事者因非法凌虐；高皇帝乃于二十年焚其刑具，送囚刑部：是祖制原无诏狱也。后乃以罗织为事，虽朝廷爪牙，实权奸鹰狗；举朝尽知其枉，而法司无敢雪。惨酷等来、周，平反无徐、杜：此诏狱之弊也。洪武十五年，改仪銮司为锦衣卫，专掌直驾等事，未尝令缉事也。永乐间，诏立东厂，始开告密门。无籍凶徒，投为厮役。赤手钜万，飞诬遍及；善良招承，出于私拷：怨愤满乎京畿。欲绝苞苴，而苞苴弥盛；欲清奸宄，而奸宄益多：此缉事之弊也。若夫刑不上大夫，祖宗忠厚立国之本。及逆瑾用事，始去衣受杖；刑章不归司败，扑责多及直臣。本无可杀之罪，乃蒙必死之刑；血溅玉堦、肉飞金陛，班行削色，气短神摇。即恤录随颁，已魂惊骨散矣！朝廷徒受愎谏之名，天下反归忠直之誉：此廷杖之弊也』。疏奏，大学士姜曰广拟俞旨，群奄共挠之；曰广抗疏力争曰：『缉事不除，宗社且不可知，何厂卫之有』！乃命改归五城御史随时体访。
督辅史公可法部将陈可立、刘肇基、张应梦、于永绶驻京口，浙江入卫都司黄之奎亦部水陆兵三、四千戍其地。之奎驭军严；四将兵恣横，刃伤民，浙兵缚而投之江，遂有隙。已而守备李大开统浙兵斫镇兵马，镇兵遂与相击，射杀大开；乱兵大焚掠，死者四百人，民财罄尽。先生疾至，而永绶等已遁去。先生劾治四将罪，有旨命四将赴可法军前听核；不能罪也。先生行视被难家，賙恤备至；民咸悦。四镇欲寄家江南、开藩江北，以地富饶，且可避北骑。先生至京口，调诸路防兵，抚台浙溃卒；每撤舆从，杂诸将中阅地方要害，沿口百里周设营寨，旬日军声大振。四镇惮先生威，以书通问。先生报书，感以大义；自是，无一卒渡江内扰者。
初，兴平兵攫丹阳市钱，浙兵勤王者不平，斗而伤，军民大噪，城闭。先生率所募军驰至，斩兴平兵。兴平伯高杰方据瓜洲，最号跋扈；夙惮先生威。至是，忌之；扬言且移兵丹阳以哃先生。先生却以牒，复约会杰于大观楼；楼在瓜步，杰谓先生必不至。至期，风雨大作，杰笑曰：『祁抚不至有辞矣』！顷之，先生从隔江扬帆破浪，顷刻达岸，挝鼓入。杰闻之，大骇；衷甲出迎。及门，见先生角巾单衣，携胥、隶各一人；又大喜，遽挥卫士去，劳且拜，坐语久之。先生披肝膈，勉以忠义，共奖王室；杰叹曰：『公钜人也！杰阅人多矣；如公，杰甘为死！公一日在吴，杰一日遵公约』。因指江誓曰：『敢越尺寸以溷公者，有如此江』！亟呼置酒；先生以国变辞，遂共饭而别。初，先生将行，或谋伏兵金山、或谋以勇士充胥吏为备；先生并笑谢焉。
尝设笥于辕门，书曰：『直言规本院者，投左笥；悉心议利弊者，投右笥』。日收数十通，摘可采者汇为书。尤喜招礼贤士，于署左设馆；客至，起居、服膳悉以官董之。疏言：『三吴财赋甲天下，纷丝缕结。自先臣周忱创立平米法，归并杂项名目，百姓便之。此后再造「经赋册」、「赋役全书」皆因其法，而酌斟捐益，最为详明。近则舞文去籍，侵侔万端。其弊在税徭增减，官民不相闻、上下不相晓；奸胥恣其侵欺，顽户因而拖欠。况今西北陷没，财赋皆取给东南，供输非旧贯可守。如一起解也，有改北为南者、改本为折者；一存留也，有改设取为额派者、改东府为西府者。且或蠲、或减、或加、或裁，种种多绪。旧兵、新兵额饷，尤须早计。其要在定「经赋册」、编「易知单」，然非专官开局，不能清整。臣请委官设局，取四府赋役、会计等册，为纲为目、为经为纬，一切责成裁定，刊刻成书；再请本地贤臣共相讲求，必图至当。臣非不乐因循、好为多事，诚以琴瑟不调，必解弦而更张；则此地此时，有必不容已者也』。王览疏，遽报可。
十二月，先生引疾归。抚吴半载，军务倥偬；日则延见将吏、夜则批阅公牍，漏下三十刻方就寝，未明即起。每不暇食，食亦不时。当监国时，先生尝荐用吴公甡；后吴抚晋，发巡方张孙振贪墨，坐辟。及寇变，张逃至南都，夤入台班，憾吴并及先生。阮大钺，阉党也；诸生顾杲尝为文斥之走。先生聘杲入礼贤馆，阮亦衔之。刘公念台尝疏参马士英，马以先生为刘同里，交契且久，寓丹阳，因疑先生实与闻；抚吴又无所遗赂，嗾其私人朱统■〈金奥〉疏纠先生。而丹徒张捷居里时，恨先生接待之疏；时方为吏部，与孙振并希指诬劾先生阻登极议、贰于潞藩。适先生疏革厂卫，诸奸又怂恿宗室无赖疏斥先生谋蔽耳目。先生皆不与辨，引疾愈力，且疏辞定策功所陞都察院右副都御史；得旨：『回籍调理』——实十二月十五日也。行李萧然，将士号泣攀挽，几不得行。二十一日，至浙，过家门不入；拏小舟，见兄季超于云门山舍。除夕，始还。
弘光元年（本作「顺治二年」，此从王编原本）（乙酉）
先生四十有四岁。家居。见朝政日紊，叹曰：『南都即燕都续矣！故居邻孔道，将扰于兵；死，吾分也，但当择地』！乃就季兄谋，挈家入云门山东二十里之傅家■〈山奥〉居焉。
五月，闻北骑南下，托言夫人病，豫买榇寄古庙中。五月，北骑始渡江，南都不守；先生曰：『此地顷刻榛荆矣，安所得西山薇哉』！或劝『服黄冠，