大怒，批旨以其谗谮辅弼、狡托机密，着锦衣卫拿问。给事中姜采疏言，皇上修省罪己，于言官谆谆致戒，岂有厌薄之心哉？言官持论太急，无当圣心，此言官之过也。圣谕所云，代人脱卸、为人出脱者皇上何所见而云然乎？于章奏知之乎？抑出于圣心之悬揣乎？今如二十四气之蜚语，必大奸巨憝恶言官之不利于己而无以中之，不激皇上之怒，不能箝言官之口，人将争效寒蝉，谁复为上言之者？时有投匿名文书者，诋各臣为二十四气者，故采疏及之。上大怒，命送锦衣卫打问，与开元同日下狱。已而以廷臣救，重下严旨，并责锦衣溺职，着再行严讯，打问再四，谳上，下刑部议罪。司寇徐石麒议坐，二人配赎；圣旨以不具招罪，司官石麒闲住，该司刘沂春革职，开元、采各廷杖一百，仍发刑部拟罪。再问再驳，系狱年余，至十七年二月始各允遣戍放归。
熊公自序略云：二十九日召对，既罪刘宗周等，独谕金吾骆养性曰：熊开元必有主使，不行拷讯，是汝不忠。骆出，方沈吟道上，中使忽以手敕至，则令取开元、采毕命，以病闻密诏也。骆失色，语同列；同列曰：是何可杀珰党乱政。时田尔耕毙，诸言者足鉴也。明日十二月朔，取开元百端拷掠，求主者；但举一腔忠愤及姻朋辈私相感叹，劝开元勿语者以对，先一■〈桚，攵代夕〉一百敲，又一夹打五百杠，掠至垂毙，始还狱。初二日，又一夹打五十杠，复去衣打四十棍，自分死矣。金吾法已穷，思之三日，似有鬼神之通，乃以所谳无大碍于首辅者为一纸，开元所供娓娓千言为一纸，同进并缴，前密谕曰：诚如圣谕，天下祗畏臣衙门之刑，不畏朝廷之法，无合将开元发部拟罪，肆诸市朝，始可昭垂后世。初四日，上以谳词发阁，延儒叩首曰：熊开元，南人不任刑，今已至矣，愿付刑曹。上用其言，下部，且手诏答金吾曰：开元、采前诏不必行，始惊且喜，呼圣明也。刑部疏上，以不审不招为欺藐玩徇，责堂司官。开元、采各杖一百；开元已抵夜台再四，稍有人心莫不泪落，而科臣廖国遴语同官曹良直以缓死之故，良直即疏言金吾漏泄机密，归功于己、归过于君，毒哉此举！虽磔金吾不足赎罪，何况开元？上忽召金吾，谕曰：外廷有人言汝。金吾曰：不识言臣何事？上曰：言熊开元事，汝泄漏机密。金吾曰：臣不识熊，且臣西班，不与东班往还，何处漏泄？但开元属臣问，姜采属镇抚司问，臣奉诏不得不商于该司吴邦辅，邦辅弟邦臣见官御史，或与邦臣商，遂闻于外欤！上曰：朕今亦不究矣。嗟乎！人皆一死，开元独千百死，非至尊宏宥，能免兹辣手乎？
闰十一月二十九日，召对百官议督抚去留事毕，谕科道官来。吏科都吴麟征首为姜采求宽。上曰：目今□入，已及两月，任其焚掠，惨不忍言。时圣容恻然，且垂涕言曰：朕无面目见尔等。尔等言官当言的不言，二十四气之说事同匿名，屡见章奏，不得不于姜采疏上一问。言官为朝廷耳目，如己不正，何能正人？麟征奏：熊开元亦以讦奏辅臣得罪。谚云：家贫思贤妻，国乱思忠相；封疆败坏，岂得不责备首辅？总是姜采出语不伦，开元亦是热肠。上曰：开元假托机密，阴行谗潜，渐不可长，前旨已明。各科道俱有奏对，言督抚封疆诸事，御史杨若桥举西洋人汤若望制大炮御敌，左都刘宗周奏国之大事，以仁义为本，若望向来倡说邪教，堂堂中国，若用其小技以御敌，岂不贻笑？上曰：火器是中国长技，若望比不得外夷。宗周奏若望小技何益成败，目今要慎遇督抚，若文官不要钱，武臣不伯死，何愁不太平？只说选才望，不论操守，使贪吏诈，贻祸不小。因言范志完操守不好，贪克冒兵，以致军心涣散。又奏朝廷待言官当有体；即有罪，乞下法司。今熊开元、姜采因言下诏狱，大于国体有伤。又言臣宗周前因言得罪，荷皇上优容，臣何幸而遇王恩。二臣何不幸而不蒙宽宥。又如黄道周言语激烈，有朋友不能堪者，皇上既待以不死，又蒙起废。二臣戆直，不如道周；道周何幸而遇恩，二臣何不幸而蒙宽。上曰：三法司、锦衣卫俱是朝廷衙门，你说待言官有体，假使贪赃坏法，欺君罔上，通不该问了。宗周伏地引罪。上曰：黄道周闻他有学、有守，用系特恩，怎得引他比例？似你复拗偏迂，成何都察院？卿等起来，刘宗周候旨处分。辅臣周，出班跪，为宗周求宽。礼尚林欲揖，刑尚徐石麟，工尚范景文，兵尚张国维，兵侍冯元，亦皆跪求。上曰：熊开元这疏，定有主使，想是刘宗周主使了。佥都金光宸奏：宗周赋性硁直，客也，不会与开元不相往来，臣与同官，极知他在衙门，百事整顿，老成可念。上曰：金光宸也着议处。已而，五府勋臣同出班，跪求宽宥。上曰：面谕甚明，卿等不必申救。宗周、光宸先出候旨，诸臣各退。上召辅臣再入，随传旨：刘宗周革职，刑部议罪；阁臣持不发，将原旨同捧至御前，跪奏力救。首辅延儒言之甚缓，上不许；德璟奏：昔唐太宗恶魏征直谏，几欲杀他，入宫尚说须杀此田舍翁。皇后具服贺曰：君仁则臣直。语未毕，上遽曰：唐太宗，朕所不如，若闺门德行，朕亦不学他。德璟奏：皇上是尧舜，安肯学唐太宗，只唐太宗巧于取名。上曰：如何巧于取名？德璟对：人臣敢言的用之，则名