参议杨麒为应天府丞。
九月戊戌，礼部尚书顾鼎臣言：“苏、松、常、镇等府，财赋甲天下。而里胥豪强欺隐洒派之弊，在今日为尤多，以致小民税存而产去，大户有田而无粮，害及生民，大亏国计。臣于往年两次具奏，经今十余年，未闻一人遵奉敕旨能清查者。”得旨：“行抚、按官各委知府，亲诣所属州、县，悉心清查，其虚应故事及延推迟玩者，劾奏之。”
十月丙寅，南京户科给事中曹迈等奏：“后湖收贮天下黄册。每一大造，则必添造库房三十间，添设库夫十名。计今库夫，遍之上元，江宁二县者四十五名，溧水、高淳等县者五十三名，每名岁费工食八两五钱，民苦之，乞尽停止。惟令上元、江宁二县招审京城居民充之。即以本湖驳问官吏锾金解赴应天府，贮库者每月给工银六钱，以后添编，永为定例。”户部如所请，从之。己巳，以灾免直隶苏，松、常、镇四府属州，县民屯粮有差。
十七年五月己亥，升陕西布政使袁槟为应天府府尹。
九月丁亥，升南京都察院掌院事、右都御史周用为南京工部尚书。
十八年六月辛亥，升浙江左布政使文明为应天府府尹。己未，大学士顾鼎臣，先为渝德时陈言：“苏、松、常、镇等府，供输甲于天下，而里胥豪强，蠹弊特甚。宜将欺隐、坍荒田土，一切检核，间为开垦，改正除豁。疏再上已十余年，不报。至是，巡抚欧阳铎、巡按陈惠籍上其所检核之数，计诸州、县坍荒共占田地四千四百二十余顷五十余亩，正米十一万五千七百五十三石有奇，请即以今所清出隐蔽田粮六万一千五百余石补之。其余无征者，乞于南京夏税、马草、盐钞诸色银内除豁。事下户部。部复言：“诸州、县坍荒地粮，不知从前以何抵补。今既欲抵以清出隐蔽之粮，复欲除豁南京夏税等银，宜更下彼处抚、按官熟议而后行之。”报可。
七月乙亥，命伏羌伯毛汉掌南京前军都督府印，兼提督操江。
闰七月癸卯，改南京刑部尚书闻渊于南京吏部。戊午，改南京工部尚书周用于南京刑部。庚申，升应天府尹文明为右副都御史、总督南京粮储，江西左布政使夏邦谟为右副都御史、总督粮储兼巡抚应天等处。
八月庚辰，裁革南京新设巡捕指挥一十八员，从御史利宾议也。
九月丁未，以水灾免直隶太仓、崇明、嘉定、上海、华亭、盐城、海门、通州，泰州、兴化、如皋及诸卫所盐场沿海一带税粮如例，仍议赈贷之。己酉，改原任提督抚治郧阳、右副都御史王学夔于南京操江兼管巡江。甲寅，以南京户部所贮各关余课银五千两，给南京工部铸造嘉靖通宝。丁巳，以水灾免直隶应天、苏州、松江田粮如例。
十月乙亥，以水灾，出两淮运司余盐银五万两，赈恤通、泰、淮诸灶丁及修理灶舍盐具。庚辰，修南京奉先殿。己丑，裁革两淮庙湾、白驹、石港、余中四盐场副使各一员，攒典各一名。补铸嘉靖制钱，命南京工部监造。初，南京吏部司务朱希皋奏言：“纳例开矿以济用，不若仿古采铜充赋，设官铸钱，严禁其伪，以行其真。新钱既成，贸易转输，赐予俸给皆于此，取之甚便。”章下户、工二部，复言：“今天下州县则壤成赋，为籍已定，若复采铜充赋，未免纷更。且两京俱有宝源局开铸，法未尝废，可特令补铸制钱之数，仍申严盗铸、阻坏之禁。”诏如议行。于是申令行钱地方，无论制钱及历代旧钱兼用，每好钱七十文，准银一钱，低者以二折一。有藏蓄私铸铅、锡小钱者，许自首免罪，仍依时估给与铅、锡之值。不首者，捕治如律。
十九年六月庚午，添设镇守江淮总兵官。初，嘉靖八年间，江洋大盗发，大学士夏言时为兵科都给事中，奏请专设镇守江淮总兵官，督兵剿捕。未几，贼平。兵部奏请以其责任仍归操江武臣如故。凡浙江粮运，自苏、常里河取道者，从来由镇江京口闸抵仪真，其闸河土疏易淤。府、县必岁时浚治，然后粮运无阻。是年，京口闸淤阻，漕粮咸拨民船出孟渎河，多为海寇所掠，甚至执戮官吏。南京兵科给事中杨雷以其事闻，请治镇江知府张珤、丹阳知县周宁失时不浚河道之罪。诏下其疏都察院，令并参守土巡江诸臣。于是院参珤、宁及守备仪真都指挥解明道、总督金山备倭指挥童扬、苏、松兵备副使王仪，及水利巡司等官，宜行巡按御史提究，操江都御史王学夔、巡江御史胡宾宜罚治。得旨：“珤、明道等俱如拟提问。夺宾俸二月，学夔一月。并诘兵部以先年所设江淮总兵官，何因革罢？”于是，兵部具以兴革本未查复。因言：“今江洋群盗，连艘比舰，横行镇江、崇明诸域。盛陈兵甲，凶焰甚炽，不异嘉靖八年时。宜设总兵官，给以旗牌敕符，俾驻扎镇江，提督沿江上下兵防，西自九江、安庆，东及淮、扬、苏、常诸郡，凡备倭守备卫所及有司巡捕官，悉节制之。”报可。遂以原任分守柳庆参将、署都指挥佥事汤庆，升左军都督府都督佥事充总兵官，提督江淮等处巡捕。已而兵科都给事中冯亮等复请重金山指挥、仪真守备官事权，各