，松林、鼎勋由沪航海援闽。贼平，封一等肃毅伯，赏戴双眼花翎。
四年四月，科尔沁亲王僧格林沁战殁曹州，以曾国藩为钦差大臣督其军；鸿军署两江总督，命率所部驰防豫西，兼备剿京东马贼、甘肃回匪。鸿章言：『兵势不能远分；且筹饷、造械，臣离江南，皆无可委托。为今日计，必先图捻而后图回。赴豫之师，必须多练马队、广置车骡，非可猝办』。诏寝其行。时曾国藩督军剿捻久无功，命回两江；而以鸿章署钦差大臣代之，败东捻任柱、赖文洸于湖北。六年正月，授湖广总督。贼窜河南、渡运河，济南戒严。初，曾国藩议冯河筑墙，遏贼奔窜；鸿章守其策而注重运西，饬豫军提督宋庆、张曜及周盛波、刘秉璋分守山东东平以上自靳口至济宁，杨鼎勋分守赵村、石佛至南阳湖，李昭庆分守摊上、黄林庄至韩庄八牌，皖军黄秉钧等分守宿迁运河上下游，互为策应，使贼不得出运。六月，抵济宁；贼由潍县趋窜登、莱，鸿章复议偪人海隅聚歼之，乃创胶、莱河防策，令铭传、鼎新筑长墙二百八十余里，会合豫军、东军分汛设守。时贼集莱阳、即墨间，屡扑堤墙，不得出。七月，贼由海神庙潜渡潍河，山东守将王心安不及御，胶、莱防溃；朝旨切责，将罢防。鸿章抗疏，言『运河东、南、北三面贼氛蹂躏，其受害者不过数府州、县；若驱过运西，则江、皖、东、豫、楚数省之地，流毒无穷』。乃坚持前议，严扼运防；令铭传、松林、鼎勋三军往来蹑击。十月，追至赣榆，降酋潘贵升毙任柱于阵，捻势渐衰。赖文洸挈众窜山东，战屡败，遁入海滨；官军围击之，斩获三万，赖文洸走死场州。东捻平，赏加一骑都尉世职。
七年正月，西捻张总愚由山右渡河北窜定州，京师大震；诏夺职。鸿章督军入直，疏言：『剿办流寇，以坚壁清野为上策。东捻流窜豫东、淮北，所至民筑圩寨，深沟高垒以御之，贼往往不得一饱；故其畏圩寨，甚于畏兵。河北平原千里，无险可守；截此则窜彼、迎左则趋右，纵横驰突，无处不流。且自渡黄入晋，沿途掳获骡马愈众，步贼多改为骑，趋避捷，肆扰尤易。自古办贼，必以彼此强弱、饥饱为定衡。贼未必强于官军，但彼骑多而我骑少。今欲绝贼粮、断贼骑，惟有严谕绅民坚筑圩寨；一闻警信，即收粮草、牲畜、老弱壮丁于内，贼至无所掠食，兵至转可买食。贼虽流，而其计渐穷，或可克期扑灭也』。二月，鸿章督军进德州，败贼安平、饶阳。三月，贼窜晋州，渡滹沱河，南入豫；复折窜直隶，扑山东东昌。四月，趋荏平、德平，出德州，西奔吴桥、东光，偪天津；下部议处。命总统北路军务，限一月殄灭。鸿章以捻骑久成流寇，非就地圈围，终不足制贼之命；三口通商大臣崇厚及左宗棠皆以为言。而直隶地平旷，无可圈围；欲就东海、南河形势，必先扼西北运河。尤以东北至津、沽，西南至东昌、张秋，为锁钥。乃掘仓州迤南捷地坝，泄运水入减河；河东筑长墙，断贼窜津之路。东昌运防，则淮军自城南守至张秋，东、皖诸军自城北守至临清，并集民团协防。闰四月，以剿贼逾限，予严议。时贼为官军所偪，奔突不常；以北路军势重，锐意南行，回翔陵县、临邑间，旁扰荏平、德平，犯临清运防。鸿章虑久晴河涸、民团不恃，且昼夜追奔疲士卒；议乘黄河伏汛、缩地扎圈，以运河为外围、以马颊河为里围。其时官军大败贼于德州扬丁庄，又追败之商河。张总愚率悍党遁济阳，沿河北出德州、犯运防，上窜盐山、沧州；官军扼截之不得出，转趋博平、清平。适黄、运暨徒骇交涨，东昌、临清、张秋闸河水深不可越，河西北岸长墙绵亘，贼窜地迫狭，势益困；鸿章增调刘铭传军期会前敌，分屯荏平之桃桥、南镇至博平、东昌，圈骑徒骇、黄、运之内，而令马队周回逐兜，贼无一生者，张总愚投水死。西捻平，诏复原官，加太子太保衔，以湖广总督协办大学士。八月，入觐；赐紫禁城内骑马。
八年二月，兼署湖北巡抚。十二月，诏援黔；未行，改援陕。九年七月，剿平北山土匪。
值天津教堂滋事，命移军北上。案结，调直隶总督兼北洋通商事务大臣。十月，日本请通商；授全权大臣，与定约。十二年五月，授大学士，仍总督任。六月，授武英殿大学士。十三年，调文华殿大学士。国家旧制，相权在枢府；鸿章与国藩为相皆总督兼官，非真相；然中外系望声出政府上，政府亦倚以为重。其所经画，皆防海、交邻大计。思以西国新法，导中国以求自强；先急兵备，尤加意育才。初，与国藩合疏选幼童送在美国就学，岁百二十人，期以二十年学成，岁归为国效用；乃未及终学而中辍。鸿章争之不能得，随分遣生徒至英、德、法诸国留学。及建海军，将校尽取才诸生中。初，在上海奏设外国学馆；及莅天津，奏设武备海陆军，又各立学堂：是为中国讲求兵学之始。尝议制造轮船，疏言：『西人专恃其炮、轮之精利，横行中土。于此而曰「攘夷」，固虚妄之论；即欲保和局、守疆土，亦非无具而能保守之也。士大夫囿于章句之学，苟安目前，遂有停止轮船之议；臣愚以为国家诸费皆可以省，惟养兵设防、练习枪炮、制造兵轮之费万不可省。求省费，则必