至肇庆，加文渊阁大学士，封光化伯，使召李赤心等出楚。七月，封可望为平辽王，赐名朝宗。刘文秀、李定国、艾能奇等皆为公。可望却不受。冬十月癸丑，马进忠、王进才克武冈。乙卯，克宝庆、靖州。何吾驺、王化澄罢。封黔镇皮熊为黔国公、播镇王祥为忠国公，防滇也。十一月辛巳，督师大学士堵胤锡卒于浔州，赠镇国公。十二月戊申，以史馆乏员，上亲试士，取刘■〈艹洍〉、钱秉镫、杨在、李来、吴龙桢、姚子庄、涂弘猷、杨致和八人，俱授庶吉士。大清兵入粤，罗成耀自南雄遁回。
庚寅，永历四年春正月乙卯朔，上在肇庆。己未，闻庾关不守，问备御之策，无对者。辛酉，上登舟。戊辰，韶州复破。辛未，上西幸。命戎政尚书刘远生、给事中金堡宣谕广州诸将，令杜永和出师。留马吉翔、李元胤居守。庚辰，上至梧州，驻舟江干。内阁黄士俊以疾归，召朱天麟入直。二月，大兵至广州，围之；调陈邦傅、高必正等东援。丁亥，户部尚书吴贞毓等合疏论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客朋党误国十大罪；上以彭年反正有功，置不问，余下锦衣狱，遣戍。戊戌，大清兵破武冈，马进忠退守靖州。五月，必正与邦傅有隙，率所部西回；惟邦傅东出，屯肇庆。马宝等袭清远，败归。李元胤、马吉翔进驻三水，观望不敢进。而潮州郝尚久、惠州黄应杰俱已降。广州被围日久，不能救；惟进封杜永和等为侯，以虚名慰劳而已。六月，文安之入朝，命入阁办事。八月，孙可望复遣使至梧，自称秦王，且以不愿改号为请，付从官集议。九月，可望由云南东袭贵州，执皮熊，又使贺九仪袭遵义；王祥师败，自刎死。于是，张先璧、马进忠等皆归于可望，势益强，地与粤西相接矣。冬十月辛巳朔，日有食之，既。十一月辛亥，广州破，杜永和奔琼。甲寅，桂林破，留守大学士瞿式耜、总督兵部侍郎张同敞皆死之。初，衡、永俱破，胡一青、赵印选走南粤，式耜命与焦琏，杨国栋等扼榕江。既而全州复破，榕江兵尽溃。报至梧州，乙卯，上乘炮船夜发；比晓，从官踉跄追走。陈邦傅在清远，闻广州失，劫从官于藤江。内阁王化澄、吏部尚书晏清等俱走北流不得达，马吉翔、李元胤追及于南宁。从官稍集，饥冻无人色，乃括行櫜并吉翔所献得四千金散给之。胡一青、赵印选率滇兵驻滨州。袁彭年自佛山复降于清。十二月，命文安之出督师，经略川、秦、楚、豫，封王光典等为侯伯；所谓十三家之兵也。
辛卯，永历五年春正月己卯朔，上在南宁。二月，柳州破，上移驻田州。三月，使编修刘■〈艹洍〉封孙可望为冀王，至平越不得入。夏四月戊午，皇太后王氏崩于田州。五月，葬于南宁杨美山。上尊谥曰「孝敬、庄翼、康圣皇后」。可望以不允秦封，使贺九仪、张胜、张明志等将兵入卫，贼杀大学士严起恒、兵部尚书杨鼐和及给事中刘尧珍、吴霖、张载述等，皆主不予秦封者也。于是，始真封可望为秦王。八月，赠瞿式耜吴国公、张同敞江陵伯。九月，陈邦傅诱杀宣国公焦琏，叛降于定南王。上闻浔州破，驾发南宁。十月辛卯，驾次新宁。上生母马太妃徽号曰「昭圣、仁寿皇太后」，册慈煊为太子。十二月甲辰朔，大清兵破滨州。庚午，南宁破。赵印选、胡一青以败卒同马吉翔抵桂滩，请上弃舟从陆，尽焚龙舟重器而行。由土司安平、壮雷、归顺、归朝，一路进发，诸蛮各供粮饷并从官夫役。孙可望既受秦封，乃遣其将狄三品、陈国能、高文贵等以兵三千来迎，并书致从官曰：南宁不守，当驻安隆。从之。是时，可望已据有川东西矣。
壬辰，永历六年春正月癸酉朔，上在归朝司留九日，发。戊子，至广南府。孙可望遣总兵王爱秀表请居安隆。二月戊申，上至安隆，改名安龙府。可望岁以银八千两、米六百石上供，从官取给焉。大清兵入四川，可望守将白文选走回云南。定南王自广西以七百骑出河池州向黔，大军驻柳州。可望乃使李定国与冯双礼等图桂林，步骑八万人；刘文秀等图成都，步骑五万人。疏闻安隆，封定国西宁王、文秀南康王，余各加公、侯，从可望请也。三月壬申朔，建行太庙。五月，定国等进攻靖、沅、武冈皆下，疾趋广西。七月癸酉，遂克桂林；定南王自焚死，获陈邦傅并其子鲁禹，送贵州伏诛。杜永和以琼州北降；南阳侯李元胤及其弟安肃伯李建捷见执，不屈被杀。刘文秀等陷叙州、重庆，大清兵出击，大破之，全军俱没。九月，李定国北取衡州；孙可望亦自至沅州，攻辰州府，陷之。十一月辛未，大清兵遇定国于衡州城下，大战竟日，定国不能支，遂败走。会主帅遇伏殒，定国得收兵，退屯武冈。是年，凡宗藩在贵州者，可望渐杀之。
癸巳，永历七年春正月戊辰朔，上在安隆府。李定国自桂林胜后，不复受可望约束；可望恶之，使人召赴沅议事，将杀之。定国辞不行，径回广西，可望自追之。大清兵进宝庆，与可望战于花子街，杀伤相当；可望急退，诸营遂溃。大清兵亦不进，各引还，以武庆之间为界。上在安隆，日益穷促，闻定国得广西，且与可望有隙，乃与内阁吴贞毓等十八人谋召定国入卫；定国感泣，许之以身报。
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