，马吉翔、谢复荣奉王及三宫斩关出。大清兵追蹑，相距三里，复荣断后，与其卒五百人俱死王家堡。王徒行三十里，两昼夜不食，几及，会性率兵奄至，阵峡口，大军乃退。由靖州通道，历蛮境，五日达古泥。晋性祥符侯、吉翔文安侯，哭复荣，恤其家。明日，王幸柳州。大清兵入贵州境，破黎平，尽杀何腾蛟之家。是月，孙可望遣兵入永昌，执黔国公沐天波以归，遂据云南。九月，大清兵入永州，何腾蛟及诸将俱南保桂林。李成栋入清远，故大学士朱学熙、给事中陈邦彦、指挥白尝灿死之。冬十月，柳州军乱，王幸象州。兵部尚书张家玉败死增城。是月，鲁王复闽中诸县，故大学士刘中藻起兵福安，取福宁州。十一月，李成栋入高明，大学士陈子壮、御史麦而炫死之。是月三日，王自象州还至桂林。靖江王亨歅迎王而哭。瞿式耜、严起恒并相，中外想望新政。命曰：即位一载，未有宁居，赖将相大臣和衷匡复，凡我故家名族，军伍遗民，以及山林川泽之豪，挺戈建义；羗苗氐貊之长，解辫归诚，咸与释愆图功，剖符立誓。主宽仁恭默，虚己委任，无逸豫之过。然自常朝召对外，群臣希得接见，左右幸佞，因为奸弊。文安侯吉翔招权，内结宦者，外通思恩侯邦傅，自象柳行在票拟，皆出其手。比至桂林，专与机密。式耜、起桓虽被敬礼，不能与争。朱天麟、王化澄继相，仅守故事。而司礼庞天寿奉使恭视兴陵未还。王坤入自武冈复营进用，政令纷嚣，方镇骄惰。由是远近不服。十二月，令督师腾蛟，帅总兵胡一清、赵应选等出屯全州。是月，舟山总兵黄斌卿攻宁波不克，诸生华夏等死之。是年，朱客藩掳夔州，自称监国，招讨副元帅总督李干德，会师讨斩容藩。故大学士吕大器薨于独山州。
大清顺治五年戊子春正月，王在桂林。鲁王兵复兴化，郑彩杀大学士熊汝霖、义兴侯郑遵谦。二月，大清兵薄桂林督师腾蛟、留守式耜御却之。南昌守将金声桓，以江西来归。封声桓为豫国公。其将王德仁为建武侯。是月马进忠复常德。闽地复破，鲁王退保沙埕。余姚王翊起兵四明，前翰林学士张煌言保平冈以应之。金声桓攻赣州。安南、黎莫二部入寇犯行在。夏四月，后生男。督师腾蛟及焦琏、胡一清等退，大清兵于严关。五月，大清兵还武昌。腾蛟收复全州。李成栋劫其总督佟养甲以广东来归，封成栋惠国公、养甲襄平伯。命吏部侍郎吴贞毓宣谕广东，太仆少卿黄尚宾宣谕江西。六月，遣留守式耜、侍郎刘远生如全州、广州劳军。黄斌卿使冯京第入日本乞师。八月朔癸巳，王自南宁还至肇庆。惠国公成栋负弩矢郊迎百里外，副将杜永和以下前驱从骑四万。册命成栋为翊明大将军，以其子元胤为锦衣都指挥，掌丝纶房事。擢袁彭年左都御史。粤东群盗保山泽者，皆入献请自效。王命成栋夹攻赣州，以合声桓，同恢南京。大清固山谭泰围南昌，命腾蛟速出湖南援江西。十一月，腾蛟克永州、衡州。马进忠退大清兵于麻河。佟养甲伏诛，召故相何吾驺、黄士俊辅政。十二月，湖北巡抚堵胤锡弃常德，奔湘潭，湖南军乱。命腾蛟帅马进忠围长沙，胤锡帅忠贞营援江西，忠贞营不进。是年封嘉定镇将杨展为华阳伯，晋锦江侯。
大清顺冶六年己丑春正月，王在肇庆。罢大学士朱天麟。大清谭泰拔南昌，声桓、得仁被杀。故大学士姜曰广死之。定兴侯腾蛟兵溃，死长沙。二月，罢大学士王化澄。惠国公成栋败死信丰。时，三丧大将，连失江西、湖南，岭表震恐。命留守式耜督江、湖、两广军马，以杜永和代成栋，镇广州。阎可义守南雄。封李元胤为南阳伯，领兵宿卫。人情少定。李赤心等溃茶陵，行剽走梧州。堵胤锡走道州。可义寻卒，以罗成耀代。三月，大清兵入衡、永，诸军南保广西。封王祥为忠国公。夏四月，福安破，故大学士刘中藻死之。孙可望使杨畏知入朝，陈邦传矫制封可望为秦王。六月，杜永和请出师北上，不果行。左都御史袁彭年，以忧去。秋七月，封孙可望为平辽王，不受。是月，鲁王徒居健跳。八月，罢大学士何吾驺。朱成功遣光禄卿陈士京入朝，闽海始奉年号。封川守将杨大福作乱，讨诛之。九月，鲁王讨斩黄斌卿移屯舟山。遣使如日本乞师。冬十一月，堵胤锡死于浔州。十二月，大清兵分道入岭，孔有德趋广西，尚可喜、耿仲明趋广东。仲明死，子继茂袭爵。是月晦，入南雄。罗成耀弃韶州，逃归。是年春，李干德、袁韬诱杀锦江侯杨展，并其兵。
大清顺治七年庚寅春五月，韶州破，王至梧州。命李元胤留守肇庆。大学士黄士俊免。二月，大清尚可喜、耿继茂袭清远，围广州。杜永和、张月、李建捷力战御之。户尚书吴贞毓、礼侍郎郭之奇、兵侍郎程源、万翱等，合疏论左都御史袁彭年、侍郎刘湘客、给事中丁时魁、金堡、蒙正发，招权误国罪。王及太后亦意群臣有党，诏狱竟治，以功赦彭年，余皆杖戍。大学士严起恒伏沙滩求免刑，不听，遂罢去。以王化澄、朱天麟代之。王忧广州，进杜永和等为侯伯。永和乞师于碣石镇苏利不应。二月，岭东道李士琏、总兵郝尚久、黄应杰以潮惠二州降。大清杀滋阳、铜陵、兴化、永丰等八王。巡抚王芋逃入山中。是月，王翊朝鲁王于舟山。夏