仔脚、溪洲，黄丑同廖三聘扎西螺，黑旗统领王得标带二营扎树仔脚，苗栗生员徐骧带二营扎斗六、溪底等要隘。自是斗六各庄，凡日军所到之处，土人皆诱杀之。
七月十四日（公历九月三日），日本北白川宫亲王巡视鹿港，旋回驻彰化；以川村旅团驻军鹿港，以山根旅团驻军彰化，分兵各处驻守。
日军以步兵二中队、炮兵一小队驻永靖街，以步兵一中队驻二八水街，以步兵三中队、炮二门驻北斗；各兵站驿地，驻守备兵二十名；其它部队各旅团相合在彰化。时日兵多染脚气、虎列拉、赤痢诸疫。其困难非常。并令工兵修筑道路，自九月初旬至九月终，诸军滞在北斗，溪水加涨，运送粮食以及弹药，种种为难。连日出兵，迭遇云林土民截杀。同时运送粮食十五船，由大甲河往鹿港，被洪水淹没。
七月十五日（公历九月四日），日军再统大队攻树仔脚，不克，退驻北斗。
日军十三日退扎北斗，星夜赍文到彰化报知，爰整大军数营攻树仔脚等处。连战数日，互有杀伤。溪中一带沙漠，数里无人居处，中多蔗园、林投、芦苇可为埋伏之所，沙埔暗埋竹钉桶，上铺竹木，马军多陷于泥淖，人马死者甚多。兼以风雨迭作，黑水浩淼，一望无垠，奔湍腾激，泥泞没胫，驾车者有覆辙之虞，掌筏者多望洋而叹。溪壑之间，无异河海，虽有投鞭断流之众，难以一齐飞渡。而土人熟谙水性，形势险巇，了如指掌。日军在此连战数十阵，多有损伤。日间越溪而战，夜间即退驻北斗；军书旁午，甚为棘手。七月二十五日（公历九月十四日），日军云集，沿扎东螺溪岸，连营武东山麓防堵，并由海道以分黑旗兵力。
是时，北斗连战十余日，不能越渡。云林沿沙连溪洲一带，亦连营互攻。南投张圭等亦暗行聚众，欲由山后包抄。日军防于水者复防于山。兼以北斗近海丰仑，陈戆番亦有内应之意。日军于燕雾堡、武东堡交界沿山之处，自湖水坑、中山等处连营以截南北投之路，由沙仔仑、二八水连营以防沙连暗袭之途，由员林街、永靖街、社头连营以防内变，布置周密，巡哨严谨。于北斗扎大军，以攻树仔脚等处。
八月初二日（公历九月二十一日），狂风大雨交至，日军停战。
初二日，狂风陡起，吼声如虎，万籁怒号，沙飞石走，排山撼岳；凡深林古树以及龙塍鳞隰之间，游牧动植之物，无不为风伯所大创。加以两师继至，不啻银河倒舄，山流暴注，急湍奔腾，有倾盆倒峡之势，几使平土变为泽国。日军停战数日，以俟天气稍晴，再兴大师。是时黑旗兵扎云林，每夜暗渡，谋袭北斗，夜间铳声迭响，海丰仑头人陈戆番密约相应。然日军器械精良，民皆畏怯，各庄自相弹压，不敢轻动。
八月初五日（公历十月三日），日本北白川宫亲王同参谋明石元二郎自统本队指挥、右翼支队则阪井少将指挥、左翼支队则内藤大佐指挥、前卫川村少将引率指挥，由莿桐巷小路掩袭南下。
时近卫师团各中队恶病死伤，兵员约减少三分之一，其余各队统率，由南方进发。当时浊水溪流浩大，军士粮食难以携带。渡溪每筏载兵员二十名、马四匹。北斗以下又有虎尾诸溪，行军极困难。夫役每日票一元。兵士病者皆抬至彰化病院，战死者用火葬，埋在太高营后山。斗六大路，我兵或埋地雷，溪底或开地窖，以陷马足。兼以蔗园、林投埔，台民沿途埋伏袭击。时武东堡内湾庄土人陈鸣凤兄弟，引日军由西螺进兵，黄丑及廖三聘二营拒之，旋败走，街市被日军焚之，由莿桐巷小路进兵。
论曰：是时我兵群集斗六云林县。但斗六之形胜，东西雄负高山，北则东螺溪绕之，西南则虎尾溪环之。我军星罗棋布二溪岸，日军斥候前卫讵能飞渡耶！矧障害物甚多。相持一月之久，日亲王探悉西螺，莿桐巷一带止二营土兵，爰令乡导引率前进，已抄过斗六前面。自此险要既失，虽刘黑旗派兵迎敌，一旦驱市人而与劲敌战，鲜有不弃甲曳兵而走。呜呼！行军者贵能相度地势，正阵不胜以偏师胜之，此兵法所云运用之妙在于一心也。
八月十七日（公历十月五日），日军与黑旗战于树仔脚，克之。
八月十八日（公历十月六日），云林统将王得标、义民简义、生员徐骧等与日军战于他里雾、双溪口，败绩。
是日，日本北白川宫亲王本队展开步兵四中队，列阵以战，前卫步兵二大队激列向右方战斗，斥候骑兵直前冲击，徐骧、黄丑、简义等退入村落。适日军前卫炮兵又到，由后包击，占取侧面阵地。我兵合义民并力攻打，日军势甚危险。时日军撤兵援护步兵二中队先行冲锋，其后步兵一大队增进，合计日军十四中队在战斗线内，我兵渐次退却。日亲王再引中队乘胜直捣，遂占领他里雾等阵地。是役也，日军兵死十四名、将校一名、马三头，我兵及义民亦死伤数十人。
八月十九日（公历十月七日），日军攻云林县，破之。黑旗诸军退入唵古坑。
是日徐骧扎在斗六溪底，王统领得标诸营率简义分扎斗六街外村落，以细碎铁装炮攻击。日军步兵三大队前哨亦渐进。日军将校以下死伤十七名，力攻三点钟之久，巨炮如雷，马军行如旋风，诸军皆退