五月，李元胤及郧国公高必正、兴平侯党守素朝于梧州，召复大学士严起恒，命必正出救广州，不奉命。安定伯马宝袭清远，败归。命故大学士何吾驺督师屯三水。秋七月，飓风荡舟，求直言。八月，孙可望再遣使求封秦王，不许。严起恒主之也。是月，大清田雄会兵余姚，攻王翊。翊避入海岛。鲁王将张名振讨破郑彩兵于沙埕。九月，孙可望袭贵州，执匡国公皮熊，遂趋遵义。王祥走死。湖南大将马进忠、张先璧皆归于可望。冬十月朔癸巳，日有食之。十一月二日，广州破，杜永和、张月以余众保琼州。李建捷奔肇庆。肇庆裨将叛。李元胤、建捷出走。大清孔有德破全州，入严关，诸军皆溃，遂入桂林。留守大学士临桂伯瞿式耜、总督兵侍郎张同敞死之。大清兵进克平乐，王夜发梧州，走南宁。陈邦傅劫车驾于藤江，杀部郎潘骏观、许玉凤、董英前，至浔州，王舟冲雨而过，得免。服御被掠，邦传以卤簿僭陈营中。大学士王化澄、吏部尚书晏清等，俱走北流，不得达。二十八日，王至南宁，马吉翔、李元胤追及，从官饥饿无人色，括御橐及吉翔所献得四千金，分赐胡一清、赵应选帅，滇兵屯宾州。
大清顺治八年辛卯正月朔己酉，王在南宁。己未，祀太庙，诏东阁大学士吏兵尚书文安之督师经略楚粤，赐尚方剑，便宜行事。二月，大清尚可喜将徐成功下高州，提督李明忠败于阳江。罗定总兵郭登第降。是月，大清兵袭厦门，故大学士曾樱死之。三月，孙可望使其将贺九仪，以兵入南宁，杀大学士严起恒、兵尚书杨鼎和、给事中刘尧珍及吴霖、张载述等于朝。于是，封可望为秦王，以杨畏知为大学士辅政。夏四月，皇太后王氏崩。大清徐成功下廉州，总兵宁武忠出战，大败，雷州渠帅王翰等皆降。大清尚可喜使班志富、郭虎引兵徇潮惠之未附者，都督薛进战死。海丰岭东皆入于大清。五月，修中极宫，行日讲。秦王可望召大学士杨畏知至贵州，杀之。秋七月，祀太庙，中元望祭诸陵。十八日，葬孝正王太后于两江之宋村山。是月，王翊自岛还，入四明，军溃被执死之。八月，大清陈锦、金砺攻舟山，张名振、张煌言奉鲁王奔闽海。荡湖伯阮进战死于海门。九月，舟山破，大学士张肯堂、礼尚书吴锺峦、吏侍郎朱永佑等死之。冬十月，大清徐成功下雷州，南阳伯锦衣卫都指挥使李元胤死之。陈邦傅以浔州叛。南宁震动。王将奔广南（滇地），胡一清，赵应选以溃兵同马吉翔抵驻滩，请舍舟由土司安平下雷归顺，间道进发，诸蛮皆馈饷服徭。秦王可望遣其将狄三品以兵来迎，书致从官曰：南宁不守，当走安隆（粤地），从之。十二月，安宁破，太仆少卿丁元相、户员外郎杨禹甸死之。是年秋冬，秦王可望由遵义北击，败余大海、李占春于重庆，别将王自奇，刘文秀取川西。走袁韬，获武大定以归。总督李干德赴水死。可望遂据两川。
大清顺治九年壬辰春正月，朱成功退大清陈锦兵于长泰。二月，王至安隆，进安隆所为安龙府，以吴贞毓为大学士。自是军国大政一归可望。王居处亦不自由。岁以银八千两、米八百石上供，从官咸取给焉。命曰：在位五年，二三元臣中，湘临、桂宁、夏南阳父子，心膂左右手也，皆成功无就，殉节弥光，梦寐追伤，茕茕在疚。去年南宁荒逊，荷秦王亲贤股肱，迎朕来此，王其厉兵张武、以图中原，大小战争，诛斩封拜，先行后奏，连岁播越，服御自奉，其损之又损，以称待罪天地祖宗之意。是月，朱成功围漳州。大清平西王吴三桂，定西将军李墨勒根瑕，由汉中入四川。守将白文选，走还云南。定南王孔有德，自广西以七百骑出河池州，趋贵州，后军屯柳州。秦王可望乃驰奏兵分二道，使李定国、冯双礼由黎平出靖州，马进忠由镇远出沅州，会于武冈以图桂林，步骑八万。刘文秀、张先璧由永宁取叙州，白文选由遵义取重庆，会于嘉定，以图成都。步骑三万，克期并进。从可望奏，封定国西宁王，文秀南康王，余皆加公侯。夏五月，西宁王定国进克靖沅、武冈。大清孔有德退守桂林。六月，将军双礼遇大兵于译湖，克全州。秋七月，定国遇大兵于严关，遂克桂林。有德自焚死，俘其子廷训，获叛将陈邦傅，斩于贵州。大清柳州守将全节、梧州守将马雄及提督线国安，皆还广东。定国进克柳州，平乐、梧州，广西府县皆复。故将胡一清、赵应选、马宝、曹志建等，出自山谷来归，可望献捷行在。王告祀宗庙。是月，陈锦为其下所杀，以其首奔朱成功。八月，南康王文秀下四川。及大清吴三桂、李墨勒根瑕战于保宁，败绩，都督王复臣死之。蜀地复陷。可望奏削文秀王爵，还云南。九月，西宁王定国攻衡州。大清马雄等复取广西。耿继茂下琼州，杜永和、张且以城降。将军文选取辰州，斩其守将徐勇。冬十月，马宝、曹志建复连州，获守将茅生蕙，斩于衡州。尚可喜使郭虎来救，不及。十一月三日，定国及大清兵战于衡州，害敬谨亲王，收兵退屯武冈，遣使告捷。可望忌定国，召还。大清以洪承畴总制满汉军，经略南方，星夜驰入武昌。
大清顺治十年癸巳春正月，王在安龙。鲁王次于金门，始去监国号。西宁王定国自武冈还，入广西，州县多复。秦王可望及大清佟图