被发驰归，舌喘不能声，呼曰：『皆死矣！死矣』！留者仓皇出，见流血殷地，番人挥刃斩首；胆落魂飞，四散奔走。独仲本岛袋等九人匿而不出；居两日，翁有婿来曰：『公等在此危甚』！乃携至其家。有三人逃归，曰：『五十四人骈死山中矣』！婿名曰杨友旺，地曰保力庄；盖清国人也。友旺与邻人杨阿和等议，遂报之凤山县；县护送台湾府，以明年正月至福州。无几，归本国。又，八重山船遇飓后，见岛屿于海中；及近岸，俄有番人群聚，状颇恶。会凤山县人李成忠来，曰：『渠为生番，凶暴无比。公等速去，莫遭毒手』！皆大惧，急请偕；搭载至打狗港，达台湾府。其上岸者二人，殆为所杀；有清国人郭潜、尤魁者救之，得以脱走达府，遂归本国。至是，事闻，朝议以为台湾地属清国，难遽动兵，宜先发使问之。
六年二月，以副岛种臣为总理外务大臣，发遣清国；诏曰：『朕闻台湾生番数残害我民，释而不问，后患曷极！今委尔种臣以使命之重，其往伸雪之，以副朕保爱斯民意』。乃敕「龙骧」、「筑波」两军舰送之。种臣进入北京，见其亲王大臣等，先议通好盟约。成例：应谒清主。清人欲我使臣循其俗，行三跪九叩礼；种臣不肯，曰：『国俗不同，礼数各异。我不能用贵国礼，犹贵国不能循我国俗也』！清人不能屈，从之。于是，种臣与大臣议欲惩治生番以遏后患；清人乃言：『琉球我藩属，被害与否，何烦贵国』！因论琉球非日本部属，不复及生番事。种臣乃使外务大丞柳原前光谓：『不复多言，且问贵国能辖生番否』？清人答曰：『是化外民耳』。前光曰：『番人残暴，毒害我民，天地不容，理当惩罚。若贵国置而不治，吾邦欲特派一军治之，庶莫退而有后言』！种臣还奏曰：『台湾，可伐也』。朝议久而不决。十一月，发遣「春日」舰以察其动静。
是岁一月，我备中国柏崎民利八等四人亦漂到台湾，为番人所虏，具极困辱；半岁余，得脱还。当是时，我海陆军将士多萨人，以琉球旧为其属部，怒甚，屡请兴师。七年四月，朝议遂决，以陆军中将西乡从道为台湾蛮地事务总督，以陆军少将谷干城、海军少将赤松则良并为参军，率「日进」、「孟春」、「大有」等兵舰至长崎，征壮兵、储粮食，刻日将发。俄而朝议欲缓期，将士愤怒，势不可止。从道乃决意进讨，命陆军少佐福岛九成驾「有功」舰先发圣清国厦门，投书其兵部尚书、闽浙总督李鹤年曰：『台湾土番，自古嗜杀行劫，不奉贵国政教。迩年我国人民遭风漂到彼地，多被残害；幸逃脱者经贵国救护，送回本土，感谢奚似！独怪土番幸人之灾，肆厥劫杀；若置不问，安所底止！是以我皇上委某以重任，深入番地，谕彼酋长，殛其凶首，薄示惩戒，以安良民。今将由水路直进番地，若船过贵国，固无他意，应毋阻拒。但虑内外商民在彼口岸窃与生番互通交易，资助军需；岂得不备兵缉捕！望贵国遍行晓谕：沿边口岸中外商民勿得毫犯。又恳请倘有生番走入台湾府、县潜匿者，烦贵地方捕交我，是望』。乃去。直至台湾，建营琅■〈王乔〉；使米国人哥塞儿传译熟番：『我兵来此，欲问罪生番，非害汝等』。盖台地番人有生、熟之称：其熟番驯服清国，岁时纳贡；生番跳梁山谷，出没不测，残害良民。所谓牡丹社者，其一也。居三月，参军谷干城、赤松则良率兵至，筑垒设帐，严守备、置斥堠，以防夜袭；搬辎重，以图久屯。复使哥塞儿进入南部探动静；哥塞儿还报：『南部熟番酋长等畏我兵，不敢出；不若诸公自往，说以利害，不与生番合，是我利也』。干城乃与则良议；明日，则良从数骑以哥塞儿为导，至纲砂，见小麻里酋长伊查，使译言：『参军笃信伊查，欲结友谊，固非欲战者。闻清国人流言，我兵欲歼大耳人，误矣！伊查若为不信，请留我为质，身抵日本军问之。吾欲问罪者，牡丹社耳。且闻伊查立约专救遭难人民，仁慈可嘉！若欲得「避兵符」，参军必喜授之。吾又将测量海路，建浮标以避暗礁。汝宜谕部下，悉知此意。吾与伊查相见，殆同熟识；请共饮一杯酒』！伊查大喜，手加额曰：『大日本大爷，好人也！谨如其约』。五月十八日，大雨；溪水暴涨，几没营。乃移阵龟山，发斥堠视虏地；至四重溪，有生番发铳于深莽中，杀伍长北川直征，伤卒一人。我兵怒甚；明日，遣兵士十余人以熟番为导，贼二十余人萆林发铣，我兵击毙其一，皆骇走；众欲尾击之，熟番曰：『虏狡，或有伏』！乃止。诸将议曰：『生番寇我，情理难容；且恐熟番阳服阴叛，宜势禁而威服之』。乃贴示熟番曰：『日本人难分生、熟，若有携带兵器帮助凶恶及与生番交利器者，悉照军律处治。即生番人改悔来降，我不敢行杀；又斩凶恶来营，厚行重赏』。二十二日，分二百余人为三，自竹社、风口、石门进。石门距龟山三里，巉岩削立，势如剑戟；贼据险为壁，弹丸雨注，我兵大阻。乃分兵绕出其背，俯瞰贼垒，乱射之；贼骇走。我兵挥刀逼之，斩三十余人，流血被道；熟番视其二尸，鞭之曰：『尔跋扈虐人，今果何如』！盖牡丹社酋长阿禄父子也。
先是，从道率兵士三千五百人，驾「高尾」舰发长崎；是日，至琅■〈王乔〉