省水师官兵一万有奇，就中选拨精锐者可得六七千，海澄公黄梧标下可选择二千，投诚兵内可选择数千，再有未敷，就陆师中酌选，共得二万余，便可合为劲旅；兵在精不在多也。闽省全辖大小戈船共二百只，选拨一百七十只；小快哨一百只，选拨七十只；再造大水艍船十余只，渡马船二十余只。此所造船只，为费不多。将豫备之兵粮船器，充东征之用，无烦征召，不事浪费，戳力讨平，永清海甸，诚长便之策也。复思澎湖为台湾四达之咽喉，先取澎湖，势已居其半。大兵压近，贼胆必寒，势必革心归命。然后善为过渡安插，可不劳而定。倘执迷不悔，甘自殄灭，乃提师进发，可一鼓全收矣。贼一日未灭，臣一日未安。筹度时势，定当扫清余孽。且数年来，江、浙、闽、粤多设水陆官兵，动费倍增，皆为残孽未靖之故。如台湾一平，防费可裁，地方益广，岁赋可增，边疆永奠，诚一时之劳，万世之逸也」。圣祖仁皇帝览疏，召诣阙面陈所见。七年四月至京师。朝议循于招抚，不事轻剿，乃撤水师提督，授内大臣，晋伯爵，从容丹禁者十余载。
后闽省以逆藩作乱，海氛乘之复炽，东南亿万户渔盐耕织失业，圣祖恻然念之。二十年，进诸廷臣诏询剿取台湾方略，咸循前议。琅独毅然身任，具陈海上情形，度己度彼，条奏甚悉。圣祖大悦，加太子少保，复畀节钺提督全闽水师。十月至任，练兵整船。调兴化、江东等处陆路官兵协同进剿，议乘南风直捣澎湖。而同事者多枘凿。总督姚启圣疏言：「海贼刘国轩遣官黄学齎书至，请照琉球、高丽等外国之例，称臣进贡，但不薙发登岸，应否如其所请，请旨定夺」。圣祖谓：「台湾贼皆闽人，不得与琉球、高丽比。如果悔罪，薙发归诚，该督抚并遴选贤能官前往招抚。或贼闻知大兵进剿，计图缓兵，亦未可料；其审查确实。倘机有可乘，可令提督即遵前旨进兵」。二十二年五月，姚启圣奏称：「已遣福州副将黄朝用往谕刘国轩等，仍如前言」。圣祖乃趣琅进兵。
琅既奉专征俞旨，遂克期进剿。先聚米作地势示诸将曰：「如此入港，如此泊船，如此进击；不用命者必按军法」！因大书诸将姓名于各船飞篷之上，以便进退。六月十四日乙酉，由铜山进发，丙戍夺猫屿、花屿，晚泊八罩。逆贼伪侯刘国轩侦知我兵将乘南风进剿，倾巢而来，坚守澎湖。凡沿海之处、小船可以登岸者，尽筑短墙，安置腰铳，添筑炮城十余座，蜂集大小战船于天妃宫上下。丁亥，琅率舟师进发。先锋署右营游击蓝理等以鸟船首先攻敌。时值南潮正发，舳舻乘疾流逼压贼垒，被贼围困。琅亲驾楼船，冲杀入围。贼望见旌麾，皆环迫钩舟接战。琅伤目，以帕渍血示无恙。诸将校皆奋勇击杀，贼败退。兴化镇臣吴英继后夹攻，焚杀伪将军沈诚等大小贼目七十余员，贼■〈舟宗〉兵三千余名。戊子，全■〈舟宗〉复收八罩。已丑，取虎井、桶盘屿。癸已，遣兵官陈蟒、魏明等领船五十只为奇兵，直入鸡笼屿、四角山夹攻；又遣随征总官兵董义、康玉等驾船五十只为疑兵，直入牛心湾牵制；又将大鸟船五十六只居中，分为八队，每队驾船七只，各作三叠；留船八十只为后劲。琅居中指挥督率，直进扑剿。贼舟四路齐出迎战。炮矢雨集，烟焰蔽天。我师奋勇，呼声震撼波涛。总兵官林贤、朱天贵等继进夹击。自辰至申鏖战。贼被焚杀，浮尸满海。击沉大小贼船一百九十四只，焚杀伪官三百余员，贼兵一万二千有奇，猎楼橹甲仗不计。刘国轩力不能支，乘快船从吼门潜遁。伪将军杨德等一百六十五员率贼兵四千八百余名倒戈投降。报捷疏至，言是役以七昼夜破数十年盘踞之贼。抵澎之后，海不扬波，进师之时，潮涨四尺，以佐成功，此皆天威所致云。
琅不念旧仇，尽释所俘放归台湾。逆渠郑克塽势已穷蹙，又觇无屠戮意，七月丙申，遣伪官郑平英等齎降表至琅军前。总督姚启圣奏请招抚。圣祖命撰敕发姚启圣同琅酌行。八月甲寅，琅奏言：「七月十五日，郑克塽遣伪官冯锡珪等，伪侯刘国轩、伪伯冯锡范遣其弟伪副使刘国昌、冯锡韩等齎降表文稿诣臣军前，请缴伪印册，率众登岸，以求安插。臣随遣侍卫吴启爵、笔贴式常在同冯锡圭等持榜示往台湾晓谕伪官兵民，验视薙发。即令郑克塽等缮写降表，并伪册印一并齎送，以便代奏。至台湾虽在海外，地方千余里，户口数十万，或弃或守，仰候圣裁」。得旨：「海洋远徼，尽入版图，积年逋寇，悉皆向化，具见卿等筹画周详，剿抚并用，克奏肤功，朕心深为嘉悦。在事有功人员，该部从优一并议叙。会议政王大臣会议以闻」。寻议政王大臣等议：「台湾应弃应守，俟郑克塽率众登岸，令侍郎苏拜与该督抚提督会同酌议具奏」。己已，琅疏言：「臣于八月十一日率领官兵自澎湖进发，十三日入鹿耳门至台湾。十八日，郑克塽伪文武官俱已薙发，宣读赦诏，郑克塽等欢呼踊跃，望阙叩头谢恩。所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人、郑锦之子郑克塽及其弟伪恭谨侯郑克举等九人、伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟、及明裔朱桓等十七人，并续顺公下官兵家口、海澄公家口，俱拨船配载官兵陆续护送移入内地，并移咨侍郎苏拜及督抚听其安插。其余伪文武官员家口，现在趣会