营哨、商渔，尽编号数；上是之。甲午春正月，奏免扬州落地税；谓『各商货物已在扬州关输钞，入城复征落地税银，似属重科。臣衙门旧有盐课陋规二万两，今臣在任五年，丝毫弗取，为盐商节省银十万；众商愿于经费项下每岁代捐税银一千二百两，免商民无穷之累』。奉旨俞允。三月，紫阳书院成，三吴文学之士皆倾心诚服于先生；而四方之闻风来学者，亦日众。吴中向无书院，生徒无所容；乃择府学中隙地建紫阳书院，其规模、制度及讲贯课试之法大略与闽同。一时士风丕变，咸敛华就实，彬彬乎质有其文焉。
乙未春正月，钦差大人奏请革职。是时先生感激圣恩，益殚精政治；一切地方利弊，悉力兴革。又屡值年丰，人民乐业，疆土宁谧。而先生以吴地滨海，奸商贪利，下洋勾引匪类，出入无忌，终为东南隐忧；故为未雨绸缪计，特严海禁，有犯必惩。积有张元隆、张令涛、李崇御等案，皆为巨棍所把持，屡饬不结；圣祖命大人驻镇江审理，大人不细讯而问先生索取海贼，先生以各案文卷进。大人即参先生「狂妄自矜」，应革职、看守审理；圣祖不允，而令先生明白回奏。乃上疏，略曰：『张元隆系镇臣在洋盘获之余元亨所供，经署抚王度昭审议具题；部覆发臣再勘，饬行府、县究审。张令涛系顾协一、闵三等告发，被害者十余纸抗匿不出，悬案莫结；令涛非通洋，亦系豪恶。何得挨延半载，藉庇抗官！即谓首告不实，应于原告坐诬。臣虽愚昧寡援，而身为地方大吏，宁能置之不问乎？李崇御亦系镇臣获报，其船照票不符，满载金银、不带丝毫货物；谓非来历不明，其谁信之！臣屡将元隆等恶迹，咨明钦差大人在案。据咨上闻，案件自明；乃将各犯悉为开脱，独参臣以「狂妄自矜」之罪。臣虽历官巡抚，而服食、起居未脱寒酸故态；以为迂腐则有之，何敢于君父之前反蹈「矜妄」，自取罪戾乎！然臣止知有君父，不知有身家；止知报圣恩，不知避嫌怨。惟恐案情未能得实，则臣之负罪益深；此区区微忱，不敢一念之或欺者也』。随奉旨：『将回奏情节，一并审明』。三月，大人复上章，请革职、看守审理；盖至是，已连劾六疏矣。先是，三请革职，奉旨：『钦交事件，应尽心审明原委具奏。屡次前往，未能彻底审明，希图朦混完结；今又请将张伯行革职。缮摺具奏，殊玷官箴。这事情，仍着前往审明具奏』。先生跪聆恩旨，感激涕零；将先后口供沥陈上奏。大人复讯供文，致其词坚，请革职、看守审理；圣祖不得已，姑允之。时先生因热审赴常州，大人令藩司于舟中解绶去，遣游击房世淳伴送至镇江，看守于城隍庙；及夜分问供，多方摧折。所供不如大人指，乃传先生幕宾代书，竟拟重辟。是时百姓无一人知者；门人子弟闻难来讯，呼吁无门，生死不可测。而先生处之恬然，读书昼夜无间；为子侄讲经书，积讲义二十余篇。又向辑「四书正宗」、「学易编」皆未成，续为编辑。居润州半载，体加充、色加睟焉。案达上，圣祖未允所拟，而令大人同先生入京。仲冬二日，渡江；至维扬，父老数千焚香拜，岸上士民夹两岸随舟而行，四十里不绝。越日，过邵伯、高邮，皆有儒冠、野服沿河顿首者。至淮安，总河迎会；见舟将坏，大惊曰：『何以坐此』！先生曰：『此不由己也』。总河为易舟。伴送官胡同知暮夜趣渡黄河，时细雨方霏，周天如墨，涛浪汹急；从舟倾覆，而先生以总河所易舟先济，得免。至夏镇书院，诸生候于河次；叙契阔，皆挥泪而别。是月二十三日，至京师；先生欲赴畅春苑陛见，大人勿许，委官看守于吏部分署。翼日，圣祖谕大人同先生来，乃陛见。大人面奏曰：『他并不认罪』。圣祖曰：『他原无罪可认』！先生感泣，叩首谢曰：『臣有生之年，皆皇上所赐也』！上又曰：『此人朕还用之；当用于有钱粮衙门』。复谢恩出。明日，召对于干清宫；问话移时，命于南书房行走。腊月朔，命讲「民可使由之」一章；越日，又命讲「太极图说」：皆缮摺进呈。
寻奉特旨，署总督仓场侍郎。丙申春，赴通州视事。时秋成稍歉，奉谕回户部酌议平粜，奏发仓米二万石；上谕：『粜完启奏续发。仍不时巡察，使贫民得沾实惠』。闰三月，奉命发仓赈济顺天、永平二府；亲往巡察。七月，巡查至永平，其守谢公赐履廉能有声，留心社仓；因与讲社仓之法，令劝谕所属捐输积贮，每年出陈易新以备荒灾。回京，本朱子社仓法，酌十六款条奏；奉上谕，亲赴永平料理社仓事宜。丁酉秋七月，上「条奏余米摺」云：『臣查红斛进仓、平斛放米，每石原多二斗五升。今该仓书攒止报一石一斗四升四合九勺四抄，其余隐匿不报；虽止一斗五合六抄，然以通漕合算，岁约三十余万。此项谓之「飞米」，俗所谓「飞毂辘子」是也。外又有长米二、三十万石，曰「旗丁交剩余米」。或令旗丁领出，谓之「照米」，俗所谓「出黑档子」是也；或令旗丁卖于他人，谓之「买余抵补」。仓场之弊甚多，此其大者；故特奏之』。又奏：『每年收米、放米，该剩余米一百余万石。日积日多，无廒可贮；请建新廒百座』。八月，钦点顺天乡试主考。时方收粮通州，不与开列；特召入闱，盖异数也。先生矢公矢慎，得士李兰等二百余人，舆情洽服；