，以大学士洪承畴总督军务，镇抚南方，并驻江宁。
鲁、唐二藩之割据及江南民兵之骚动南京政府以五月颠覆，至六月，而鲁王以海（明太祖十四世孙）称监国于绍兴，据有浙东，以张国维、熊汝霖等督师钱塘江上，画江而守。至闰六月，而郑鸿逵复拥唐王聿键（太祖九世孙）称帝于福州，据有福建及其西南诸省；郑芝龙兄弟辅之，握兵食权。而黄道周为大学士，议战守，恃仙霞岭为国防。
于是浙、闽对立。而江西士大夫自杨廷麟以下，设忠诚社于赣州，号召才智，远近毁家入社者几三万人。同时江南列城民兵四起，嘉定则侯峒曾、黄淳耀，江阴则陈明遇、阎应元，松江则沈犹龙，徽州则温璜，绩溪则金声，各集众自保，效死不去。其余吴江、昆山、崇明、宜兴等响应者复十余城，或通表唐王，受其封拜，或近受监国鲁王节制，浙、闽恃以阻大军之南下。然民兵皆起仓猝，未更训练，饷械又不足，率旬日即败，诸王谋者皆先后死；独吴易之守吴江、阎应元之守江阴，稍稍持久。是时大军分两部，一屯江宁，洪承畴督之；一屯杭州，贝勒博洛督之。承畴遣张天禄等引军攻徽、宁，而博洛自杭州进薄吴江，尽断诸港通路，乘大雨歼吴易军（吴易得脱，至明年始见杀）。因移围江阴，列炮环攻，以八月二十一日破之；众犹巷战，士女自杀者池井皆满，明遇及应元殉焉。而金声尚扼守绩溪，布置甚密。至九月，明御史黄澍导大军出间道袭破之，执声至江宁，其门人江天一从。总督洪承畴谕降，天一朗诵思宗谕祭承畴文以愧之，与声俱死。于是江南民兵悉平。
唐藩之扩张及闽、浙之冲突唐王好学通典故，然以郑氏擅国，不能有所为。芝龙、鸿逵屡荐其私人为要官，唐王不从，以是怀怨望。及本朝遣使招抚福建，芝龙阴结使者通款；唐王数促之出师，辄以饷绌辞。道周知芝龙不足恃，乃踰岭征兵从广信出衢州，所至号召诸将，安抚遗黎，归附者颇众。时何腾蛟总督湖广，次长沙，收抚流寇余众数十万，分为十三镇，布列湖南、北，与大军之屯武昌、荆州者相持。而杨廷麟守赣，募民兵三万、峒蛮四万，又檄调广东、云南兵数千，与南昌大军战屡捷，兼取吉安守之，军颇振。两人并翼戴唐王，受爵命。于是唐藩领土自福建、两广、云、贵以外，兼有湖南及江西、湖北之一部。乃颁诏浙东，鲁王下令将返台州，而熊汝霖出檄严拒，张国维亦驰疏唐王，言『监国当大势溃散之日，鸠集为劳。一旦退就藩服，人无所依，闽中鞭长不及；猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追』！既而鲁王遣使通聘福建，唐王亦手书报之曰：『吾无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵。吾有天下，终致于王』。浙东所用职官，尽列朝籍，无分彼此；且发饷银十万两犒师。而马、阮复鼓鲁王部将方国安纵兵劫闽使，尽夺其饷，且檄数唐王罪。于是闽、浙冲突，而唇齿之势离矣。
川、陕之征自李自成败窜，中国本部西北境虽已隶本朝，而四川故为张献忠所据；会朝廷方以南征为急，未暇西顾，献忠乃以成都为根据地，遣诸将分屠附近州县，以杀人多寡论功，川中无人迹。及唐王之自立于东南也，明遗臣贺珍等复起兵兴安，汉中遥附之，遂占凤翔、窥西安，全陕响应。顺治三年（一六四六年）春，诏以川陕军务任肃亲王豪格及平西王吴三桂，而以浙、闽事属诸博洛，分道大举。肃王以三月至西安，与总督孟乔芳分定渭水以北诸城。五月，进军汉中，破贺珍等于鸡头关，陕西复平，乃进征四川。时献忠部将刘进忠方守保宁，闻大军至，即率众迎降，乞为响导；大军追至西充、盐亭间，与献忠遇，发矢殪之。其党孙可望、李定国、白文选等俱溃走川南，寻越重庆綦江等城，入贵州境；大军追之至遵义，以饷匮旋师，时三年十二月也。
鲁藩之平博洛南征之师，亦以三月进次杭州。先是张国维率诸军连战于钱塘江上，皆有功，因欲乘间复浙西。熊汝霖议募民兵，由海宁、海盐直趋芜湖，以梗运道；连络吴中水师之潜据太湖者为犄角，以困杭州。而浙东诸饷尽为方国安军所擅，民兵无食，议卒不行。至是，大兵压钱塘江，国维督诸将连营拒战。四月，大兵隔江炮坏方国安营灶，国安即拥兵数万入绍兴，挟鲁王走台州，而诸将尚严守江上。会夏旱，江水暴落，褰裳可涉。六月，大军士马数万由上流浮济，连营駴溃，张国维退守东阳。国安谋执鲁王以献，鲁王亟走得脱，航海至厦门。国维知事不可为，赴水死。金华、衢州相继下，浙东略定。
唐藩之平方何腾蛟、杨廷麟之振势于湖南、江西也，各疏请唐王移镇其地。唐王亦知芝龙有异志，欲弃闽由赣入湘，倚腾蛟。以顺治三年二月，进次延平。时廷麟守吉安，闻唐王北行，乃南入赣谋迎谒，而以吉安之守御属诸兵部侍郎万元吉。元吉驭下严，诸将不悦，皆内携。至三月，江西降将金声桓进围吉安，守兵不战溃，城遂破。元吉退入赣，声桓乘胜进围之，廷麟、元吉坚守不出。既而博洛定浙东，闽中大震；芝龙已阴受洪承畴约款，乃诡称海寇入犯，驰赴安平而尽撤关隘，水陆防兵随之，仙霞岭二百里间空无一人。大兵由衢州长驱越岭入，时赣