防战崇焕既罢，明廷特设文武两经略，以尚书梁廷栋及满桂为之，屯西直，安定二门，而命大学士孙承宗移镇山海关。已而太宗分兵下固安、良乡，复回军至芦沟桥，破副总兵申甫车营，进次永定门。满桂督诸军迎战，以众寡不敌，战死，京师大震。时诸将争请攻城，太宗笑曰：『取之若反掌耳！但其疆圉尚强，非旦夕可溃者，得之易，守之难。不若简兵练旅，以待天命』。乃移军越通州而东。是时庶吉士刘之纶以知兵名，制木为西洋大小炮及新式战车，皆轻捷便用。遂超擢侍郎，率所募敢死士，屯遵化城外。天聪四年（一六三○年）正月，大军既拔永平，以三万骑回击之纶。之纶发炮，颇有所击伤，再发则炮裂，军乱。之纶誓死不退，军复奋斗，亘十二小时，全军尽没，之纶身被两矢，亦死。大军遂拔迁安、滦州，皆留兵守之。寻分兵向山海关，副将官惟贤力战，乃还攻抚宁、昌黎，皆坚守不下；复遗书议和，取道冷口关而归。当是时，总兵马世龙统诸路援师二十万，蹑大军后，而孙承宗督祖大寿等守山海关，东西相应援，乘大军之归，以五月规复滦州。贝勒阿敏方拥重兵屯永平，见明军势盛，先后召迁安及遵化守将弃城偕遁，明军追击之，袭杀甚众，于是关内四城皆复。
长山之役五年（一六三一年），太宗以明军制胜之道在利用火器，思有以抵制之。乃招徕明工匠，制造红夷大炮，而令降将演习之。至八月，遂用以攻大凌河。时承宗既恢复关内，更理关外旧疆，议并力先筑大凌河城，而巡抚邱禾嘉不用命，同时兼筑他城。大凌工筑甫半，而大军骤至，围之数周。禾嘉自宁远驰入锦州，与总兵吴襄、宋伟等合军，逾小凌河赴援。太宗分军迎战，见其列阵严整，引还伺之。明兵夜趋大凌河，阵长山口（在锦州府城东南，峰峦连亘、四山错列，因名），距城十五里。太宗督兵二万进击，宋伟等坚阵不动，乃率两翼骑兵突阵，营中火器震天，右翼兵冒弹丸先进，伟奋力督战不退，而别军之屯吴襄东者，亦发大炮火箭攻之。时黑云起，风从西来；襄纵火相逼，忽大雨反风，襄以营毁先走，宋伟督战至晡，以力尽引退，为伏兵所截，失士卒无算。于是祖大寿坚守大凌河不出，至十月，城中援尽粮绝，杀人马以食，商民三万仅存三分之一。太宗令声炮扬尘，诡为援兵诱之，大寿出城，败还。既而锦州援兵四万果至，城中闻炮，疑不敢出夹击，大寿不得已，竟以城降，言妻子在锦州，请往为内应。太宗纵之还，而毁大凌河城，班师。
长山之败，廷臣追咎筑城非计，交章论禾嘉，兼及承宗。承宗引疾归，禾嘉亦罢。明自用兵以来，督师者如熊廷弼、袁崇焕、孙承宗辈，皆以盖世之才，能称其职；而诸将委身许国，效死不屈者亦前后相望。顾奄竖宵小阴相排挤，文墨议论之徒从而挠之，故边事日坏，而战无幸胜也。方廷弼初罢，尝言：『朝堂议论，全不知兵，敌稍缓则哄然促战，及军败，始愀然不敢复言。比臣收拾甫定，而愀然者又复哄然责战矣』！及崇焕再出，亦言：『以臣之力制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人，即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋』。而承宗之言尤为痛切，其奏议有曰：『迩年兵多不练，饷多不核。以将用兵，而以文官招练；以将临阵，而以文官指发。以武略备边，而日增置文官于幕；以边任经抚，而日问战守于朝：此极弊也』。既而廷弼冤死，传首九边；崇焕以谗间，竟罹极刑；至是，且并承宗去之。当时北京政府及言路之腐败可知已矣！
旅顺及沿岸诸岛之降服是时本朝疆域虽西跨辽河，奄有辽东半岛，然旅顺及沿岸群岛尚为明诸将所守。毛文龙既诛，其部将孔有德、耿仲明等走入登州。当大凌河之告急也，登莱巡抚孙元化遣有德等赴援，中道粮绝，士卒鼓谔噪，劫有德反。有德乃还据登州，寻为官军所困，偕仲明等突围航海至旅顺，总兵黄龙邀击之，擒斩数人，有德、仲明走降本朝。天聪七年（一六三三年），乃导诸贝勒大臣，督步骑万余攻击旅顺，龙数战皆败，竟以械尽自杀。广鹿岛（光禄岛）副将尚可喜，故与龙相犄角，及旅顺不守，亦降。自是诸岛虽有残卒，不能成军，明廷亦不复置帅，以登莱总兵遥领之而已。及大军再克朝鲜，皮岛势益孤，有德等夹攻之，守岛总兵沈世奎战死，皮岛亦平。
腹地之深入先是内蒙古诸部，既次第附本朝，独察哈尔岁受明赂百余万，数侵掠他部，为本朝敌。太宗累岁用兵辽西，而宁、锦诸城守御甚严，旦夕不能下，遂以天聪六年（一六三二年）移军征察哈尔部，部长林丹汗率众西遁。自是大军得自由出入长城诸口，往来直隶、山西间，势力及于黄河沿岸。
及天聪九年（一六三五年），贝勒多尔衮等收察哈尔部落，得元人所遗之中国传国玺，乃以明年为崇德元年，改国号曰大清。群臣恭上尊号曰宽温仁圣皇帝，独朝鲜不乐推戴，且有违言。太宗将亲征之，而又恐明兵之议其后，乃以是秋命郡王阿济格等分道入边，会于延庆州，连下畿内州县，凡克十二城，五十六战皆捷，俘人畜十有八万。明督师兵部尚书张凤翼、宣大总督梁廷栋皆按兵不敢战，日服大黄药求