祸将及台湾，大惧，徘徊思去。政府亦谅之，十月，调湖南巡抚；以藩司唐景崧署台抚（电谕：唐景崧既经署理巡抚，责成綦重，并着与杨岐珍、刘永福妥为商办，不得刚愎自用，自以为是。倘与僚属动辄龃龉，遗误事机，恐该署抚不能当此重咎也）。景崧电调刑部主事俞明震（事在甲午十一月）、副将陈季同（事在乙未二月）、礼部主事李秉瑞亦至台求自效（事在乙未三月），三人先后至。二十一年正月，景崧令副将黄义德督弁目吴国华挈银二十万两内渡，至广东募勇。义德，粤人；吴国华者，本粤洋盗，知县唐镜沅介诸景崧，谓其大侠知兵；景崧昵之。二月，广勇陆续至，喧扰无纪律，不可统驭；台湾兵事益坏。初，景崧以道员与永福同事于粤西（永福归中国，乃景崧说之），后积不相能；至是，移永福军于台南，会台南镇总兵万国本守南路；景崧自任守台北。自张兆连一军以外，专倚广勇；命知县胡友胜（广西人）统广勇守狮球岭，而移林朝栋（所部皆台湾土勇）守中路彰化；其南路，则责成刘永福云（是为三路分守之议）。
二月二十七日辰刻，倭兵船攻澎湖；我妈祖宫炮击之，伤其两艘。盖倭人将于澎湖之文良港（即龙门港）登岸，而先攻妈祖宫炮台以牵缀我师。统领知府朱上泮等不察，乃电台湾告捷；崧立保上泮道员，并以银二万两犒军。是日澎湖兵弁力争赏银，倭已从文良港登岸，我兵不能支。二十八日巳刻，澎湖至台湾电线断；二十九日辰刻，倭遂入澎湖城。澎湖既失，台湾益孤，而广、闽、苏、浙海道中梗。于是，中国凡购外洋军械尽截于倭；委输将断，而和议益亟矣。上泮、镇邦逃归台湾（由鹿港登岸）；上泮以受伤免罪，镇邦得严议（寻解福建）。
三月，李文奎击杀中军方副将于巡抚署；抚署大乱。李文奎者，原直隶保定游匪；从淮军渡台，得保外委，充抚辕亲兵。时方副将为武巡捕，文奎犯禁令，责革；乃转事中军副将黄翼德，充什长。是岁正月，翼德募勇往广东，以方副将署中军副将；文奎以事责革去，遂思乱，其党布城中及抚署内外。三月二十五日午后，景崧之婿余姓者内渡，令勇丁舁其装出抚署。将入船，文奎率党十余人持刀劫于道；勇丁逃，文奎令其党安置掠物关帝庙；而自追勇丁，直入抚署门；方副将自出喝曰：『汝欲反耶』？文奎径砍其头；方副将抱头反奔，入门已踣。中军护勇时屯署内，将应文奎，争出棚放排枪，盖以为号也；帮带某见事急，自闭营门，并闭抚署门。景崧闻变不知颠末，先遣官出询；甫及仪门，已中刀返奔。文奎徒党迫及堂皇，将入杀景崧；时已黄绸帕首矣。适景崧盛服出，遇于堂皇；其徒猝见巡抚，矜持手不能下，谬请安侍立，云『无事！无事』！景崧奖以有胆，命出为周旋。台湾知府管元善闻变奔告杨岐珍，岐珍率一营至，喝开抚署门，与乱党对施枪炮（勇在门外、贼在门内）；中伤百姓甚伙，死者十余人（景崧给死者每人百毫）。先是，景崧闻文奎徒党众，将令充营官以安之，令募缉捕一营；至是，卒用文奎，命屯基隆。而方副将之死，仅以一捕贼示了之；于是将领离心，而健儿不可约束矣。四月，景崧分沪尾七营为两部，以廖得胜、綦高会分统；而高会专筦炮台。
方鸿章之东渡言款也，停战之约载明「北洋」，而「南洋」不与焉；意固专属台湾，亦旋有弃台湾之论。时台湾举人，方以会试在都，上书力争；留中不报。三月，弃台信益急，台人惶惧。主事邱逢甲首建自主议，登坛誓众；于是新竹出示告台民，遂议立民主国，开议院，制国旗。四月和议成，卒弃台湾；朝命率兵民内渡。台人乃有匄各国保护之议，电告政府；政府谕以『既能自立，无庸奏请』。十八日，陈季同介法国水师提督见景崧，议保护台湾；亦卒无成说。二十二日，景崧令台中官弁以五月初四日为断，欲去者听、留者录用，薪银倍给；逾时求去，以军法论。于是省会、道、府、县官相继纳印去；提督杨岐珍亦内渡（俱在五月）。斯时台湾藩库尚储银四十余万（三月间，台湾曾兑银四十万至上海；初次二十二万、二次十八万，皆善后局提调任某手兑，不知何用），火药库储炮药、土药共四万余磅，各炮台储药尚资每炮击三十出，枪弹存者尤多，毛瑟枪弹尚储二百八十余万颗，他子称是；其订购械药未至者，德国大田厂炮药（合同浑言炮药，未指何名）二十万磅、枪药五万磅、哈乞开司一百磅、快炮（合同内不言炮架）四尊，皆已给价三分之一（后快炮运送南洋，枪、炮药不知究竟）。五月一日，台湾绅民将上总统印章于景崧，以倭舰来犯未果。是日，倭兵轮二艘驶近沪尾炮台（正当我炮弹能及处）下椗；时适统领綦高会去台以嬉，其文案电告景崧。于是，有倭兵弁下小轮船入口至英兵轮（有英、德兵轮先泊口内）；约刻许，旋下输出口，其大兵轮二艘亦起椗行。是时景崧电至，令取准开炮；高会亦回营，方据案食，徐令往告台官曰：『抚台命放炮，而倭船已驶，非我炮力所及矣』。是夜，倭舰即口外游弋。倭弁之至英兵轮也，盖询台中消息；英船主告以台湾自立事，倭舰乃亟去。初二日，景崧受台湾总统印章，文曰：「台湾民主之章」（初名曰「宝」，