南土寇刘超。超故四川总兵官，为士英旧好；既降，犹佩刀自卫。士英笑曰：「若已归朝，安用此乎」？解之，乃缚以献俘。流寇充斥，数有防堵功。
甲申国变，南都议立君；恐福王追怨「妖书」及「梃击」、「移宫」三案，诸大臣多主立潞王，士英独不可。时督师庐、凤，密约勋臣、镇将排众定策，拥福王践位；进东阁大学士兼兵部尚书、都察院右副都御史。以定策勋，加太子太师，荫子锦衣卫指挥佥事。史可法督师维扬，士英即日入阁居首辅，仍掌兵部事；权震中外矣。叙江北战功，加少傅兼太子太师、建极殿大学士；已进少师。宫殿成，进太保。
王以拥戴故，深德之，委任心膂。而士英为人实贪鄙无远略，亟思树党；首荐阮大铖知兵，用中旨授兵部右侍郎。廷臣力争之，不获。左良玉初奉监国诏，令承天守备太监何志孔、巡按御史黄澍入贺，阴伺朝廷动静。澍当陛见，面数士英奸贪不法；且言尝受伪官周文江重贿，为之题授参将，罪当斩（文江献贼所置伪兵部尚书也）。志孔亦论其罔上行私诸款；太监韩赞周叱之止。士英乃跪，乞处分。澍举笏直击其背曰：「愿与奸臣同死」！士英大号呼。王摇首无词。久之，谕姑退；赞周即执志孔待命。王意颇动，夜辄谕使士英暂避位。士英佯引疾，而赂福邸旧奄田成、张执中向王泣曰：「上非马公不得立；逐马公，天下将议上背恩。马公在阁，诸事得不烦圣虑；马公去，谁肯念上更用力」！王怃然，仍慰留之；并释志孔，命澍速还楚。初，故锦衣卫刘侨以罪，并家属遣戍；私以玉杯古玩由周文江进于献贼，贼即署为指挥使。比良玉兵复蕲、黄，侨削发逃去，澍持之急；而士英纳侨贿，召至京复其职，即令讦澍赃。又嗾楚宗朱盛浓言澍凌逼宗室，已随出疏纠之；拟旨夺官，立逮治。澍乃匿良玉军中，阴令众哗索饷为保救地；袁继咸代奏申理，始免。由此，与良玉成隙。
当时士英独理机枢，手综大柄，重修「三朝要典」进之，日惟锄正人、进凶党为务。内则中官韩赞周、田成辈，外则勋臣刘孔昭、朱国弼、柳祚昌及镇将刘泽清、刘良佐等相倚作奸，漫无顾忌；而一以大铖之言是听。贿赂公行，朝纲紊乱，绝不锐厉恢复之计；四方警报狎至，而置若罔闻。「逆案」中杨维垣、虞廷陛一流得尽起，其死者悉予赠恤；余如张捷、唐世济等，皆用之以为爪牙。大铖初入，诸正犹存；举朝以「逆案」相攻，憾甚。已见北都从贼者颇多附会清流，因倡言「彼攻「逆案」，吾作「顺案」以对」（「顺」为闯贼伪国号也）。于是，光时亨、周钟之狱起。其它大僚降贼者，贿入辄复官。河南张缙彦者，以本兵首从贼，受伪职；闯贼遯，乃诈言集义勇还乡，收复列城。士英餍其赂，即授原官，总督河北、河南诸路军务，便宜行事。给事中李维樾劾「缙彦闇曶失机，寸斩莫赎。逆贼入宫，青衣侯点；及贼西走，即鼠窜狼奔，草间求活。逃散余魂，安事收复？总督何官，顾界贼臣」！刑赏倒乱如此。其女弟夫越其杰以贪谪戍，起为河南巡抚。又令各府州县童生捐免小试，分上、中、下户以纳银多寡定名次先后，即赴院考。行纳贡佐工等例。布衣何光显上疏请诛奸相；诏戮于市，籍其家。时我大清兵日南下，中原尽失。嗣抵宿迁、邳州，督辅史可法以闻；俄引还。士英笑曰：「史公妙用！此特为叙功稽算地耳」。
比有北来太子事，朝士指为伪，都民哗然以为是，可法与诸镇及御史等交章论救。研审久之，供为王之明。后呼其名不应，曰：「何不呼为明之王为」？狱既具，王以之示士英。士英反复详辨，且言「臣愚宜更穷究主使，与臣民共见而弃之」！顷又有故妃童氏自其杰所送至京，王目为妖妇，付锦衣卫监候。氏从狱中细书入宫年月、离情甚悉；士英颇进劝言：「苟非至情所关，谁敢冒死与陛下认敌体」？初命冯可京鞫问；可京辞，乃命屈尚忠严刑拷掠，氏宛转诅号以死。因出两案狱词宣示中外，而众论益藉藉，谓士英等朋奸导王灭绝伦理。黄树在左营，因日夜言太子冤状，请引兵除君侧恶。良玉亦上疏请全太子，斥士英奸；不报。士英旋裁其饷，乃大恨；即援此为兵端，移檄远近声其罪，复疏请寸磔奸臣以谢先帝。遂举兵而来。袁继咸乞赦太子遏止之，不可；遣阮大铖、刘孔昭会朱大典、黄得功军截江分御，撤江北刘良佐从之西下。其时大兵日逼，徇徐州，抵亳、泗；可法飞章告急。大理卿姚思孝、御史乔可聘等言良玉非叛，请毋撤江北兵，亟守淮、扬；可法复奏：「上游志在除奸，原不敢与君父为难。北兵一至，宗社堪虞！不审辅臣何蒙蔽若此」？文武诸臣亦多诤者。士英内怯于左，坚不应。越日，王言：「左兵虽不该声逼南都，然看他本上原不曾反。江北防兵，且不可撤」！士英急指思孝等厉声曰：「若辈东林，皆良玉死党；为之游说，乃欲纵其入犯邪！北兵至，犹可议款；若左逆至，吾君臣独死耳。吾君臣宁死于清，不可死于良玉手；有异议者斩」！王默然。已可法叠疏请面朝，士英恶之；倡言史公将为内应，趣王驰谕止之。王乃谕以「卿当专心料理，待奏凯后见」。可法叹曰：「「奏凯」二字谈何容易！诚如上言，面君不知在何日矣」！