师迫南京，甘辉进曰：『兵贵神速，宜急攻城，乘其势未定而拔之；不然，彼缓兵毕集，难以攻取，君必悔之』！成功不听；乃列营围之。方下令示期攻城，会援兵至，有千骑迫前锋营，为余新击败，成功遂轻敌无备。城上兵觇其军懈，是夜副将梁化凤由凤仪门穴城十余道，率兵从街房中毁墙而进，复迫余新营；众不及甲，仓皇出拒，副将董拱中、萧拱柱死焉，余新被擒。成功闻警，使〔翁〕天佑驰援，已无及矣。南京于是尽出骑兵列于城下，成功自督亲军击退。既而援兵云集，四面合攻。成功督诸将接战，累败；麾军退，登船而渡；水师击楫追之，成功令黄安御之，沉其数船，追兵乃止。成功于是徐渡诸军，而趋镇江。是役也，甘辉且战且走，单骑驰骋，人不敢近，马踬被擒；入金陵，戟手骂，不屈；遂幽之，徐使人说降；辉怒骂，求速死，数日水浆不入口，乃引出斩之，神色不变；悬其首于市，青蝇不敢附，军士以为忠义所感，函而葬之。时五军张英、亲军林胜、陈魁、提督万礼、总镇蓝衍、魏标、卜世用、洪复、户官潘赓锺、仪卫吴赐等皆阵亡。
成功攻崇明，不克；遣蔡政往北京议和。
是月四日，成功回师至吴淞港；使蔡政往见马进宝，商酌入京议和事宜。八日，至崇明；十一日，攻城，崩裂数十丈，守将梁化凤固守不下。周全斌以为孤城狭隘，得之无益；适马进宝差中军同蔡政劝成功退师以待奏请，徐观和局成否。从之；仍遣蔡政往北京。
九月，成功回厦门。
成功既回，建忠臣庙祠死事诸人，以甘辉为第一，入哭尽哀；曰：『吾早从将军之言，不至此』！以女妻其子孟煜，厚恤其家。
冬、十二月，蔡政自北京还。
政至京，特赐一品袍褂；命回江南，与督抚、提督会议。甫出京，有人言劾成功无礼，请系来使；驰檄追捕。政闻之，即昼夜兼程，由间道奔回。既至，成功嘉其才智，亲酌酒劳之，礼待有加；始知和议不成、系同安侯于狱、逮马进宝入京问罪及遣满州将军达素督兵三省会剿之由。
庚子、十七年（明永历十四年）夏、四月，成功改右提督马信为提督亲军骁骑镇。
成功闻达素将合兵攻厦门，令各镇官兵眷口搬住金门，命英兵镇陈瑞同户官郑泰保护。
五月，满州将军达素合兵攻厦门；及郑成功战于海上，达素败绩。
帝以江南既定，乃命达素及总督李率泰大搜两岛。五月，部份满、汉军大船出漳州、小船出同安，檄广东投诚许龙等引兵来会。成功以陈鹏督诸军守高崎，遏同安；郑泰出浯州，遏广东；自勒诸部，据海门。初十黎明，漳船乘风迫海门，成功使五府陈尧策令诸战舰按兵不动，俟其齐出击之；呼吸间，兵船乍至，诸战舰奉令莫敢先动，闽安侯周瑞先为漳船击破，与陈尧策皆死焉。继攻陈辉船，辉发火药烧之，满兵跃退，且战且却。成功自驾八桨板船，往来视师。向午，潮涌风发，乃亲率巨舰冲之；郑泰自浯屿引兵合攻，北兵大败，尸积遍海。有满兵数百弃船上圭屿，马信亲招降之，夜溺诸海。是日，同安船趋高崎，陈鹏约降，饬所部勿动，欲为内应；于是诸兵未及岸，涉水争先。鹏部将陈蟒不与谋，曰：『事急矣！当决一死战』；麾其属过船，与殿兵镇陈璋合攻击之，北兵披靡，蹈海死者十七八（原文为人），首领吕哈唎被擒，满兵被杀者一千六百余人。成功收鹏诛之，以蟒代其职。
许龙等后二日至，知兵已败，奔回；达素率残兵奔回福州，自杀。
冬、十月，监国鲁王殂于金门。
辛丑、十八年（明永历十五年）春、正月，帝崩，太子即位。
明主在缅甸。
三月，成功兴师攻台湾。
台湾，在东南海中，绵亘数千里，土番杂处。明天启末，红夷据其地筑城，一曰赤嵌、一曰王城；与中国、日本、广南贸易。以夷长揆一镇之，立法甚严，土番皆听约束，历三十余年无敢犯者。至是，成功以世祖新崩未暇征战，遂决意取之。诸将咸有难色；通事何斌进曰：『台湾沃野千里，四通外洋，横绝大海，足与中国抗衡。土番受红夷欺凌，每欲反噬；以天威临之，如猛虎逐群羊也。得其地足以广国、取其财足以饷兵，进战退守，无踰于此』！且陈可取情状甚悉；协理戎政杨朝栋亦主取之。成功悦，以忠振伯洪旭、前提督黄廷居守思明州，户官郑泰居守金门，自率文武官、亲军、武卫前进。
夏、四月，成功入台湾。
成功舟次澎湖，下令曰：『视吾鹢首所向』！至鹿耳门，水骤涨丈余，大小战船衔尾而进，纵横无碍。红夷大惊，以为自天而下；成功以手加额曰：『此天所以哀吾而不委之壑也！天怜孤臣，有宁宇矣』。引兵登岸，先取赤嵌。红夷败，退保王城；酋长揆一死守不下，乃列营环围以迫之，俟其自降。
六月，明铜山守将蔡禄、郭义叛来降，忠匡伯张进自焚死。
进守铜山，恩威并着。蔡禄、郭义畏往台湾，据