狱卒二人，应时毙。时钦程归入「逆案」，李实辨原疏不自己出：「忠贤取印信空本，令李永贞填之；故墨在朱上」；又阴致金三千，求宗羲弗质。宗羲立奏之，谓「实今日犹能贿赂公行，其所辨岂足信」！于对簿时，复以锥锥之。然丙寅之祸，确由永贞填写空本；故永贞论死，而实末减。狱竟，偕诸家子弟设祭狱门，哭声如雷达禁中。庄烈闻而叹曰：「忠臣孤子，甚恻朕怀」！
洎归治葬事毕，肆力于学。当忠端之被逮也，尝言学者不可不通知史事。遂自有明「十三朝实录」、上溯「二十一史」靡不究心；而归宿于诸经，旁求之九流百家，无所不窥。已而，愤科举锢人，思所以变之。既尽发家藏书读之；不足，则钞之诸藏书家，穷年搜讨。游屐所至，故遍搜故书，乘夜丹铅；次日复出，率为常。是时山阴刘宗周倡道蕺山，以忠端遗命从之游。而越中承海门周氏之绪，援儒入释，为之魁者石梁陶奭龄；狂澜鼓众，姚江之绪几于是坏。宗周忧之，未有以为计；宗羲年尚少，奋然曰：「是何言与」！乃约吴越高材六十余人共侍讲席，力排其说。故蕺山弟子如祁、章诸子，皆以名德重；而御侮之助，莫如宗羲。蕺山之学专言心性、漳浦黄道周则兼及象数，当时拟之程、邵两家；因出己所治律历诸说相疏证，多不谋合。一时老宿闻其名，竞延致之。阁学文文肃震孟见其行卷曰：「是当以大著作名世者」！弟宗炎，字晦木；宗会，字泽望：并负异才，皆自教之。不数年，皆大有声；儒林中有「东浙三黄」之目。
南都作「防乱揭」攻阮大铖，东林子弟推无锡顾果居首，天启被难诸家推宗羲居首；大铖恨之刺骨。说者谓庄烈帝十七年中，善政莫大于坚持「逆案」之定力；而太学清议，亦足以寒奸人之胆。壬午入京，周延儒欲荐为中书，力辞不就。一日，闻市中铎声；曰：「此非吉声也」！遽南下。已而，大清兵果入口。甲申难作，大铖骤起；遂按「揭」中一百四十人姓氏，欲尽杀之。时方至南中，上书阙下而祸作。姚江里中，有奄党首纠刘宗周三大弟子；祁与章尚列名仕籍，而宗羲徒以人望亦挂弹章，闻者骇之。遂与杲并逮。母氏姚叹曰：「章妻、滂母，乃萃吾一身耶」！揭中人士如陈贞慧、周镳，俱逮至论死；沉寿民、吴应箕、沉士柱等，亡命；而桐城左氏兄弟入左良玉军。晋阳之甲虽良玉自为，然大铖以为「揭」中人所为；咸惴惴不保。驾帖未出，而南中归命；宗羲踉跄还浙东。
会孙嘉绩、熊汝霖以一旅之师画江而守，因纠合黄竹浦宗族子弟数百人随诸军于江上，共呼之为世忠营。请援李泌、客从义以布衣参军事，不许；授职方主事。寻以嘉绩及柯夏卿等交荐，改监察御史，兼旧官。方、王跋扈，诸乱兵因之；总兵陈梧自嘉兴之乍浦浮海至余姚大掠，职方王正中方行县事，集兵击杀之。乱兵大噪，有欲罢正中以安诸营者。宗羲曰：「借丧乱以济其私致于众怒，是贼也。正中守土，即当为国保民；何罪之有」！监国是之。已进所作「监国鲁元年大统历」；即命颁之浙东。马士英在方国安营欲入朝，朝臣皆言当杀；熊汝霖恐其挟国安为患，好言曰：「此非杀士英时，宜使立功自赎」！宗羲曰：「诸臣力不能杀耳；春秋之孔子，岂能加于陈恒？但不得谓其不当杀」！又遗书王之仁曰：「诸公何不沉舟决战，由赭山直趋浙西？若日于江上鸣鼓放船攻其有备，盖意在自守也。蕞尔三府以供十万之众，北兵即不发一矢，一年之后亦何能支？何守之为」！又言：「崇明为江海门户，曷以兵扰之，分江上之势」？不能用。寻张国柱浮海至，诸营大震；廷议欲爵以伯。曰：「如此则益横已，且何以待后！请署将军足矣」。从之。当时抢攘之际，持议岳岳；悍帅亦慑于义，而不敢有加。自其力陈西渡策，惟汝霖尝再以所部火攻之；既而尽以营卒付之，因与王正中合军得三千人。正中为之仁从子，能以忠义自奋；深结之，使之仁不以私意相挠。故熊、钱诸督师皆不得饷，而正中与世忠二营独不乏食。海宁职方查继佐军乱，披发走入营，乃床下；乃呼其兵责之，以定。遂偕继佐渡海札潭山，烽火遍浙西；太仆卿陈潜夫以军同行，尚宝卿朱大定、兵部主事吴乃武等来会。议由海宁取海盐入太湖，招吴中豪杰；百里之内，牛酒日至，军容甚整。直抵乍浦，约崇德义士孙奭等为内应。会大兵綦严，不得前，少顿。复议再举，而江上已溃，废然归。因入四明山结寨自固；余兵愿从者尚五百余人，驻军杖锡寺。微服潜出，欲访监国消息为扈从计，戒部下善与山民结；部下不能尽遵节制，山民畏祸，潜焚其寨，部将茅翰、汪涵死之。无所归，而迹捕累及，复走入郯中。
己丑，闻监国在海上，乃与都御史方端士赴之；晋左佥都御史，再晋左副都御史。时方发使拜山寨诸营官爵；为言「诸营之强而乃心王室者，莫如王翊。诸营文臣辄自称都御史、侍郎，武臣自称都督；其不自张大，亦莫如翊。宜优其爵，使之总临诸营，以捍海上」。朝论为然；定西侯张名振弗善也。俄而，大兵围健跳，城中危甚，置靴刀待命；荡湖伯阮骏救至，得免。时诸帅之悍甚于方、王，文臣稍有异同，祸立致；如熊汝霖非命死、刘中藻失援死、钱