起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，仰体圣主仁恩，悉令回籍。其伪册印劄付已次第追缴，仓库人民户口册籍、船艘、军器，俱令巡海道线一信等查收」。先是报捷疏至，适值中秋令节，圣祖大悦，即解赐是日所御袍，并褒以诗。至是疏至，亲洒宸翰赐之。
九月戊寅，圣祖特谕吏兵二都：「向来海寇窜踞台湾，出没岛屿，窥伺内地，扰害生民，虽屡经剿抚，余孽犹存，沿海地方，烽烟时警。迩者滇黔平定，逆贼削平，惟海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略，咨询廷议，咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民，未获休息，特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。该提督忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师，整顿战舰，扬帆冒险，直抵澎湖，鏖战力攻，大败贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，慑服兵威，乞降请命，已经纳土登岸，听候安插。自明朝以来，逋诛寇贼，始克殄灭，濒海远疆，自兹宁谥。此皆该提督矢忠报国，大展壮猷，筹画周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅可授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员曾各加一级，兵丁赏赉一次，顷因该提督所统官兵，出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加级赏赉；复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇黔陆地可比，在事官员，可再加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥至意」。
台湾既定，因与部臣会议弃留利害来决，特疏奏陈，言：「台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护，隔离澎湖一大洋，水道三更余遥。查明季设水澎标于金门所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更余遥。台湾一地，原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民潜至，生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年就抚，将此地税与红毛为互市之所，红毛遂连络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为海逆郑成功攻破，盘踞其地，纠集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江浙。传及其孙克塽，六十余年，无时不仰廑宸衷。昨奉旨征讨，亲至其地，备见沃野土膏，物产利溥，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹，硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛耳，兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区、险阻之域。逆孽乃一旦凛天威，怀圣德，纳土归命，此诚天以未辟之方舆，资东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致？夫地方既入版图，土番人民，均属赤子，善后之计，尤宜周详。此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密，户口繁息，农工商贾各遂其生，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船，渡无限之民，非阅数年，难以报竣。使渡载不尽，苟且塞责，则该地之深山穷谷，窜伏潜匿者，实繁有徒。和同土番，从而啸聚，假以内地之逃车闪民，急则走险，纠党为祟，造舟制器，剽掠滨海。此所谓藉寇兵而齎盗粮，固昭然较著者。甚至此地原为红毛住处，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处，善能鼓惑人心。重以夹板船只，精壮坚大，从来乃海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩，若以数千里之膏腴，复付依泊，必合党伙，窃窥边场，迫近门庭，此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虑。异时复动师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易再建成效。如仅守澎湖而弃台湾，则澎湖孤悬汪洋之中，土地单薄，界于台湾，远隔金厦，岂不受制于彼，乌能久居哉？守台湾所以固澎湖。台湾澎湖，一守兼之，沿边水师，汛防严密，各相犄粗，声气关通，应援易及，可以宁息。况昔日郑逆所以得负抗逋诛者，以台湾为老巢，以澎湖为门户，四通八达，游移肆虐，任其所之。我之舟师，往来有阻。今地方既为我得，在在官兵，星罗棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌，不敢复发。臣业与部臣苏拜、抚臣金鋐等会议。缘部臣、抚臣未履其地，去留未决。臣阅视周详，不敢遽议轻弃。伏思圣祖建极以来，仁风遐扬，威声远播，四海宾贡，万国咸宁，日月所照，霜露所坠，凡有血气，莫不臣服。以斯方拓之土，奚难设守，以为东南数省之藩篱。且海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以之分防台湾澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员、兵八千名，澎湖水师副将一员、兵二千名，通共计兵一万名，足以固守，又无添兵增饷之费。其防守总兵副参游等官，定以三年或二年转陞内地，无致久任，永为成例。又地方初辟，该地正赋杂饷，殊宜蠲豁。见在一万之兵食，权行全给，三年后开征，寓兵于农，亦能济用，无庸尽资内地之转输。盖筹天下之形势，必求万全。台湾一地，虽属外岛，实关四省之要害。无论彼中耕种，能资兵食，固当议留，即为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。去留之际，利害攸系，恐有知而不言。如我朝兵力，比于前代，何