戍不系极边者，俱发水军卫分，以补江操，三年而止；一、沿江兵卒，不习水战，无以防捕。宜令仪真，镇江、太仓、松江等选习水官军，为造轻船，备器械，使习水战，以备不虞；一、长江上下，舟舰通行，盐徒贼盗，混同出入，漫无稽察。宜行龙江等钞关抽分部官、仪真守备等官及所在通江有司，严为稽察，验引放行；一、沿江巡检司额设弓兵，不宜裁革。宜令所司，如旧佥补，及巡哨船只，有损坏者，宜即修造，以便追捕。”兵部议复，从之。
五月己丑，改巡抚陕西、都察院右副都御史王尧封于南京都察院，提督操江。甲午，诏除免直隶扬州卫泰州、通州二守御千户所新增无田子粒，从直隶巡按御史须澜奏也。
十一月甲申，户部复：“两淮巡盐御史陈缟所陈盐法事宜：一，招流移。淮，扬人户，多弃业逃徙，以兴贩为生。宜责成州、县招徕安集，或假与牛种，或免其逋负，岁终籍所招复之数，以凭黜陟；一、防漏灶。比来灶户，贫者流亡，而富者又复买脱，大非原额。宜以版籍为定，但有灶求归民者，按籍详核，毋得辄与改易；一、厚优恤。灶户各有盐课，而有司概以徭役苦之。宜照先年事例，灶田不许编派差徭。间有置买民田者，听其自输正赋。其有奸灶飞射、诡寄等弊，有司一体查究；一、免荡税。荡地原无赋入，且淹没不常，非岁稔之区。其已入赋额者勿论，余悉任其开耕，俟三年后，耕获有常，始开报起科；一、严引期。各边报中之商，但有违限者，核其年月久近，罪坐如例，毋得概罪；一、复食盐。淮扬所获私盐，许令各于本处鬻卖。如私盐之外，额引不及，照旧设立折盐铺户，于两批验所领买官盐，散各州、县，以资日食。”从之。
十四年二月丙辰，巡抚应天都御史侯位奏上应议事宜：“一、议盐法。苏、松沿海居民，兴贩私盐，聚党行劫，盖由官盐不通及余盐严禁之故。请以浙江运使官一员移驻松江府，将松江六场额盐，听商人收买。各灶纳课如期，课银既完，各灶得以余盐自卖，分司仍给照票，但不许私载出疆，则余盐既许通行，必无违法聚众兴贩者矣；一、处坍粮。查得直隶苏州府原额官民田地、山池、沟荡共八万六千三百九十七顷，正额秋粮米二百三万八千三百二十三石，课额视天下已为偏重。内有原勘坍荒田地七千四百九十一顷，该正米九万六千四百三十九石，递年皆里甲包赔。乞将坍湖、坍海田地额粮减豁除之；一、专责成。簿查苏、松二府，侵欠京库折银及布米之类，各以百万计，其余府、县，率皆有之。自今宜责成有司，凡掌印管粮官，三年、六年考满，必任内钱粮完足，方许给由到部，查明无碍，方准收考。仍申明秋粮违限事例，必行降黜。”章下部议谓：“盐法宜行浙江巡盐御史查议。坍粮系额征之数，俟勘明备造文册，奏请处分。其议专责有司，深切时弊。如拟施行。”报可。
八月癸卯，复设太仓州兵备副使一员。初，兵科给事中朱隆禧言，州地滨海，祖宗时额建太仓、镇海二卫，设兵备官一员以控制之。弘治间，巡抚朱瑄疏建州治而革兵备，事体不便。臣请复设兵备而裁革州治如故。”兵部复议：“兵备宜复设。州治沿革，应檄抚、按官详议以闻。”上乃命设兵备，州治不必革。
十一月癸未，旧以浙江佥事兼管苏、松等四府水利。至是，太仓添设兵备，巡抚侯位等言：“不但水利宜属兵备，及四府钱粮俱宜令其管理，庶事体归一。”部复。从之。
十五年六月丙戌，改南京礼部尚书湛若水为南京吏部尚书。壬子，升吏部左侍郎霍韬为南京礼部尚书。
十月乙酉，户部以淮、扬等府灾伤，议免是年田租如例。
十一月癸亥，命诚意伯刘瑜提督操江。甲子，升提督两广军务、兵部左侍郎钱如京为南京户部尚书。丙寅，命提督操江、南京都察院右副都御史欧阳铎，以原职总理粮储兼巡抚应天地方。壬申，升河南巡抚、右佥都御史简霄为南京都察院右副都御史、提督操江，兼管巡江。
闰十二月壬子，总督漕运右都御史周金言：“淮安清河口抵瓜、仪四百余里，乃运道咽喉，其闸座止藉白马、范光、高邮、邵伯诸湖津派，皆无源之水。以往黄河北徙，或由沛县飞云桥，或由谷亭镇流入漕渠，是以沽头诸闸，颇得其济。自嘉靖六年以后，河流益南，一支流入涡河，直下长淮；一支仍由梁靖口出徐州小浮桥，一支由赵皮寨出宿迁小河口，各入清河而汇，由新庄闸灌入里河，水退沙存，日就淤塞。访诸故老，皆言河自汴来本浑，而涡、淮、泗清，新庄闸正当二水之口，河、淮既合，昔之为沛县患者，今移淮安矣！兴工挑浚，公私劳费，动以万计，臣甚虑之。窃计新庄口南诸闸，一遇水发，必须筑坝，及贡使与试官经过，旋复掘放，恐非长计。请于新庄闸更置一渠，约长五丈，立闸三层，重加防护，水发即三板齐下，贴席封固，虽有渗漏，势亦微细，而挑浚不难。仍戒管河属官，毋得营求别差，擅离职业。”下工部议可，从之。
十六年七月壬午，升南京通政使司右