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丁亥，永历元年春正月癸卯朔，上至梧州。李成栋分兵徇南韶，自率兵向肇庆，朱治■〈忄间〉走肇庆降。上由梧州走平乐，丁魁楚避入岑溪县守险，王化澄走浔州；成栋别将杨大福、张月等，下高、廉、雷三府。癸亥，上入桂林，欲幸楚；遣使湖南，慰劳督师定兴侯何腾蛟等，并趋其兵入卫。乙丑，梧州破，广西巡抚曹烨降。兵科给事中陈邦彦起兵于高明，原任兵部右侍郎张家玉起兵于东筦。征四川吏部尚书文安之、云南吏部侍郎王锡衮入阁，不至。乃以翰林学士方以智为东阁大学士入直，未几为僧去。锡衮寻为沙定洲所杀。是时，献忠部将孙可望等由川、贵入云南。魁楚为追骑所及，降，成栋杀之于藤江；平乐亦不守。桂林闻报，大恐；会武冈镇刘承胤兵至全州，即赴之。二月丙戌，上幸全州。瞿式耜谏不听，因自请保桂林；乃以式耜兼吏、兵二部尚书督师留守，以总兵新兴伯焦琏兵隶麾下。封刘承胤安国公，马吉翔、郭承昊、严云从等皆为伯。以礼部尚书吴炳兼东阁大学士，入阁办事。刘承胤以三千人援桂，自奉上归武冈。三月癸亥，上至武冈，改为奉天府，以氓府为行宫。大清兵攻桂林，焦琏击却之。是时，长沙、常德俱失，何腾蛟与郝永忠等退保衡州；张先璧走宝庆，堵胤锡走永宁卫。忠贞营李赤心等攻荆州，不克，溃入归、巫两江间。马进忠、王有才等遁五溪山中。武冈远在宝庆西，依承胤以为重，承胤遂专恣。六月庚午朔，何腾蛟朝行在；上慰劳再三，锡金币。大学士陈子壮起兵于九江镇；秋七月甲辰，率舟师围广州，不克。命腾蛟督诸镇兵守衡州；未至，衡已破，永忠等南走，腾蛟退保永州。湖南巡抚章旷卒于军。八月己巳朔，以户部侍郎严起恒为东阁大学士。壬午，大清兵破宝庆。刘承胤拒战，败绩，遂降。马吉翔等奉上及两宫斩关出，夜走靖州；商丘伯侯性持兵入卫，由通道县入蛮境，出古泥以达柳州。大学士吴炳扈从不及，死之。九月，李成栋破清远；兵科给事中陈邦彦被执，不屈见害。冬十月，土司覃鸣珂与守道龙文明相攻，遂陷柳州，大掠，矢及上舟。丁丑，上南走象州。兵部尚书张家玉兵败死之。时，大清已定湖南，西入黎平，永州亦破。郝永忠、卢鼎等俱入桂林，何腾蛟与严起恒随至，与留守瞿式耜议分地给诸镇，俾自为守。式耜以督焦琏兵复阳朔及平乐府，陈邦傅亦由滨州复浔州，合兵复梧州。粤西既定，屡请上入桂林。十一月丁酉朔，上回桂林。式耜与严起恒、王化澄并入直，腾蛟督师入全州。大清兵破高州，大学士陈子壮被执不屈，磔死。
戊子，永历二年春丁酉朔，上在桂林。四川巡按御史钱邦芑疏报：四川全省恢定九州岛一百三十余县。上视朝，受贺。封王祥等为侯、伯，升邦芑右佥都御史。癸亥，江西提督金声桓、王得仁以南昌内附。二月，广东总兵李成栋以广东内附。郝永忠溃于兴安。丁亥，入桂林大掠，上夜走南宁。何腾蛟在永宁闻警驰回，与式耜同调诸镇兵入城守御。三月丁巳，大清兵至桂北门，腾蛟等拒战却之。清师闻江西反，遂旋师。声桓使人间道赍佛经，置密疏其中，赴南京输款。以翰林学士朱天麟为东阁大学士。闰三月丙寅朔，皇子慈烜生，大赦，王皇后出也。夏四月乙未朔，遣吏部侍郎吴贞毓、商丘伯侯性敕劳李成栋于广州，封惠国公；并封佟养甲襄平伯。五月，何腾蛟复全州；壬午，复宝庆府。六月甲午朔，驾幸浔州。封陈邦傅庆国公。秋七月甲子朔，次梧州，谒兴陵。成栋请上移驻广东，使其将罗成耀将甲士五千迎驾；瞿式耜请回桂林。众议肇庆监国之地，居两省中，遂移居焉。八月癸巳朔，驾幸肇庆。拜成栋翌明大将军，以其子李元胤为锦衣卫指挥，使掌丝纶房事。袁彭年为左都御吏；彭年以广东布政使与成栋密谋内附者也。朱容藩僣称监国于夔州，督师吕大器命川将李占春诛之。九月，召旧辅何吾驺、黄士俊入阁。冬十月，何腾蛟攻永州、衡州，克之。李成栋命其子元胤以兵三千宿卫，遂为禁旅。是时，江西、广东俱复，惟赣州为高进库所守，金声桓使王得仁攻之不能克；命成栋率师助之。比成栋至，而大清兵已抵南昌；得仁还救，成栋战不利，退屯南康。十一月，杀佟养甲。李赤心破清将线国安于湘潭，遂复益阳、湘潭、湘乡、衡山等县；堵胤锡围长沙。十二月辛卯朔，封李元胤南阳伯、马吉翔文安侯。大清兵至长沙，诸将溃，腾蛟退保湘潭。
己丑，永历三年春正月庚寅朔，上在肇庆。壬申，朱天麟罢。戊寅，南昌破，金声桓、王得仁皆死。二月庚寅朔，湘潭破，马进忠败走，何腾蛟被执不屈死之。李成栋亦败于信丰，渡河堕水死。事闻，赠腾蛟湘中王、成栋宁夏王、声桓南昌王，设坛祭之。以杜永和为两广总督，驻广州；罗成耀守南雄。忠贞营之众，亦溃于茶陵，由道州入粤西。堵胤锡以胡一青、赵印选兵守衡州。三月，大清兵至，胤锡走道州；衡、永二府俱不守。四月，孙可望疏请封王，廷议不可。孙可望自丁亥春入滇，据全省，称国主，以干支纪年。其党李定国等抗不相下，云南监军杨畏知诱之来归，请封，久不决。武康伯胡执恭驻思恩，便宜矫册印入滇封可望为秦王；而肇庆不知也。六月己丑朔，堵胤锡