亨之非，所系不小。未几，因礼部缺人，召至京师。上怜其衰，命为南京刑部尚书，且曰：「遂其优闲可也。」初，轩輗在刑部数月，因疾作恳乞致仕还家，后每念輗之为人，亦不易得。贤曰：「二人素行，海内共知。」一日，南京总督粮储缺人理之，论及往日能理此事者莫如輗，遂为左都御史委任之。未几，九畴卒，上嗟悼良久，曰：「可惜此老，欲其优闲而遽亡邪！」寻以左都御史萧维祯为南京刑部尚书。
上因说校尉行事者亦多枉人，且如行临川王与四尼姑通， （「且如行临川王与四尼姑通」，「行」字原缺，「四」原作「两」，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本补、改。） 及镇抚司指挥门达问之，实无此情。又闻行事者法司依其所行不敢辨，虽知其枉，付之叹息，惟门达能辨之。贤因言往时行事者挟仇害人，涉虚者治以重罪。上曰：「若如此，又虑其不肯用心访察。今后但令镇抚辨其枉者可也。」
天顺四年秋，天下大水，江南北尤甚，田尽淹没。时上意明察，凡事臣下莫敢发端。一日，因召问毕，从容言曰：「臣闻今年水灾甚大，数十年来未尝见此，百姓不能存活。」上曰：「为之奈何？」贤曰：「若非大施恩典，安得苏息！」上曰：「何如行则可？」贤曰：「宜下诏免征粮草。」上曰：「固可，但诏非一二条可行，莫若以旨意与户部，行于天下。」贤曰：「如此尤善。」于是，令被灾州县申报巡抚、巡按官，灾重者全免，稍重者免半，又轻者免三分。已而，天下奏水灾者无虚日，通政司奏对无日不有。上初以贤言或过，至是见其实。然人或以贤多言取愆，贤叹曰：「居此尚不敢言，更谁言邪？」
景泰间，陈循、王文之子会试不中，二人以私情怒考官取人不公，皆具奏考之不精，欲杀考官，朝廷不从乃已。天顺四年，会试举子不中者俱怒考官，有鼓其说者，谓贤有弟让不中，亦怒考官。一举子遂奏考官校文颠倒，宜正其罪。上见其所言，疑而未定，召贤问曰：「此举子奏考官弊，何以处之？」贤对曰：「此乃私忿，考官实无此弊。如臣弟让亦不中，可见其公。」上意方回，乃命礼部会翰林院考此举子，验其学，多不能答题意，具奏其狂妄，遂枷于部前以示众，羣议方息。不然，欲诉考官者尤众。贤谓此举子曰： （「贤谓此举子曰」，「谓」原作「为」，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本改。） 「若尔所作文字有疵不中，是尔学力未至，非命也；若尔文字可取而不中，乃命也。不知安命，可为士乎！」初，亦有朝臣子弟不中者，皆助此举子，及见此事发，赧然而愧矣。
四年，秋八月，虏酋孛来大举入寇，自大同、威远西拥众南行。边将高阳伯李文按兵不敢当其锋。已而，虏众直抵雁门关、代、朔、忻州一带，四散抢掠，炮火彻于京师。人民惊疑，弃家走避， （「弃家走避」，「走避」原作「北走」，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本改。） 拥入京城莫能止。上初谓此虏穷乏，不过在边抢牛羊而去。贤见人民惊走如此，乃言于上曰：「京师宜出军于紫荆、倒马二关驻札，非欲与之对敌，一则安抚人民，一则使彼知惧，不致深入久停。」上方欲命总兵者议，会兵部奏，欲遣将统京师军赴大同杀贼。 （「会兵部奏欲遣将统京师军赴大同杀贼」，「欲」字原缺，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本补。） 上曰：「缓不及事，徒劳人马。驻关之说可行。」于是，遣都督颜彪领兵赴紫荆关，冯宗领兵赴倒马关。然此虏既有所获，见我兵不动，去而复来，遂复敕二关之军赴雁门。人民恃此以不恐。上意初不欲，虽勉强而从，终不悦。后见此虏复来，始以为然。人亦谓贤多言，贤曰：「古之大臣知无不言，今虽不能如此，于此等利害，国家安危系焉，不言可乎？纵得罪疏远，不可顾也。」
四年秋，上召贤与王翱于武英殿，曰：「今兵部、工部缺侍郎，卿等择人用之。」贤谓：「副都御史白圭可为兵部侍郎， （「副都御史白圭可为兵部侍郎」，「白圭」，原作「白珪」，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本及明史卷一七二白圭传改。） 其湖广巡抚亦暂设耳。」上以为然。翱曰：「南京户部侍郎马谅服制将终，可转工部。」上亦以为然。谅至，适户部亦缺人，因上召言及谅，贤以为舍正缺而他转，班序反出其下，莫若就命以户部。上以为然。命下，舆论亦惬。翱亦曰：「如此处置，甚安。」谅自南京府尹升此职，钱谷之事久经心矣，贤非一时自定， （「贤非一时自定」，「自」原作「所」，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本改。） 盖亦素闻众论耳。
四年冬，闰十一月十六日早，见月食。钦天监失于推算，不行救护。上召贤曰：「月食人所共见，钦天监失于推算如此。」因言：「汤序以礼部侍郎掌监事， （「因言汤序以礼部侍郎掌监事」，「以」字原缺，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集本补。） 凡有灾异必隐弊不言，或见天文有变，必曲为解说，甚至书中所载不祥字语多自改削而进，惟遇天文喜事却详书以进。且朝廷正欲知灾异以见上天垂戒， （「且朝廷正欲知灾异以见上天垂戒」，「上」字原缺，据明朱氏国朝典故本、明古穰文集