势力骤增。于时大兵屯湖南者悉分援江西，仅以少数之守兵属总兵徐勇，留镇长沙。腾蛟乘隙，复发兵攻永州，以久围力战破之。遂分军徇衡州、宝庆、常德等府，湖南大部复为所据。而蜀中故将李占春及义勇杨大展等亦起兵分据川南、川东，附桂王，请置官吏；桂王设巡抚其地，而复以吕大器总制诸军。于是桂藩有两广、云、贵、江西、湖南、四川七省之地，驻跸肇庆。同时大同镇将姜瓖反侧于山、陕，鲁王遗臣张名振出没于闽、浙沿海，皆遥相应和，中原之骚乱达于极点。朝廷以军务蔓延，非二、三将帅所能兼顾，乃迭命重臣分地任事。于是都统谭泰及和洛辉自江宁赴九江，会耿、尚二王征江西、广东；郑亲王济尔哈朗、顺承郡王勒克德浑，会孔有德征湖南、广西；端重郡王博洛、敬谨郡王尼堪，讨姜瓖于大同。而吴三桂、李国翰分任陕、川之远征；洪承畴仍镇江宁，任沿海之经略。此顺治五、六年间事也。
江西、湖南之再定声桓之变，江西列城响应，独赣州守将不从。声桓、得仁已陷九江，欲顺流突江宁，而惧赣兵之议其后，乃回军攻之。守赣副将高进库故与声桓同隶左良玉部，宽约降期，以缓其攻。会江宁大兵于五月复克九江而南，进围南昌；声桓闻警，遽引还突围入，而得仁直趋九江，冀断大军饷道，使南昌之围不战自解。姜曰广以围急，欲引与共守，日发檄召之；得仁不得已，亦敛兵入城，坚壁不出。大军徐复旁近州县，征收赋税，安坐以待其毙。既而李成栋踰岭攻赣，谋北援，进库复用缓兵策绐之，成栋还屯岭上。至十月，南昌粮尽告急，成栋复悉众簿赣，岭行艰难，士卒饥困。赣兵突出击之，成栋退屯信丰，南昌势益孤。至六年（一六四九年）正月，遂为大军所拔，曰广、声桓、得仁并死。二月，大军援赣，进逼信丰，成栋谋应战，而军溃过半，战斗力尽失，走死城东川中。江西复定，而郑亲王及孔有德之军亦以是春进湖南。时常德、宾庆间诸镇内讧，所在焚城剽掠，莫有闹志；腾蛟自衡州亲往抚之，进次湘潭。长沙守将徐勇知湘潭无备，引兵突入，拥腾蛟去，杀之，明军气夺。自三月至八月，有德督诸将转战南下，连克衡、永；郑亲王亦席卷辰、宝，分兵定沅、靖，复有湖南全境。
两广之复定及瞿式耜之死李成栋败死信丰后，桂王以杜永和为两广总督，驻广州，严兵守庾岭；而声桓、得仁部下溃卒亦亡入闽、粤山林间，出没不测。江西大兵不敢进，还屯吉安将一载；会明镇将有纳款大军、愿为向导者，可喜遂由间道入庾关。至七年（一六五○年）二月，进围广州，相持十阅月不下，士卒以溽暑疫死者无算。已而江西诸军复大至，可喜督战益力，卒以十一月二日破之永和走琼州；而孔有德亦以是月六日破桂林。先是，大军再定湖南，式耜使戎政总督张同敞督诸将扼守全州；同敞兼资文武，每战辄跃马为诸将先，即战败，同敞常危坐不去，军中以是服之。顾广西地小而瘠，正赋所入，不足以供军饷，式耜虽理钱法、行盐政、募屯田以补助之，而事多掣肘，不能尽行，战守日棘。九月，大军克全州而南，诸将皆退入桂林乞饷，列戍一空，大军益深入。至是，式耜檄诸将出战，皆不应，相率遁去，城中无一兵。独同敞自灵川至，式耜与痛饮待死，并为大军所执；两人犹隔屋赋诗相唱和，阅月余，始见杀。桂王以是年正月自肇庆奔梧州，比闻桂林破，复走南宁。明年（一六五一年），诏郑亲王班师，而以尚可喜镇守广东、孔有德镇守广西，两广州县次第毕下。
山、陕之复定姜瓖既据大同，分兵陷忻、朔；近自山西境内，远至陕、甘，遗臣宿将起兵应之者所在皆是，太原、西安先后告警。六年正月，尼堪督兵至太原，首克忻州，而博洛复破姜瓖骑兵于大同城北，寇氛稍稍衰。同时，吴三桂等自汉中北定延绥、榆林，于是山、陕督抚声援始接，河东诸郡并下，大同孤立。至八月，城中食尽，而英亲王复督师继至，城兵斩瓖出降。山、陕既定，乃诏三桂回镇汉中，进规四川。会川中义勇不相一致，而明巡抚李干德复构之仇杀，益涣散不足用，李占春等来降，三桂乘间收成都、重庆、叙州地。是时，本朝已定江西、湖南、两广，桂王穷投土司境，旦夕奏凯；而孙可望、李定国之事复作。
孙可望、李定国之乱先是张献忠之败也，其党孙可望、李定国、刘文秀等自川南拥众入云、贵，推可望为长，袭夺明镇将兵权，据有其地。已而定国、可望交恶，可望乃纳款桂藩，求封号，欲藉以服众。顺治六、七年间，屡使求封，迄不获命。至是，大军四迫，桂王不得已，封可望为秦王，趣之出兵。可望乃遣兵三千，扈桂王居安隆，使文秀等分出叙州、重庆以攻成都，使定国等由武冈出全州以犯桂林。九年（一六五二年）三月，文秀连陷叙州、重庆，三桂战败，敛兵入保宁，旋回汉中；而李定国之军亦陷沅、靖、武冈，乘胜袭桂林，有德不能守，死焉。梧州、柳州继陷，乃分兵还攻辰州，杀总兵徐勇，寻屯守武冈。于是四川、广西、湖南军务同时告急。
孙、李之冲突及孙可望之降定国已连陷湘、粤诸郡，兵力寖强，不复禀可望约束；可望愤甚，阴欲除之，然