杨维垣请「三朝要典」重颁天下。会湖广巡按御史黄澍监良玉军，挟其势，劾士英罪可斩。澍返，士英遣缇骑往逮之；澍乃阴讽将士哗。继咸为留江漕十万石、饷十三万金给之，且代澍申理。明年元月，具疏曰：「今元朔受贺，人以为拜手称觞之日，陛下当以为卧薪尝胆之日。乞痛念大耻未雪，以周宣之未央问夜为法，以晚近长夜之饮、角抵之戏为戒。省土木之工、节浮淫之费，儆谕臣工后私斗而急国雠。臣每叹三十年来，徒以三案葛藤不已。若「要典」一书，先帝特旨焚毁；诸臣非属附崔、魏之人，何必复寻崔、魏罗织之书。臣请书未进，亟寝之；己进，亟毁之。至王者代兴，从古亦多异同。平、勃迎立汉文，不闻穷治朱虚之过；房、杜决策秦邸，不闻力究魏征之非。固其君豁达大度，亦其大臣公忠善谋，翊赞其美。请再下宽大之诏，解圜扉疑入之囚，断草野株连之案」。王降旨俞其言；而士英等方以「要典」排善类，力持之不毁也。刘泽清之诬奏姜曰广也，继咸又驰疏申辨。士英愈怒，欲败坏其事；凡所陈奏及题用监司郡县官，悉被停寝。而阮大铖在兵部于继咸奏调部将，必俟行贿，方给敕印。由是，诸将愈解体。
先是，楚将杨国栋、张先璧、黄朝先等溃卒数万人无所属，劫掠蕲、黄间。继咸阴以恩抚之，使无为良玉用；疏请湖南总督速莅任，收士卒心。而士英不听，方进良玉侯爵，令镇全楚；良玉得尽收先璧等军，其势愈张。继咸贻书朝臣，「左兵不可不备。宜稍加督抚权，示相维势」。士英终不省，反裁其额饷六万，且以之畀良玉；军中有怨言。继咸疏争不得，力求罢；又不许。时继咸以江上兵寡，而郑鸿逵战舰又不还，议更造；檄九江佥事叶士彦于江流截买树木。士彦家芜湖，与诸商昵，封还其檄。继咸耻令不行，疏劾士彦。士彦同年黄耳鼎亦劾继咸有心腹将校劝左良玉立他宗，良玉不从；盖欲离间两人交也。良玉先不拜监国诏；闻之，益疑惧。乃抗疏力辨明与继咸无隙，诋耳鼎受指使，而言「要典」宜焚。议者遂为继咸与良玉倡和，胁制朝廷。由是群小衔继咸不已，将召入害之，推为刑部右侍郎；王曰：「彼地须继咸耳」。不允。复推为户部右侍郎；王恐无以牵制良玉，亦不果。
伪太子事起，士英、大铖欲借之以起大狱，尽诛正人，流传汹汹。良玉疏争，不纳。继咸疏言：「太子真伪非臣所能悬揣，真则望行良玉言，伪则不妨从容审处；多召东宫旧臣辨识，以解中外之疑」。疏未达，良玉已起兵。时闯贼败，方逼汉、沔，左兵欲避寇无名；黄澍因说良玉清君侧恶，救太子。乙酉四月，良玉遂传檄数士英罪，部署三十六总兵而东。初，继咸闻闯贼南渡，令其部将郝效忠、邓林奇等守九江，自统副将汪硕画、李士元等援吉安。甫登舟而闻左兵且至，九江士民大恐，环泣留；继咸乃争移诸将家口入城以系兵心，列兵城外拒战。士民皆言「我兵十不及三，激之祸不测。若俟良玉至，谕之以理，且令诸将敛兵入守，相机而动」。继咸曰：「入城示之弱，不可」。而裨将郝效忠不得令，随移其家口入城矣。良玉抵北岸，书来：愿握手一别，为太子死。继咸至其舟，言及太子事，良玉大哭，袖出太子密谕劫诸将盟。继咸正色曰：「先帝旧恩不可忘，今上新恩亦不可负。密谕从何来？公今以檄行之，是仇国也；请改为疏」。良玉不得已，约不破城、从之驻军、侯旨成礼而别。继咸归，集诸将城楼，涕泣曰：「兵谏，非正也。晋阳之甲，「春秋」所恶；我可同乱乎！当与诸君共城守以俟朝命」！而两营诸将有相通者，左营蓦入纵火。袁营张世勋、郝效忠夜半斩门出，良玉兵士遂入城劫财物、掠妇女。继咸度不能制，冠带欲自尽。黄澍入署泣拜曰：「宁南无异图。公以一死激成之，大事去矣」！副将李士春密白继咸：「隐忍到前途，王文成之事可图也」。继咸乃止，出城欲面责之。
时良玉疾已剧，望城中火光，大哭曰：「我负临侯矣」！呕血数升而死。其子梦庚秘不发丧，自为留后；邀继咸偕至池州。阅日，报大兵已破泗州，逼仪征；黄澍、梦庚阴遣人迎降。继咸孤舟避芦苇中，梦庚劫之去；入大清营见豫王，长揖不拜。王亦敬礼之，为设宴；不饮，亦不交一言。舟中夜起，自缢。监纪俞有灏觉而解之，乃拘送北。在道中绝粒八日，不死。至良乡，叹曰：「此谢叠山尽节处也」！又缢，左右又解之。入京就馆。梦庚将朝，学士刘某曰：「盍与之同朝乎」？继咸曰：「今与之同朝，何异前与之同叛乎」！次日，内院学士刚林等复劝之朝；且曰：「朝廷为明讨贼，今贼未绝，君入仕，可得为元帝报仇」。继咸曰：「讨贼者，新朝之惠也。今弘光何在，而臣子可图富贵乎」！刘曰：「弘光之立是乎？贼未讨、君未葬，安得遽立」！继咸曰：「今上神宗孙也，伦序以继。大变之后，社稷为重；立君所以示四方有主也」。刘又言弘光不道事。曰：「是吾君也。君父之过，臣子何敢知」！阅数日，摄政王传谕欲官之；乃大恸曰：「国亡与亡，古今通义。继咸今日可以负明，异日亦可以负清。此不忠之臣，又安所用之」！王知其志不可夺，改馆；逻卒守之。幅巾衲衣，兀坐读书，终不薙发。明年六月二十四日