吉兆称兵应定国，遣宝、起隆及游击赵良栋等讨之；攻七十余日，破其寨，斩吉兆，以其地为普安县。九月，瘴息；三桂与爱星阿及前锋统领白尔赫图、都统果尔钦逊塔等督兵攻大理，复出腾越，道南甸、陇川。至猛卯，分兵二万，遣宁、辅臣别取道姥关、镇康、孟定；又虑蛮暮、猛密二土司助定国阻我师后，留总兵张国桂将三千人屯南甸为备。十一月，会师木邦，文选毁锡箔江桥，走茶山；定国走景线。三桂令宁等以偏师逐文选；而与爱星阿趋缅甸，复檄令执送由榔。十二月，师进次旧晚坡，距缅甸都六十里。缅甸使告，请遣兵进次兰鸠江滨捍卫；乃遣白尔赫图将百人以往，缅甸遂执由榔及其母、妻等送军前。宁等逐文选及于猛卯，文选以数千人降；师还。康熙元年，捷闻，诏进三桂亲王，并命兼辖贵州；召爱星阿率师还。四月，三桂执由榔及其子，以弓弦绞杀之；送其母、妻诣京师，道自杀。定国尚往来边上，伺由榔消息；三桂令提督张勇将万余人戍普洱、沅江为备。未几，定国走死猛腊；三桂招其子嗣兴以千余人降，明亡。二年，遣会等攻陇纳山蛮，破巢斩渠。三年，遣之复及总兵李世耀率兵出大方、乌蒙，攻水西土司安坤、乌撒土司安重圣，并击斩之；以其地设府，陇纳曰平远、大方曰大定、水西日黔西、乌撒曰威宁。四年，奏裁云南绿旗兵五千有奇。五年，复遣兵攻土司禄昌贤于陇箐，取其寨数十，迤东悉定；设府曰开化州、曰永定。
三桂初以开关迎师，位望出诸降将孔有德、耿仲明、尚可喜辈右。有德专征，定湖广、徇广西；李定国破桂林，殉焉。可喜与仲明子继茂，分兵定广东、福建。而三桂功最高，云、贵初定，洪承畴疏用明黔国公沐英故事，请以三桂世镇云南；三桂复请敕云南督、抚受节制，移总督驻贵阳、提督驻大理。据由榔所居五华山故宫为「藩府」，增华崇丽；籍沐天波庄田七百顷为「藩庄」，假浚渠筑城为名，重榷关市，笼盐井、金铜矿山之利，厚自封殖。通使达赖喇嘛，互市北胜州；辽东参、四川黄连、附子就其地采运，官为之鬻，收其直。货财充溢，贷诸富贾，谓之「藩本」。权子母，斥其羡以饵士大夫之无籍者。择诸将子弟、四方宾客与肄武备，谓以储将帅之选。部兵多李自成、张献忠百战之余，勇健善斗，以时训练。所辖文武将吏，选用自擅；各省员缺，时亦承制除授：谓之「西选」。又屡引京朝官、各省将吏，用以自佐。御史杨素蕴疏论劾，三桂摘疏中「防微杜渐」语请旨诘素蕴；素蕴覆奏，言『「防微杜渐」，古今通义』。事遂寝。六年，三桂疏言两目昏瞀、精力日减，辞总管云、贵两省事。下部议：如各省例，归督，抚管理；文吏由吏部题授。云贵总督卞三元、云南提督张国桂、贵州提督李本深交章陈三桂劳绩，请敕仍「总管」；得旨：『王以精力日减奏辞；若仍令总管，恐其过劳。如边疆遇有军事，王自应经理』。寻进应熊少傅兼太子太傅，命赴云南视疾，仍还京师。三桂益欲揽事权，构衅苗蛮，藉事用兵；私割中甸畀诸番屯牧，通商互市。迨三元乞归养，甘文焜代为总督，不附三桂；三桂诈称边寇，檄赴剿。比至，又称寇退，檄使还。藩属将吏士卒糜俸饷巨万，各省输税不足，征诸江南岁二千余万；绌则连章入告，赢不复请稽核。
是时可喜镇广东、继茂子精忠镇福建，与三桂并称三藩；而三桂骄恣尤甚。十二年二月，上遣侍卫吴丹、扈塞立劳三桂，赐御用貂帽、团龙裘、青蟒狐腋袍、束带；亦遣使赉可喜。可喜旋疏引疾，乞归老；下部议：请并移所部。七月，三桂亦疏请移藩，并言：『所部繁众，昔自汉中移云南，阅三岁始毕；今生齿弥增，乞赐土地，视世祖时分畀锦州、宁远诸区倍广，庶安辑得所』。圣祖察三藩分镇擅兵，为国患；得三桂疏，下议政王大臣会户、兵二部议奏。诸王大臣度三桂疏非由衷，遽议迁徙，必致纷纭；议移藩不便。独尚书米思翰、明珠谓「苗蛮既平，三桂不宜久镇」，议移藩便。乃为二议以上：一议移三桂山海关外，别遣满洲兵戍云南；一议留三桂镇云南如故。上曰：『三桂蓄异志久，撤亦反、不撤亦反；不若及今先发，犹可制也』。遂命允三桂请移藩，并谕如当用满洲兵，仍俟三桂奏请遣发；即令侍郎折尔肯、学士傅达礼赍诏谕三桂。三桂初上疏，度廷议未即许，冀慰留久镇。九月、诏使至，三桂大失望；与所部都统吴应麒、吴国贵、副都统高大节及其婿夏国相、胡国桂谋为乱。部署腹心，扼关隘，听入、不听出；与使者期以十一月己丑，发云南。先三日丙戌，邀巡抚朱国治，胁之叛；不从，榜杀之。遂召诸总兵宝、起隆、之复、足法、会、屏藩等举兵反，自号「周王天下都招讨兵马大元帅」。蓄发，易衣寇；帜色白，步、骑皆以白毡为帽。执折尔肯、傅达礼、按察使李兴元、知府高显辰、同知刘昆