士英希复出。士英乃排群议，奏起逆案巨魁阮大铖，于是正人如张慎言、吕大器、姜曰广、刘宗周等先后引去。一时政府无善类，贿赂公行，秕政交作；江左偏安之局，不俟识者而知其不能久矣。
李自成之窜死摄政王既定京师，奏捷盛京，颁示朝鲜、蒙古。时京东、京北诸府虽降，而保定、大名、真定间溃贼群起，自成自山西入陕；山东诸州县闻之，亦争杀其伪官，据城自保。乃以六月遣肃亲王豪格往定山东、河南，遣都统叶臣等往定山西，各分扼要地，俟秋高进军，徐图灭贼。至九月，世祖定迁都之议。车驾以十月朔至自盛京，祭告天地社稷，奉太祖、太宗主入太庙；用大学士范文程言，尽除明季弊政，令文臣衣冠，暂从明制。近畿略定，因议先剿陕贼、次规江南，乃以英亲王阿济格为靖远大将军，偕吴三挂、尚可喜等由大同边外会诸蒙古兵，赴榆林延安，出陕西之背；又以豫亲王多铎为定国大将军，率孔有德等由河南夹攻潼关，期于西安相会。是冬，畿南、山西、山东诸省先后平定。豫王以十二月渡孟津，收沿河堡寨，进至陕州，自成遣其将刘宗敏（夺三桂妾陈沅者）据潼关拒守。顺治二年（一六四五年）正月，大军抵关，自成逆战不利，而英王及三桂西北之师已自保德州编筏渡河，入绥德，连下延安、鄜州，逼西安之背。自成前后受敌，弃关还西安，焚宫室，东南自蓝田出武关，走湖广。比大军克潼关、入西安，则自成已走五日矣。朝廷以陕西底定，乃命豫王移师征江南，而以追剿流寇事专任英王及三桂。时寇众尚三十余万，扬言欲取南京，大军水陆迫蹑，凡七破其众于长江流域间。闰六月，自成南走延宁、蒲圻，至通城，率二十余骑掠食山中，为村民所困，自缢死。或言自成陷泥淖中，村民聚击之，锄碎其首，至糜烂不可辨云。自成既死，其残众二十万，悉降于明湖广总督何腾蛟。
史可法之尽瘁南朝危局既如上文所述，而史可法独提兵往来江淮间，身当南北之冲，联络诸镇，力图兴复。先是摄政王闻福王自立，即移书可法，责以大义，谓『春秋之法，有贼不讨，则新君不得书即位』。且讽以形势，谓『以中华全力，受制潢池，而欲以江左一隅，兼支大国，胜负之数，无待蓍龟』。可法报书，亦历引汉（光武、昭烈）、晋（元帝）、唐（肃宗）、宋（高宗）中兴故事，以解自立之嫌，且谓『贵国驱乱除逆，兵以义动，若规此幅员，为德不卒，则以义始而以利终，将为贼人所窃笑』（两书具载「通鉴辑览」）。既而大军已定山东，乃分兵取海州、宿迁，连下江北州县。会可法方进师清江浦，遣官屯田开封，为经略中原计。及大军至，可法驰疏告急，而马士英乃谈笑以为诳己，诸将亦拥兵观望，无敢任冲要者。当是时，明诸镇之师惟左良玉及高杰所部最强。良玉与何腾蛟等镇守湖广，而高杰为可法忠义所感动，颇奉约束，因进次徐州，沿河（当时黄河自开封东南流经徐州、淮安等境入海，与今河道不同）筑垣，专力备御，且遣使通好于睢州总兵许定国，联络河南。定国旋纳款本朝，送二子渡河为质。杰微闻其计，亲往觇之，为定国所杀，部兵大乱，屠睢旁近二百里殆尽。可法闻变流涕曰：『中原不可为矣』！遂驰至徐州，招抚其众十余万，移诸扬州。而豫王南征之师，以顺治二年三月，自陕西分道而东，会于归德，所过州县皆望风迎降，遂进薄泗州，乘夜渡淮。可法方将移军援泗，会左良玉以马士英裁其军饷故，传檄远近，以清君侧为名，列舟自汉口而下，南京戒严，诏趣可法入援。比可法渡江至燕子矶，则良玉已病死九江，其部众为黄得功勤王军所败，乃复奉命折回；而大兵已破盱眙，警报日至。可法檄各镇兵会援扬州，无一至者，独总兵刘肇基自桃源县西白洋镇趋赴。大兵越六合进攻，去扬州二十里而营。肇基请背城一战，可法谓野战不如凭城，乃分陴拒守，亘七昼夜。城卒破，可法被执，大呼曰：『吾史督师也』，遂见杀。肇基率所部巷战，力尽亦死，时四月二十五日也。大兵留十日，乃南行。可法为人廉信，与下均劳苦，其督师也，行不张盖、食不兼味、寝不解衣，日夜以报雠雪耻为念。每缮疏，循环讽诵，声泪俱下，闻者无不感泣；而权奸内哄，悍将外争，凡所经画，百不一就。卒至兵顿饷竭，志决身歼，时人比诸文天祥云。
江南之平定扬州已溃，明侍郎杨文骢、总兵郑鸿逵合兵守京口，与豫王军隔江相持；会夜雾，大军编巨筏，列灯火其上，放之中流为疑兵，而别以数百骑舣小舟潜渡，袭据北固山（镇江府城北）。守兵惊溃，文骢奔苏州，鸿逵拥众入闽。福王闻警，率宦官宫妾西幸芜湖，士英、大铖亦先后走杭州，其余文武勋戚相率迎降。豫王长驱入城，而分兵追袭福王。时黄得功屯守芜湖，誓死翼卫，竟中流矢阵殁，明总兵田雄拥福王出降。江南略定，乃分大军之半，属贝勒博洛进攻浙江，沿途徇所过州县。马士英自杭州迎战不利，渡钱塘江东遁，潞王常淓以杭州降。会英王追剿流寇之师亦所至有功，收左良玉部将金声桓众十余万于九江，于是长江流域西自湖北、东至海、南及浙西，大都降服。豫王奏改南京为江宁府，至七月，班师；乃以贝勒勒克德浑为平南大将军