揭参之，乃罢强学会，改官书局，以孙公家鼐督之。袁公旋授浙江温处道，未赴任，而直督王文韶留之练兵，驻小站，旋授直隶按察使，不之任，仍练北洋兵。岁戊戌，光绪锐意变法，信任康有为，迫于那拉后之势不敢登显之，乃以杨锐、谭嗣同、刘光第、林旭为京卿，入军机处办事，而皆决于康有为。其时谭嗣同倡言：皇上权力太弱，政令不行，以无重兵强将拥护之耳，诸将已贵者求保其位，必皆附太后，莫若择一有才望而位不显者骤贵之，必感激为用。乃议召袁公，林旭谓不如董福祥武人易驱使，嗣同谓福祥骄悍，不足谋大事。康与袁公有旧，称袁公才，乃决召袁公。既至，德宗召见，奖励备至。翊日，即有以侍郎侯补充练兵大臣之命。其时守旧诸臣皆怨康变法，密议请垂帘，而御史杨崇伊诣天津告急，荣禄方以那拉内侄出镇北洋。袁公至，即严诘之。当时语秘不传，荣禄即自津至京，以袁公代折代行。荣禄即与那拉定垂帘之议，逮捕康有为。而学士黄绍箕先有所闻，走告康，康乃先遁，而四京卿并被逮，旋戮之。荣禄入长枢府，以裕禄代镇北洋，而袁公遂被命为山东巡抚。
山东当毓贤为巡抚时已有义和拳，袁公禁之，乃渐入于直隶，信者颇众。当己亥时，西后欲废光绪帝，乃先立端王载漪之子溥俊为大阿哥，虑各国有违言，乃使李鸿章示意于各国公使。各国极不谓然，遂止不废。太后乃大恨，端王谋之益亟，乃力言义和团之可用，引大师兄曹某等入宫试演。西后信之，遂决排外之议。袁公在东抚任，力陈义和拳不可信，不纳，乃严饬境内不许拳匪入，至境则执戮之。山东全境拳匪绝迹。北乱方炽，袁公乃连合东南各督抚刘坤一、张之洞等共保东南。八国联军据天津、破都城，乘舆西狩而东南安堵者，恃山东为之障蔽，皆袁公力也。李文忠方自粤督调补直督，旋授议和大臣，至京师与各国议和，劬瘁以殁，遗疏力保袁公继直督任，谓环顾海内人才之雄无出袁某右，乞畀以重权。遂授北洋大臣、直隶总督。时天津为联军占据，乃驻保定。李文忠遗疏力请回銮，保外人无他意，乃决回銮。袁公迎驾于保定。两宫谒西陵，袁公扈从，继扈跸还京。驾至之日，袁公与岑公春暄双骑夹御辇而驰，以卫驾功加太子少保，仍还保定。
自八国联军占天津后，据都督署，立都统衙门，毁天津城，因城基筑马路，四遍设警察，津民安之。袁公既命唐绍仪与议接收天津，缔条约，遂于壬寅八月交还天津，迎袁公于保定。至则因八国都统之旧治，而廓张之，新政渐繁兴矣。袁公谋国之二大政策，曰练兵，曰兴学。既被练兵大臣之命，设练兵处于京师，袁公遥领之。统四镇，以编修徐世昌充练兵处提调，尽护诸将，王士珍、王英楷、段祺瑞、张怀芝等皆当时镇统也。天津条约“二十里内驻兵不得过三百”，外人惩于庚子之乱，故弱其势，使不易为乱也。袁公乃练兵于马厂、保定，而以旧淮军数千改编巡警队，纯以兵法训练之。兼督办津榆铁路大臣守路警兵，即聂仕成驻芦台之旧部，天津巡警队亦多聂旧部也。遍设小学校，而先立师范学校，并多派速成师范生于日本，归而遍布各校，当时直隶学务遂为行省最。会丁母刘忧乞终丧，不许，给百日治丧于南中，以藩司吴重熹护直督。优旨褒刘氏，刘为其父侧室，盖特典也。既还，任权日益重。荣禄方长枢垣，有大事，必咨袁公。癸卯，荣禄卒。庆亲王奕以总理各国事务入领枢府，西后谕令凡事当决诸袁某，遂遥执政权，时论拟之敦王桓温，朝端益侧目矣。
袁公以礼部侍郎张翼当联军至津时擅将开平煤矿售于英人奏参革职，追问，唐绍仪谓之曰：“公治张翼之罪诚当然，张翼卖区区一矿事固甚小，独有迭卖铁路、专牟私利致富千万之盛宣怀乃热视而无所睹，何也？”袁公本与盛结盟为兄弟，亦稔盛之恶。时贝子载振使英归，员外郎唐文治为撰使英日记并力请建商部，袁公力赞其议。遂立商部，以载振为尚书，盛宣怀方为电政大臣兼督办招商局及商约大臣。会宣怀丁其父忧，袁公遂被命为督办电政大臣督办招商局。吴重熹以侍郎候补帮办电政，杨士琦以商部参议帮办招商局，皆驻沪上，而受命于袁公。盛宣怀被命随同伍廷芳办理商约，廷芳以商部左丞帮办议约也。
仓场侍郎荣庆亦袁公同盟，袁公力言诸荣禄超拜工部尚书，入襄枢府。既而觉其无能，乃援徐世昌、铁良并入枢垣。当回銮，徐方官编修，铁官郎中；比徐补国子监司业超补商部左丞，铁超擢三品京堂，当时士论已谓徐铁必将为军机大臣。盖徐为袁公总角交，铁执弟子礼于袁公，皆当时所最忠于袁者也。及日俄两国以东三省启衅鏖兵于辽阳，中国力弱不能止之，乃割辽河以东为战地，辽河以西严守中立。设防一倚袁公，乃遍布重兵于要隘，颁中立条令关内安堵民忘战事，外人颂之。时英人久窥西藏，进兵踞拉萨，东陲方急，无暇及西陲。及日俄战事定，中旨改唐绍仪三品京堂加副都统衔赴印度议藏约，别授梁敦彦任津海关道。袁公方倚绍仪，不乐其行，请改朝命，而朝意坚，不许。是时瞿鸿玑方长外部，与袁公不睦。太后方倚袁公隐持外交，鸿玑以绍仪实助袁公，乃假藏事去绍仪也。敦彦言于袁公，以国势积弱由朝臣懵于