。一曰重屏藩以资弹压。淮阳数百里设两节钺不能御乱，争先南下，致江北一块土拱手授贼。督漕路振飞坐守淮城，久以家属浮舟远地，是倡之逃也；于是镇臣刘泽清、高杰遂有家属寄江南之说。军法临阵脱逃者斩。臣谓一抚、二镇皆可斩也。一曰慎爵赏以肃军情。请分别各帅封赏，孰当孰滥？轻则收侯爵，重则夺伯爵。夫以左帅之恢复而封，高、刘之败逃亦封，又谁不当封者！武臣既滥，文臣随之；外臣既滥，中珰随之：恐天下闻而解体也。一曰核旧官以立臣纪。燕京既破，有受伪命而叛者、有受伪官而逃者、有在封守而逃者、有奉使命而逃者，法皆不赦；亟宜分别定罪，为戒将来。至于伪命南下，徘徊顺逆之间，实烦有徒；必且倡为曲说以惑人心，尤宜诛绝」。又言：「今日问罪之师，当自中外诸臣之不职者始。一、当贼入秦流晋，渐逼畿南，远近汹汹；独大江南北晏然，而一、二督抚不闻遣一骑以壮声援，贼遂得长驱犯阙。坐视君父之危亡而不救：则封疆诸臣之当诛者。一、凶问已确，诸臣奋戈而起，决一战以赎前愆，自当不俟朝食。方且仰声息于南中，争言固圉之策；卸兵权于阃外，首图定策之功：则封疆诸臣之尤当诛者。一、新朝既立，谓宜不待终日，首建北伐之师。不然，则亟驰一介间道北进，檄燕中父老、起塞上名王，哭九庙、厝梓宫、访诸王，万无容自诿者。更不然，则起闽帅郑芝龙以海师直下，与九边督镇合谋共奋，事或可为。而诸臣泄泄自安，计不出此：则举朝谋国不忠之当诛者。一、罪废诸臣量从昭雪，自应援先帝遗诏及之。今乃概用新恩，诛奄定案前后诏书鹘突，势必彪虎之类，尽从平反而后已：则举朝谋国不忠之尤当诛者」。诏报曰：「亲统六师，光复旧物；严文武恇怯之大法、激臣子忠义之良心，慎新爵、劾旧官：朕拜昌言，宣付史馆」。中外为之悚动。是时，宗周本无意于出，谓朝中党祸方兴，何暇图贼；而一时奸人虽不利宗周，然又耻不能致宗周，急其一出。及方出，而弹劾踵至。其言谔谔，引绳披根，不少假借。由是群小侧目，马士英、高杰、刘泽清尤深疾之。
宗周连疏请告不得命，遂抗疏劾士英，言「陛下龙飞淮甸，天实予之。乃有扈跸微劳，入内阁、进中枢，官衔世荫，晏然当之不疑者，非士英乎？于是李沾侈言定策，挑激廷臣矣。刘孔昭以功赏不均，发愤冢臣，朝端哗然聚讼，而群阴且翩翩起矣。借知兵之名，则「逆案」可以燃灰；宽反正之路，则逃臣可以吸引：而阁部诸臣且次第言去矣。中朝之党论方兴，何暇图河北之贼；立国之本纪已疏，何以言匡襄之略。高杰一逃将也，而奉若骄子，浸有尾大之忧。淮阳失事，不难谴抚臣、道臣以谢之；安得不长其桀骜，则亦恃士英卵翼也。刘、黄诸将各有汛地而置若奕棋，汹汹为连溪之势，至分剖江北四镇以慰之，安得不启其雄心；则皆高杰一人倡之也。京营自祖宗以来，皆勋臣为政，枢贰佐之。陛下立国伊始，而有内臣卢九德之命；则士英有不得辞其责者。总之，兵戈盗贼皆从小人气类感召而生，而小人与奄竖又往往相表里。自古未有奄官用事，而将帅能树功于方域者。惟陛下首辨阴阳消长之几，出士英仍督凤阳，联络诸镇，决用兵之策；史可法即不还中枢，亦当自淮而北、历河以南，别开幕府，与士英相犄角。京营提省，独断寝之。书之史册，为弘光第一美政」。王优诏答之，而促其速入。士英益怒，佯具疏辞位；且扬言于朝曰：「刘公自称「草莽孤臣」、不书新命，是明示不臣也」。
朱统■〈金类〉言：「宗周请移跸凤阳。凤阳高墙所在，盖欲以罪宗处皇上，而与史可法拥立潞王。其兵已伏丹阳，宜急备」！是时，浙抚黄鸣骏入觐，兵抵京口，与防江兵相击斗；士英闻之而信，亦震怒。泽清初倚东林，极重宗周；至是恨甚，具疏痛诋，词连姜曰广、吴甡，且请正以谋危君父之罪。疏出，举朝大骇。弘图乃言于上，传谕曰：「昔汉宣起于艰难，魏、丙合志；唐肃兴于灵武，李、郭同心。今者袒分左右、口构元黄，天下事不堪再坏。诸臣各宜和衷集事，息竞图功。庶几君臣之间，礼全终始」。宗周不得已，受命。
方宗周在丹阳僧舍也，泽清、杰遣刺客数辈迹之。见其正容危坐，亦心折不敢加害。以七月十八日入朝，仍居萧寺。士英不使入对，给事中陈子龙以为言，不省。时南渡乱政，无不危言奸党士英、孔昭、泽清、杰内外结连，人莫敢忤；宗周昌言排之。甫视事，即引董仲舒言，请正心以正朝廷；会设东厂，给事中袁彭年争之被谪，宗周复力言其冤。及阮大铖起用，宗周曰：「大铖进退，江左之兴亡系焉」。其视国事之颠连，犹疾病之在身也；流涕正辞，以冀庙堂之一悟。迄不见纳。
九月，再疏乞休；许驰驿归，给登极恩典。临行，复疏陈五事：一曰修圣政，毋以近娱忽远猷；二曰振王纲，毋以主恩伤臣纪；三曰明国是，毋以邪锋危正气；四曰端治术，毋以刑名先教化；五曰固邦本，毋以外衅酿内忧。优诏报闻而已。宗周以宿儒重望为海内清流领袖，以出处卜国家治乱。既出国门，都人士聚观叹息，知南都之不可有为也。
明年五月南都亡，六月浙江